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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pil | |||||||||
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タイトル | Crystallographic Structure of Phosphorylated Pilin from Neisseria: Phosphoserine Sites Modify Type IV Pilus Surface Chemistry | |||||||||
要素 | TYPE 4 PILIN | |||||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / TYPE IV PILIN / FIBER-FORMING PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / DNA INDING PROTEIN / CONTRACTILE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Neisseria gonorrhoeae (淋菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Forest, K.T. / Dunham, S.A. / Koomey, M. / Tainer, J.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 1999 タイトル: Crystallographic structure reveals phosphorylated pilin from Neisseria: phosphoserine sites modify type IV pilus surface chemistry and fibre morphology. 著者: Forest, K.T. / Dunham, S.A. / Koomey, M. / Tainer, J.A. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1995 タイトル: Structure of the Fibre-Forming Protein Pilin at 2.6 A Resolution 著者: Parge, H.E. / Forest, K.T. / Hickey, M.J. / Christensen, D.A. / Getzoff, E.D. / Tainer, J.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pil.cif.gz | 46.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pil.ent.gz | 34.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pil.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/2pil ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/2pil | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17286.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 細胞内の位置: EXTRACELLULARGlossary of biology / Organelle: PILUS性繊毛 / 株: MS11 / 参照: UniProt: P02974 |
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#2: 多糖 | alpha-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 化合物 | ChemComp-PT / |
#4: 化合物 | ChemComp-HTO / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 60% PEG400, 50 MM CHESS, PH 8.0, 1% BETA-OCTYL GLUCOSIDE, 0.6% 1,2,3-HEPTANETRIOL. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.07 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年5月15日 / 詳細: BENT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→24 Å / Num. obs: 6565 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.78 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.307 / % possible all: 80.2 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.054 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.6→20 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2 詳細: FITTING BEGAN WITH PDB MODEL 1AY2. PHOSPHOSERINE 68 WAS ADDED AND A BULK SOLVENT CORRECTION WAS APPLIED. THE EXPECTED N-TERMINAL METHYL-PHE WAS VERIFIED BY N-TERMINAL SEQUENCING BUT WAS NOT ...詳細: FITTING BEGAN WITH PDB MODEL 1AY2. PHOSPHOSERINE 68 WAS ADDED AND A BULK SOLVENT CORRECTION WAS APPLIED. THE EXPECTED N-TERMINAL METHYL-PHE WAS VERIFIED BY N-TERMINAL SEQUENCING BUT WAS NOT INCLUDED IN THE MODEL BECAUSE IT IS NOT APPARENT IN ELECTRON DENSITY.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 41.8 Å2
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.312 |