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- PDB-2lpn: Solution Structure of N-Terminal domain of human Conserved Dopami... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lpn
タイトルSolution Structure of N-Terminal domain of human Conserved Dopamine Neurotrophic Factor (CDNF)
要素Cerebral dopamine neurotrophic factor
キーワードHORMONE / Nerve growth factor / neurotrophic factor / intercellular signaling protein / nerve tissue protein / neuronal growth-associated
機能・相同性
機能・相同性情報


dopaminergic neuron differentiation / growth factor activity / neuron projection development / endoplasmic reticulum / extracellular space
類似検索 - 分子機能
ARMET, C-terminal / ARMET, N-terminal / ARMET-like / ARMET, C-terminal / ARMET, N-terminal / Saposin-like / NK-Lysin / SAP domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cerebral dopamine neurotrophic factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 19
データ登録者Latge, C. / Cabral, K.M.S. / Foguel, D. / Pires, J.R.M. / Almeida, M.S.
引用
ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2013
タイトル: (1)H-, (13)C- and (15)N-NMR assignment of the N-terminal domain of human cerebral dopamine neurotrophic factor (CDNF).
著者: Latge, C. / Cabral, K.M. / Almeida, M.S. / Foguel, D.
#1: ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2012
タイトル: (1)H-, (13)C- and (15)N-NMR assignment of the N-terminal domain of human cerebral dopamine neurotrophic factor (CDNF).
著者: Latge, C. / Cabral, K.M. / Almeida, M.S. / Foguel, D.
履歴
登録2012年2月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cerebral dopamine neurotrophic factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9651
ポリマ－11,9651
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Cerebral dopamine neurotrophic factor / ARMET-like protein 1 / Conserved dopamine neurotrophic factor


分子量: 11964.949 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-131 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDNF, ARMETL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta Gami B (DE3) / 参照: UniProt: Q49AH0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HNCA
1413D HN(CA)CB
1513D HBHA(CO)NH
1613D (H)CCH-TOCSY
1713D 1H-15N TOCSY
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY
11012D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細内容: 0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 10 % [U-2H] D2O, 5 mM sodium azide, 20 mM MES, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMentity-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 %D2O-2[U-2H]1
5 mMsodium azide-31
20 mMMES-41
150 mMsodium chloride-51
試料状態イオン強度: 175 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgespeak picking
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
TopSpin3Bruker Biospincollection
TopSpin3Bruker Biospin解析
CARA1.8.4.2.Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8.4.2.Keller and Wuthrichデータ解析
CNSSOLVE1.1.Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSSOLVE1.1.Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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