PDB-2neo: SOLUTION NMR STRUCTURE OF A TWO-BASE DNA BULGE COMPLEXED WITH AN ...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 2neo

タイトル

SOLUTION NMR STRUCTURE OF A TWO-BASE DNA BULGE COMPLEXED WITH AN ENEDIYNE CLEAVING ANALOG, 11 STRUCTURES

要素

DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*PGE*GP*CP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*G)-3')

キーワード

DNA / BULGE DNA / ENEDIYNE ANTIBIOTICS ANTITUMOR AGENTS / CARBOHYDRATES / BULGE BINDING LIGANDS / DEOXYRIBONUCLEIC ACID

機能・相同性

Chem-NCS / DNA / DNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS

データ登録者

Stassinopoulos, A. / Ji, J. / Gao, X. / Goldberg, I.H.

引用

ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: Solution structure of a two-base DNA bulge complexed with an enediyne cleaving analog.
著者: Stassinopoulos, A. / Ji, J. / Gao, X. / Goldberg, I.H.

履歴

登録	1997年6月19日	処理サイト: BNL
置き換え	1998年1月28日	ID: 1NEO
改定 1.0	1998年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月3日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月16日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2neo.cif.gz	169.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2neo.ent.gz	120.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2neo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/2neo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/2neo	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1ax6-d 1k5f-d 1x26-d 1lpw-d 1p4z-1 2lib-d 1s1k-1 3r86-d 3sox-1 4r4d-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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DNA (DNA)
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異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
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トランスポザーゼ (Transposase)
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#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
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ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
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#131 - 2010年11月
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HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
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エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
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DNAリガーゼ (DNA Ligase)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
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#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*PGE*GP*CP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*G)-3')

ヘテロ分子

6.31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	11 / 7
代表モデル

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPCPCPGPAPTPGPCPPGEGPCPAPAPTPTPCPGPGPG)-3') 分子量: 5649.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成詳細: NEOCARZINOSTATIN CHROMOPHORE DERIVATIVE (NCSI-GB)-BULGE-D(CCCGATCG-LINKER-GCAATTCGGG) COMPLEX
#2: 化合物	ChemComp-NCS / SPIRO[[7-METHOXY-5-METHYL-1,2-DIHYDRO-NAPHTHALENE]-3,1'-[5-HYDROXY-9-[2-METHYLAMINO-2,6-DIDEOXYGALACTOPYRANOSYL-OXY]-5-(2-OXO-[1,3]DIOXOLAN-4-YL)-3A,5,9,9A-TETRAHYDRO-3H-1-OXA-CYCLOPENTA[A]-S-INDACEN-2-ONE]] 分子量: 662.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₃₆NO₁₂
非ポリマーの詳細	PGE: THE LINKER IS TRIETHYLENE GLYCOL

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	COSY-35
1	4	1	1H-31P

-
試料調製

試料状態	pH: 6 / 温度: 278 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX II / 製造業者: Bruker / モデル: AMX II / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
X-PLOR	モデル構築
X-PLOR	精密化
X-PLOR	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR		BRUNGER	精密化
X-PLOR	3.1		構造決定

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY, MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

計算したコンフォーマーの数: 7 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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