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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2o1i | ||||||||||||||||||
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タイトル | RH(BPY)2CHRYSI complexed to mismatched DNA | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / DNA mismatch / metallointercalator / DNA recognition | 機能・相同性 | Chem-R1C / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.1 Å | データ登録者 | Pierre, V.C. / Kaiser, J.T. / Barton, J.K. | 引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007 | タイトル: Insights into finding a mismatch through the structure of a mispaired DNA bound by a rhodium intercalator. 著者: Pierre, V.C. / Kaiser, J.T. / Barton, J.K. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2o1i.cif.gz | 34 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2o1i.ent.gz | 24 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2o1i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2o1i_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2o1i_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2o1i_validation.xml.gz | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2o1i_validation.cif.gz | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/2o1i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/2o1i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis y,x,-z. |
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3647.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: solid phase synthesis | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.63 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: SrCl2 40mM, MgCl2 10mM, Na-cacodylate 20mM, spermine-4HCl 6mM, MPD 5%(v/v)equilibrated against 35% MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.1→24 Å / Num. obs: 17269 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 14.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 13.4 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.07→1.14 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.015 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Rsym value: 1.5 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO / 最高解像度: 1.1 Å / Num. parameters: 4070 / Num. restraintsaints: 5578 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 178 / Occupancy sum non hydrogen: 384 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.1 Å
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拘束条件 |
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