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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2neo | |||||||||||||||||||||
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タイトル | SOLUTION NMR STRUCTURE OF A TWO-BASE DNA BULGE COMPLEXED WITH AN ENEDIYNE CLEAVING ANALOG, 11 STRUCTURES | |||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / BULGE DNA / ENEDIYNE ANTIBIOTICS ANTITUMOR AGENTS / CARBOHYDRATES / BULGE BINDING LIGANDS / DEOXYRIBONUCLEIC ACID | 機能・相同性 | Chem-NCS / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS | データ登録者 | Stassinopoulos, A. / Ji, J. / Gao, X. / Goldberg, I.H. | 引用 | ジャーナル: Science / 年: 1996 | タイトル: Solution structure of a two-base DNA bulge complexed with an enediyne cleaving analog. 著者: Stassinopoulos, A. / Ji, J. / Gao, X. / Goldberg, I.H. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2neo.cif.gz | 169.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2neo.ent.gz | 120.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2neo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2neo_validation.pdf.gz | 439.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2neo_full_validation.pdf.gz | 522.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2neo_validation.xml.gz | 25.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2neo_validation.cif.gz | 39.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/2neo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/2neo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5649.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: NEOCARZINOSTATIN CHROMOPHORE DERIVATIVE (NCSI-GB)-BULGE-D(CCCGATCG-LINKER-GCAATTCGGG) COMPLEX |
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#2: 化合物 | ChemComp-NCS / |
非ポリマーの詳細 | PGE: THE LINKER IS TRIETHYLEN |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
試料状態 | pH: 6 / 温度: 278 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AMX II / 製造業者: Bruker / モデル: AMX II / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
ソフトウェア |
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NMR software |
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精密化 | 手法: DISTANCE GEOMETRY, MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
NMRアンサンブル | 計算したコンフォーマーの数: 7 / 登録したコンフォーマーの数: 11 |