PDB-2kaw: NMR structure of the mDvl1 PDZ domain in complex with its inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kaw

タイトル

NMR structure of the mDvl1 PDZ domain in complex with its inhibitor

要素

Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / INHIBITOR OF PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS / PROTEIN STRUCTURE / PDZ DOMAIN / WNT SIGNALING / Developmental protein / Wnt signaling pathway

機能・相同性

機能・相同性情報

WNT mediated activation of DVL / convergent extension involved in organogenesis / PCP/CE pathway / convergent extension involved in neural plate elongation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / : / cochlea morphogenesis / postsynapse organization / Degradation of DVL ...WNT mediated activation of DVL / convergent extension involved in organogenesis / PCP/CE pathway / convergent extension involved in neural plate elongation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / : / cochlea morphogenesis / postsynapse organization / Degradation of DVL / protein localization to microtubule / RHO GTPases Activate Formins / presynapse assembly / positive regulation of neuron projection arborization / collateral sprouting / neurotransmitter secretion / frizzled binding / dendritic spine morphogenesis / axon extension / Wnt signalosome / dendrite morphogenesis / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / clathrin-coated vesicle / regulation of postsynapse organization / regulation of synaptic vesicle exocytosis / neuromuscular junction development / receptor clustering / heart looping / neuronal dense core vesicle / outflow tract morphogenesis / synaptic vesicle exocytosis / social behavior / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / protein localization to nucleus / lateral plasma membrane / canonical Wnt signaling pathway / prepulse inhibition / cytoplasmic microtubule organization / axonogenesis / negative regulation of protein phosphorylation / axon guidance / regulation of protein phosphorylation / synapse organization / Schaffer collateral - CA1 synapse / small GTPase binding / Wnt signaling pathway / positive regulation of neuron projection development / beta-catenin binding / microtubule cytoskeleton / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / presynapse / regulation of protein localization / growth cone / cytoplasmic vesicle / microtubule / dendritic spine / postsynaptic density / protein stabilization / intracellular signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / synapse / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / simulated annealing, HADDOCK

データ登録者

Lee, H.J. / Shao, Y. / Wang, N.X. / Shi, D.L. / Zheng, J.J.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2009
タイトル: Sulindac inhibits canonical Wnt signaling by blocking the PDZ domain of the protein Dishevelled.
著者: Lee, H.J. / Wang, N.X. / Shi, D.L. / Zheng, J.J.

履歴

登録	2008年11月17日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kaw.cif.gz	539.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kaw.ent.gz	452.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kaw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2kaw_validation.pdf.gz	444.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2kaw_full_validation.pdf.gz	526.3 KB	表示
XML形式データ	2kaw_validation.xml.gz	30.6 KB	表示
CIF形式データ	2kaw_validation.cif.gz	51 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/2kaw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/2kaw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1l6o 1mc7
類似構造データ	2mx6-d 1u4a-d 3r3m-1 3fym-d 2fn5-d 5inz-d 4zgk-2 4zka-1 2qg1-d 1oq3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (4) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-1

ヘテロ分子

9.99 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 2000	LOWEST ENERGY CONFORMATION
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-1 / Dishevelled-1 / DSH homolog 1 分子量: 9632.888 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 248-337, PDZ DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dvl1, Dvl / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / 参照: UniProt: P51141
#2: 化合物	ChemComp-SUZ / [(1Z)-5-fluoro-2-methyl-1-{4-[methylsulfinyl]benzylidene}-1H-inden-3-yl]acetic acid / SULINDAC 分子量: 356.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₇FO₃S / コメント: 抗炎症剤*YM

#1: タンパク質

Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-1 / Dishevelled-1 / DSH homolog 1

分子量: 9632.888 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 248-337, PDZ DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dvl1, Dvl / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / 参照: UniProt: P51141

#2: 化合物

ChemComp-SUZ / [(1Z)-5-fluoro-2-methyl-1-{4-[methylsulfinyl]benzylidene}-1H-inden-3-yl]acetic acid / SULINDAC

分子量: 356.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₇FO₃S / コメント: 抗炎症剤*YM

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-F1 HALF FILTERED F2 EDIT
1	2	1	2D 1H-15N HSQC
1	3	1	2D 1H-13C HSQC
1	4	1	3D CBCA(CO)NH
1	5	1	3D HNCO
1	6	1	3D CBCA(CO)NH
1	7	1	3D (H)CCH-TOCSY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED WITH HADDOCK USING BASED ON A TOTAL OF 55 RESTRAINTS: 45 INTERMOLECULAR DISTANCE CONTRAINTS, 7 INTRAMOLECULAR DISTANCE CONTRAINTS FOR SMALL MOLECULE, AND 3 ARE ...

-
試料調製

詳細	内容: 1MM MDVL1 PDZ DOMAIN U-15N,13C, 10 MM SUZ, 100MM PHOSPHATE BUFFER PH 7.5, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1 mM / 構成要素: PDZ / Isotopic labeling: [U-90% 15N, 13C]
試料状態	イオン強度: 100 / pH: 7.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
BRUKER AVANCE	Bruker	AVANCE	600	1
BRUKER AVANCE	Bruker	AVANCE	800	2
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
HADDOCK	1.2	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	構造決定
HADDOCK	1.2	Dominguez, Boelens, Bonvin	構造決定
NMRPipe		Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
SPAKY	3.1	Goddard	chemical shift assignment
HADDOCK	1.2	Dominguez, Boelens, Bonvin	精密化

精密化

手法: simulated annealing, HADDOCK / ソフトェア番号: 1 / 詳細: NOE distance violation (<0.5A)

NMR constraints

NOE constraints total: 52

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY CONFORMATION
計算したコンフォーマーの数: 2000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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