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万見
- PDB-2lp8: SOLUTION STRUCTURE OF AN APOPTOSIS ACTIVATING PHOTOSWITCHABLE BAK... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lp8
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF AN APOPTOSIS ACTIVATING PHOTOSWITCHABLE BAK PEPTIDE BOUND to BCL-XL
要素
  • Bcl-2 homologous antagonist/killer
  • Bcl-2-like protein 1
キーワードAPOPTOSIS/APOPTOSIS ACTIVATOR / APOPTOSIS / AZOBENZENE / PHOTOSWITCH / PHOTOCONTROL / APOPTOSIS INHIBITOR / APOPTOSIS-APOPTOSIS ACTIVATOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / limb morphogenesis / apoptotic process in bone marrow cell ...Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / limb morphogenesis / apoptotic process in bone marrow cell / Release of apoptotic factors from the mitochondria / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / positive regulation of mononuclear cell proliferation / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / fertilization / regulation of growth / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / fibroblast apoptotic process / response to UV-C / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / apoptotic mitochondrial changes / porin activity / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to alkaloid / thymocyte apoptotic process / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / pore complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / vagina development / germ cell development / BH3 domain binding / B cell homeostasis / positive regulation of proteolysis / negative regulation of anoikis / blood vessel remodeling / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Pyroptosis / cellular response to unfolded protein / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein localization to plasma membrane / animal organ regeneration / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / heat shock protein binding / response to cytokine / negative regulation of autophagy / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / response to gamma radiation / establishment of localization in cell / cellular response to amino acid stimulus / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to gamma radiation / : / response to hydrogen peroxide / synaptic vesicle membrane / cellular response to mechanical stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / endocytosis / male gonad development / RAS processing / cellular response to UV / protein-folding chaperone binding / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / neuron apoptotic process / spermatogenesis / nuclear membrane / defense response to virus
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-33B / Bcl-2-like protein 1 / Bcl-2 homologous antagonist/killer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wysoczanski, P. / Mart, R.J. / Loveridge, J.E. / Williams, C. / Whittaker, S.B.-M. / Crump, M.P. / Allemann, R.K.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: NMR Solution Structure of a Photoswitchable Apoptosis Activating Bak Peptide Bound to Bcl-x(L).
著者: Wysoczanski, P. / Mart, R.J. / Loveridge, E.J. / Williams, C. / Whittaker, S.B. / Crump, M.P. / Allemann, R.K.
履歴
登録2012年2月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月9日Group: Database references
改定 1.22012年5月23日Group: Database references
改定 2.02021年8月18日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_nmr_exptl / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_exptl_sample.component / _pdbx_nmr_exptl_sample.isotopic_labeling / _pdbx_nmr_representative.selection_criteria / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct.pdbx_model_details / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1
B: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6303
ポリマ－23,1042
非ポリマー5251
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 21455.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L, BCL2L1, BCLX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2 homologous antagonist/killer / Apoptosis regulator BAK / Bcl-2-like protein 7 / Bcl2-L-7


分子量: 1648.934 Da / 分子数: 1 / Fragment: BH3 domain residues 72-87 / Mutation: Q73C, Q77A, I80A, I81F, D84C / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16611
#3: 化合物 ChemComp-33B / 3,3'-(E)-diazene-1,2-diylbis{6-[(chloroacetyl)amino]benzenesulfonic acid} / 5,5′-[(E)-アゾ]ビス[2-(クロロアセチルアミノ)ベンゼンスルホン酸]


分子量: 525.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14Cl2N4O8S2
配列の詳細THE AUTHOR STATES THAT THERE IS A DELETION OF RESIDUES 45-84 AND RESIDUES 210-233. RESIDUES ARE ...THE AUTHOR STATES THAT THERE IS A DELETION OF RESIDUES 45-84 AND RESIDUES 210-233. RESIDUES ARE CONTINUOUSLY NUMBERED IGNORING THE DELETION.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D (H)CCH-TOCSY
1413D CBCA(CO)NH
1513D C(CO)NH
1613D HNCO
1713D HNCA
1813D HN(CA)CB
1913D H(CCO)NH
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-13C NOESY
112213C, 15N F1, F2 FILTERED 2D 1H-1H NOESY
113313C, 15N F1, F2 FILTERED 2D 1H-1H NOESY
114213C, 15N F1, F2 FILTERED 2D 1H-1H TOCSY
115313C, 15N F1, F2 FILTERED 2D 1H-1H TOCSY
116213C, 15N F2f 2D 1H-1H NOESY
117215N F1, F2 FILTERED 2D 1H-1H TOCSY
11813D 1H-15N TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 MM [U-98% 13C U-98% 15N] BCL- XL, 1.1 MM PHOTOSWITCHABLE BAK, 5 MM SODIUM PHOSPHATE, 5 MM 2- MERCAPTOETHANOL, 90% H2O/10% D2Osample_190% H2O/10% D2O
solution21 MM [U-98% 13C U-98% 15N] BCL- XL, 1.1 MM PHOTOSWITCHABLE BAK, 5 MM SODIUM PHOSPHATE, 90% H2O/10% D2Osample_290% H2O/10% D2O
solution31 MM [U-98% 13C U-98% 15N] BCL-XL, 1.1 MM PHOTOSWITCHABLE BAK, 5 MM SODIUM PHOSPHATE, 100% D2Osample_390% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMBCL-XL[U-98% 13C; U-98% 15N]1
1.1 mMPHOTOSWITCHABLE BAKnatural abundance1
5 mMSODIUM PHOSPHATEnatural abundance1
5 mM2-MERCAPTOETHANOLnatural abundance1
1 mMBCL-XL[U-98% 13C; U-98% 15N]2
1.1 mMPHOTOSWITCHABLE BAKnatural abundance2
5 mMSODIUM PHOSPHATEnatural abundance2
1 mMBCL-XL[U-98% 13C; U-98% 15N]3
1.1 mMPHOTOSWITCHABLE BAKnatural abundance3
5 mMSODIUM PHOSPHATEnatural abundance3
試料状態イオン強度: 50 / pH: 7.3 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA9002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 3638 / NOE intraresidue total count: 1289 / NOE long range total count: 442 / NOE medium range total count: 658 / NOE sequential total count: 753 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 154 / Protein psi angle constraints total count: 154
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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