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万見
- PDB-2n96: An unexpected mode of small molecule DNA binding provides the str... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n96
タイトルAn unexpected mode of small molecule DNA binding provides the structural basis for DNA cleavage by the potent antiproliferative agent (-)-lomaiviticin A
要素DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
キーワードDNA / diazofluorene / intercalator
機能・相同性Chem-4JF / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsminimized average structure, model1
Model type detailsminimized average
データ登録者Woo, C.M. / Li, Z. / Paulson, E. / Herzon, S.B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structural basis for DNA cleavage by the potent antiproliferative agent (-)-lomaiviticin A.
著者: Woo, C.M. / Li, Z. / Paulson, E.K. / Herzon, S.B.
履歴
登録2015年11月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22016年6月29日Group: Database references
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nmr_exptl_sample.component / _pdbx_nmr_exptl_sample.isotopic_labeling / _pdbx_nmr_refine.software_ordinal / _pdbx_nmr_sample_details.label / _pdbx_nmr_sample_details.type / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_nmr_spectrometer.type / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
Y: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2293
ポリマ－4,8532
非ポリマー1,3751
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)6 / 1000structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')


分子量: 2426.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-4JF / (1R,1'R,2S,2'S,3R,3'R,5aR,10aR,11a'S)-2'-[(2,6-dideoxy-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranosyl)oxy]-2,2'-diethyl-11,11 '-dihydrazinyl-6,6',9,9'-tetrahydroxy-4,4',5,5',10,10'-hexaoxo-1,1'-bis{[2,4,6-trideoxy-4-(dimethylamino)-beta-L-arabino -hexopyranosyl]oxy}[2,2',3,3',4,4',5,5',5a,8,10,10',10a,11a'-tetradecahydro-1H,1'H-[3,3'-bibenzo[b]fluorene]]-2-yl 2,6-dideoxy-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranoside / Lomaiviticin A


分子量: 1375.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C68H90N6O24

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DQF-COSY
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-1H NOESY
1412D 1H-1H NOESY
1522D 1H-1H NOESY
1622D DQF-COSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.1 uM DNA (5'-D(*(DG5)P*CP*TP*AP*TP*AP*GP*(DC3)*(DG5)P*CP*TP*AP*TP*AP*GP*(DC3))-3'), 1.1 uM lomaiviticin A, 100% D2Osample_1100% D2O
solution21.1 uM DNA (5'-D(*(DG5)P*CP*TP*AP*TP*AP*GP*(DC3)*(DG5)P*CP*TP*AP*TP*AP*GP*(DC3))-3'), 1.1 uM lomaiviticin A, 90% H2O/10% D2Osample_290% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.1 uMDNA (5'-D(*(DG5)P*CP*TP*AP*TP*AP*GP*(DC3)*(DG5)P*CP*TP*AP*TP*AP*GP*(DC3))-3')natural abundance1
1.1 uMlomaiviticin Anatural abundance1
1.1 uMDNA (5'-D(*(DG5)P*CP*TP*AP*TP*AP*GP*(DC3)*(DG5)P*CP*TP*AP*TP*AP*GP*(DC3))-3')natural abundance2
1.1 uMlomaiviticin Anatural abundance2
試料状態イオン強度: 24 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 297 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent Direct Drive / 製造業者: Agilent / モデル: Direct Drive / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber14Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollmanstructure calculation
Amber14Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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