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万見
- PDB-2nw4: Crystal Structure of the Rat Androgen Receptor Ligand Binding Dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nw4
タイトルCrystal Structure of the Rat Androgen Receptor Ligand Binding Domain Complex with BMS-564929
要素Androgen receptor
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / ANDROGEN RECEPTOR / STEROID RECEPTOR / NUCLEAR RECEPTOR / TRANSCRIPTION REGULATION / LIGAND-BINDING DOMAIN / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


reproductive behavior / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / copulation / male sex differentiation / skeletal muscle hypertrophy / positive regulation of penile erection / regulation of prostatic bud formation / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ribonucleotide binding / reproductive system development ...reproductive behavior / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / copulation / male sex differentiation / skeletal muscle hypertrophy / positive regulation of penile erection / regulation of prostatic bud formation / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ribonucleotide binding / reproductive system development / male courtship behavior / Ub-specific processing proteases / male somatic sex determination / activation of prostate induction by androgen receptor signaling pathway / lateral sprouting involved in mammary gland duct morphogenesis / SUMOylation of intracellular receptors / POU domain binding / negative regulation of integrin biosynthetic process / regulation of developmental growth / reproductive structure development / male genitalia morphogenesis / positive regulation of integrin biosynthetic process / Nuclear Receptor transcription pathway / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / animal organ formation / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / androgen binding / Leydig cell differentiation / regulation of systemic arterial blood pressure / epithelial cell morphogenesis / prostate gland growth / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / prostate gland epithelium morphogenesis / intracellular receptor signaling pathway / cellular response to testosterone stimulus / fertilization / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / nuclear androgen receptor binding / cellular response to steroid hormone stimulus / morphogenesis of an epithelial fold / response to testosterone / seminiferous tubule development / androgen receptor signaling pathway / single fertilization / mammary gland alveolus development / regulation of protein localization to plasma membrane / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / positive regulation of phosphorylation / steroid binding / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of cell differentiation / response to insulin / multicellular organism growth / transcription coactivator binding / positive regulation of miRNA transcription / beta-catenin binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / nuclear receptor activity / male gonad development / MAPK cascade / response to estradiol / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ATPase binding / regulation of gene expression / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / transcription cis-regulatory region binding / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / axon / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / dendrite / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding
類似検索 - 分子機能
Androgen receptor / Androgen receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Androgen receptor / Androgen receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8NH / Androgen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ostrowski, J. / Kuhns, J.E. / Lupisella, J.A. / Manfredi, M.C. / Beehler, B.C. / Krystek, S.R. / Bi, Y. / Sun, C. / Seethala, R. / Golla, R. ...Ostrowski, J. / Kuhns, J.E. / Lupisella, J.A. / Manfredi, M.C. / Beehler, B.C. / Krystek, S.R. / Bi, Y. / Sun, C. / Seethala, R. / Golla, R. / Sleph, P.G. / Fura, A. / An, Y. / Kish, K.F. / Sack, J.S. / Mookhtiar, K.A. / Grover, G.J. / Hamann, L.G.
引用ジャーナル: Endocrinology / 年: 2007
タイトル: Pharmacological and x-ray structural characterization of a novel selective androgen receptor modulator: potent hyperanabolic stimulation of skeletal muscle with hypostimulation of prostate in rats.
著者: Ostrowski, J. / Kuhns, J.E. / Lupisella, J.A. / Manfredi, M.C. / Beehler, B.C. / Krystek, S.R. / Bi, Y. / Sun, C. / Seethala, R. / Golla, R. / Sleph, P.G. / Fura, A. / An, Y. / Kish, K.F. / ...著者: Ostrowski, J. / Kuhns, J.E. / Lupisella, J.A. / Manfredi, M.C. / Beehler, B.C. / Krystek, S.R. / Bi, Y. / Sun, C. / Seethala, R. / Golla, R. / Sleph, P.G. / Fura, A. / An, Y. / Kish, K.F. / Sack, J.S. / Mookhtiar, K.A. / Grover, G.J. / Hamann, L.G.
履歴
登録2006年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Androgen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5882
ポリマ－30,2821
非ポリマー3061
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.640, 65.620, 70.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Androgen receptor / Dihydrotestosterone receptor


分子量: 30282.414 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ar, Nr3c4 / プラスミド: PET28B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P15207
#2: 化合物 ChemComp-8NH / 2-CHLORO-4-[(7R,7AS)-7-HYDROXY-1,3-DIOXOTETRAHYDRO-1H-PYRROLO[1,2-C]IMIDAZOL-2(3H)-YL]-3-METHYLBENZONITRILE


分子量: 305.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12ClN3O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.36 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.88M NA TARTRATE, 0.1M NA HEPES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年4月24日 / 詳細: "BLUE" CONFOCAL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→25 Å / Num. obs: 5527 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I37

1i37


解像度: 3→18.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Data cutoff high absF: 895069.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 304 5.5 %RANDOM
Rwork0.249 ---
obs-5481 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.8 Å20 Å20 Å2
2---10.31 Å20 Å2
3----11.48 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→18.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2002 0 21 8 2031
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d20.5
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d1.05
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it1.291.5
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it2.272
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it1.812
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it2.862.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.049 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 51 5.8 %
Rwork0.272 832 -
obs--99.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4bms-564929.parbms-564929.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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