PDB-1ao9: INTRAMOLECULAR DNA DUPLEX CONTAINING A NON-NUCLEOTIDE LINKER (GAG...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ao9

タイトル

INTRAMOLECULAR DNA DUPLEX CONTAINING A NON-NUCLEOTIDE LINKER (GAGAGA-X-TCTCCT), NMR, 12 STRUCTURES

要素

DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*AP*DOP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3')

キーワード

DNA / INTRAMOLECULAR DUPLEX / DEOXYRIBONUCLEIC ACID

機能・相同性

DNA / DNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS

データ登録者

Bartley, J.P.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Solution conformation of an intramolecular DNA triplex containing a nonnucleotide linker: comparison with the DNA duplex.
著者: Bartley, J.P. / Brown, T. / Lane, A.N.

履歴

登録	1997年7月22日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ao9.cif.gz	94.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ao9.ent.gz	56.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ao9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/1ao9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/1ao9	HTTPS FTP

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関連構造データ

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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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登録構造単位

A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*AP*DOP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3')

3.97 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	12 / 12	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GPAPGPAPGPAPDOPTPCPTPCPTPC)-3') 分子量: 3966.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成詳細: DI-(OCTYLPHOSPHATE) LINKER BETWEEN PURINE AND PYRIMIDINE STRANDS

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	COSY

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試料調製

試料状態	pH: 5 / 温度: 303 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

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解析

ソフトウェア

名称	分類
VNMR	モデル構築
AMBER	精密化
VNMR	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Insight II	II	MSI	精密化
VNMR			構造決定

精密化

手法: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS USING AMBER FORCEFIELD UNTIL RESIDUAL RESTRAINT ENERGY WAS LESS THAN 1 KCAL MOL-1. THE BEST 12 STRUCTURES HAD PAIRWISE RMSD OF 0.51 A.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 12 / 登録したコンフォーマーの数: 12

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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