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- PDB-2ibn: Crystal structure of Human myo-Inositol Oxygenase (MIOX) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ibn
タイトルCrystal structure of Human myo-Inositol Oxygenase (MIOX)
要素Inositol oxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / reductase / inositol / diiron / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol oxygenase / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen / inositol oxygenase activity / inositol catabolic process / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / inositol phosphate metabolic process / aldo-keto reductase (NADPH) activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / inclusion body / ferric iron binding ...inositol oxygenase / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen / inositol oxygenase activity / inositol catabolic process / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / inositol phosphate metabolic process / aldo-keto reductase (NADPH) activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / inclusion body / ferric iron binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inositol oxygenase / Myo-inositol oxygenase
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / : / Chem-I1N / Inositol oxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Hallberg, B.M. / Busam, R.D. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Collins, R. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...Hallberg, B.M. / Busam, R.D. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Collins, R. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hogbom, M. / Holmberg-Schiavone, L. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Nilsson-Ehle, P. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Ogg, D. / Sagemark, J. / Stenmark, P. / Sundstrom, M. / Uppenberg, J. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Thorsell, A.G. / Persson, C. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural and Biophysical Characterization of Human myo-Inositol Oxygenase
著者: Thorsell, A.G. / Persson, C. / Voevodskaya, N. / Busam, R.D. / Hammarstrom, M. / Graslund, S. / Graslund, A. / Hallberg, B.M.
履歴
登録2006年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol oxygenase
B: Inositol oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,38412
ポリマ－59,3702
非ポリマー1,01410
水9,800544
1
A: Inositol oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1926
ポリマ－29,6851
非ポリマー5075
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Inositol oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1926
ポリマ－29,6851
非ポリマー5075
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.715, 55.861, 111.516
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Inositol oxygenase / Myo-inositol oxygenase / Aldehyde reductase-like 6 / Renal-specific oxidoreductase / Kidney- ...Myo-inositol oxygenase / Aldehyde reductase-like 6 / Renal-specific oxidoreductase / Kidney-specific protein 32


分子量: 29685.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UGB7, inositol oxygenase

-
非ポリマー , 5種, 554分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-I1N / (2S,3R,4R,5S,6S)-2,3,4,5,6-PENTAHYDROXYCYCLOHEXANONE / L-chiro-1-イノソ-ス


分子量: 178.140 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O6
#5: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 100 mM Tris pH 7.8, 1.8 M Ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9876 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月26日
放射モノクロメーター: Channel cut Si(311) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9876 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 140563 / % possible obs: 67.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 12.21
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 36373 / Rsym value: 0.369 / % possible all: 27

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ProDCデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→29.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.243 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 3633 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.208 71962 --
obs0.208 71962 68.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.966 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å2-0.09 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3987 0 52 544 4583
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5221.9435655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3745483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.9323.521213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.91915663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.821521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2571
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023272
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.22184
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.22821
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0330.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1781.52483
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.46923914
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.57931951
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5784.51741
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.465 66 -
Rwork0.386 1413 -
obs-1479 19.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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