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- PDB-3sz7: Crystal structure of the Sgt2 TPR domain from Aspergillus fumigatus -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sz7 | ||||||
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Title | Crystal structure of the Sgt2 TPR domain from Aspergillus fumigatus | ||||||
![]() | Hsc70 cochaperone (SGT) | ||||||
![]() | CHAPERONE REGULATOR / TPR domain / Cochaperone / Get4 / Get5 / Get3 / Mdy2 / Ssa1 / Sse1 / Hsp104 / Hsc82 | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of chaperone-mediated protein folding / : / TRC complex / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / protein-serine/threonine phosphatase / phosphoprotein phosphatase activity / molecular adaptor activity / membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chartron, J.W. / Gonzalez, G.M. / Clemons Jr., W.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: A structural model of the Sgt2 protein and its interactions with chaperones and the Get4/Get5 complex. Authors: Chartron, J.W. / Gonzalez, G.M. / Clemons, W.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 53.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 411.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 411.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 8.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 11.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2vyiS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 17268.113 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 109-267 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q4WTC0, protein-serine/threonine phosphatase |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 Details: 25% PEG 1500, 0.1M MES, Malic acid, Tris, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 173 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 24, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Liquid nitrogen-cooled double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.72→26.535 Å / Num. all: 15756 / Num. obs: 15756 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 4 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB Entry 2VYI Resolution: 1.72→25.397 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / Phase error: 19.5 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.22 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.2 Å2 / Biso mean: 27.115 Å2 / Biso min: 8.2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.72→25.397 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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