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万見
- PDB-2loa: Structural Basis for Bifunctional Zn(II) Macrocyclic Complex Reco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2loa
タイトルStructural Basis for Bifunctional Zn(II) Macrocyclic Complex Recognition of Thymine Bulges in DNA
要素DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')
キーワードDNA / thymine bulge / BIFUNCTIONAL ZN(II) MACROCYCLIC COMPLEX / cyclen
機能・相同性Chem-C4Q / DNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, Docking with energy minimization
Model detailsmost favorable docked structure, model 1
データ登録者Morrow, J.R. / Fountain, M.A. / del Mundo, I.A. / Siter, K.E.
引用ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Bifunctional Zinc(II) Macrocyclic Complex Recognition of Thymine Bulges in DNA.
著者: Del Mundo, I.M. / Siters, K.E. / Fountain, M.A. / Morrow, J.R.
履歴
登録2012年1月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4253
ポリマ－3,0461
非ポリマー3792
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1most favorable docked structure

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')


分子量: 3045.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-C4Q / 4-(1,4,7,10-tetraazacyclododecan-1-ylmethyl)quinoline / 1-(4-キノリルメチル)-1,4,7,10-テトラアザシクロドデカン


分子量: 313.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H27N5
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: NMR structure if a thymine bulge with a Zn 1-(4-quinoylyl)methyl-1,4,7,10-tetraazacyclododecane complex bound
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DQF-COSY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
2422D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3'), 100% D2O100% D2O
22.0 mM DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3'), 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
0.6 mMDNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')-11
2.0 mMDNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')-22
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.17.5ambient 293 K
20.17.5ambient 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
Sparky3.14Goddardchemical shift assignment
Sparky3.14Goddardデータ解析
HyperChem6HyperCube, Inc精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, Docking with energy minimization
ソフトェア番号: 1
詳細: One of the structures from PDB 2lo8 was selected and used for docking of of the Zn(cy4q), One conformer was selected from the the cyana calculation above and the Zn(cy4q) docked using energy ...詳細: One of the structures from PDB 2lo8 was selected and used for docking of of the Zn(cy4q), One conformer was selected from the the cyana calculation above and the Zn(cy4q) docked using energy minimization and distance restraints obtained from NMR data.
NMR constraintsNA alpha-angle constraints total count: 4 / NA beta-angle constraints total count: 4 / NA chi-angle constraints total count: 8 / NA delta-angle constraints total count: 6 / NA epsilon-angle constraints total count: 4 / NA gamma-angle constraints total count: 4 / NA other-angle constraints total count: 0 / NA sugar pucker constraints total count: 0 / NOE constraints total: 118 / NOE long range total count: 64
代表構造選択基準: most favorable docked structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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