PDB-2my5: Solution Structure of KstB-PCP in kosinostatin biosynthesis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2my5

タイトル

Solution Structure of KstB-PCP in kosinostatin biosynthesis

要素

Peptidyl carrier protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Ppant binnding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Micromonospora sp. TP-A0468 (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

fewest violations and lowest energy, model1

データ登録者

Zhao, B. / Lan, W. / Wang, C. / Tang, G. / Cao, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 1H and 15N Assigned Chemical Shifts for KstB-PCP
著者: Zhao, B. / Lan, W. / Wang, C. / Tang, G. / Cao, C.

履歴

登録	2015年1月20日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2my5.cif.gz	537.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2my5.ent.gz	452.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2my5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2my5_validation.pdf.gz	534.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2my5_full_validation.pdf.gz	855.4 KB	表示
XML形式データ	2my5_validation.xml.gz	86.9 KB	表示
CIF形式データ	2my5_validation.cif.gz	81.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/2my5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/2my5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2my6C 2my0 PDB 未公開エントリ 2my4 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3o85-2 4roj-1 4wwm-1 1t2h-1 1qjt-d 7ksc-1 2lpn-d 6kc4-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25446

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Peptidyl carrier protein

ヘテロ分子

10 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	20
代表モデル	モデル #1	fewest violations and lowest energy

#1: タンパク質	Peptidyl carrier protein 分子量: 9664.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora sp. TP-A0468 (バクテリア) 遺伝子: KstB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: A0A023GUP0
#2: 化合物	ChemComp-PN7 / N~3~-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-sulfanylethyl)-beta-alaninamide 分子量: 358.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₃N₂O₇PS

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: 3D CBCA(CO)NH

-
試料調製

詳細	内容: 2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] KstB-PCP(holo)-1, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 2 mM / 構成要素: KstB-PCP(holo)-1 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態	pH: 7.0 / Temperature units: K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: AGILENT INOVA / 製造業者: Agilent / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software	名称: CNS / 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造	選択基準: fewest violations and lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: 20 / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)