PDB-2fzs: Crystal structure of E. coli ClpP with a Peptide Chloromethyl Ket...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fzs

タイトル

Crystal structure of E. coli ClpP with a Peptide Chloromethyl Ketone Covalently Bound at the Active Site

要素

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

キーワード

HYDROLASE / ATP-dependent ClpP protease / Z-Leu-Tyr Chloromethyl Ketone Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

HslUV protease complex / endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / positive regulation of programmed cell death / response to temperature stimulus / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / proteasomal protein catabolic process / serine-type peptidase activity / response to radiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Szyk, A. / Maurizi, M.R.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure at 1.9A of E. coli ClpP with a peptide covalently bound at the active site.
著者: Szyk, A. / Maurizi, M.R.

履歴

登録	2006年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 600

HETEROGEN THE BENZYLOXYCARBONYL-LEUCYLTYROSINE CHLOROMETHYL KETONE (Z-LEU-TYR-CMK) REACTS WITH CLPP ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fzs.cif.gz	588.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fzs.ent.gz	485.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fzs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/2fzs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/2fzs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tyfS 1tg6 1y7o 2cby 2f6i S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3p2l-1 4ryf-d 5g1r-1 5dzk-1 5c90-d 3v5i-1 3v5e-d 5e0s-1 6sfx-d 5dzk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

311 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	190.7, 101.0, 155.4
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 99.0, 90.0
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

The biological assembly is a tetradecamer, present in the asymmetric unit

#1: タンパク質	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp / Caseinolytic protease / Protease Ti / Heat shock protein F21.5 分子量: 21586.863 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12, MG1655 / 遺伝子: clpP, lopP / プラスミド: pET3d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P0A6G7, endopeptidase Clp
#2: 化合物	ChemComp-CMQ / N~2~-[(BENZYLOXY)CARBONYL]-N-[(1S,2S)-2-HYDROXY-1-(4-HYDROXYBENZYL)PROPYL]-L-LEUCINAMIDE 分子量: 428.521 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₂N₂O₅
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2855 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M tri-sodium citrate, 0.15M ammonium acetate, 30% PEG 4000 , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.2547 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月14日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: SI 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2547 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 215884 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 21.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY: 1TYF

1tyf

解像度: 1.9→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 6.889 / SU ML: 0.107 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.233	10731	5 %	RANDOM
R_work	0.173	-	-	-
all	0.176	203390	-	-
obs	0.176	203390	93.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.85 Å²	0 Å²	0.51 Å²
2-	-	0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20264	0	650	2855	23769

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	21600
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.787	2.005	29004
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.082	5	2564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.968	24.178	955
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.177	15	3954
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.434	15	152
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	3316
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	15796
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	12024
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	14948
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	2498
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.237	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.2	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.046	1.5	13430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.537	2	20922
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.766	3	9146
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.176	4.5	8082

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	787	-
R_work	0.239	15261	-
obs	-	-	96.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2252	-0.1201	-0.1191	0.5751	0.1565	1.5029	0.0292	-0.1217	0.1726	-0.0428	0.0554	-0.1046	-0.1352	0.1269	-0.0846	-0.1682	-0.0568	-0.0108	-0.2493	-0.0611	-0.0789	62.6726	81.6472	29.162
2	0.9086	0.0032	-0.6273	0.6988	-0.397	1.2751	-0.0357	-0.3092	0.1916	0.0341	0.0676	-0.0547	-0.0733	0.3586	-0.0319	-0.196	-0.0391	-0.0342	0.0699	-0.1637	-0.1128	64.5138	76.5912	55.7796
3	0.7469	0.6651	-0.0378	1.6384	0.1734	0.741	-0.0607	-0.1494	0.0346	0.1468	0.1052	-0.1389	0.159	0.3131	-0.0444	-0.1644	0.1016	-0.0689	0.1977	-0.0804	-0.1899	65.5306	52.3611	68.2357
4	1.1063	0.0012	0.4329	0.5711	0.241	1.327	-0.1068	-0.3223	-0.0199	0.0765	0.0979	-0.1333	0.2891	0.2549	0.0089	0.0037	0.2279	-0.0414	0.0953	-0.0081	-0.1835	64.8289	27.3538	57.1525
5	1.1034	-0.1363	0.0167	0.9453	0.265	1.4491	-0.1564	-0.2434	-0.0338	0.169	0.2838	-0.1617	0.2299	0.3204	-0.1274	-0.0914	0.129	-0.0388	-0.1176	-0.0572	-0.1548	62.9166	20.2765	30.9524
6	1.2998	-0.6907	-0.0891	1.867	-0.1112	0.3665	-0.0709	0.0033	0.008	-0.0383	0.0969	-0.1707	0.0208	0.0632	-0.0261	-0.1809	-0.0135	0.0008	-0.2745	-0.0284	-0.1843	61.3508	36.737	9.2862
7	1.4318	-0.0372	-0.0436	1.2468	0.3877	0.7802	-0.0343	0.0254	0.0622	-0.0873	-0.01	-0.1305	-0.0404	0.0722	0.0442	-0.1548	-0.0304	0.0015	-0.293	0.015	-0.1836	61.3201	63.8459	8.5357
8	1.1814	0.0175	-0.7392	0.5091	-0.3081	1.8606	-0.0397	-0.198	0.1396	0.022	0.0369	0.0914	-0.1683	-0.2391	0.0028	-0.1671	0.0648	-0.0094	-0.0249	-0.1274	-0.1076	19.9005	78.1336	56.0207
9	0.5814	0.1434	-0.0776	1.4229	0.122	0.7863	-0.0868	-0.153	-0.0241	0.1551	-0.0513	0.2417	0.1669	-0.1243	0.1382	-0.1375	-0.0068	0.0586	0.0623	-0.0634	-0.1452	20.9839	55.4658	71.1408
10	1.1709	0.3023	0.3648	1.323	0.6784	0.9694	-0.0631	-0.2034	0.0112	0.1578	-0.0106	0.181	0.2401	-0.1368	0.0738	0.0025	-0.0266	0.0988	-0.0572	0.0505	-0.1699	20.5168	29.5522	62.8231
11	1.2094	-0.0495	0.077	0.4905	0.2708	1.7428	-0.0951	-0.0884	-0.117	0.139	0.0266	0.1912	0.2219	-0.1019	0.0685	-0.0487	-0.069	0.0687	-0.2111	0.025	-0.1145	18.7321	19.7745	37.5034
12	0.9798	-0.3488	0.0755	1.1928	-0.4026	1.1165	-0.0343	-0.0034	-0.0323	-0.0233	-0.0403	0.1804	0.1378	-0.1611	0.0746	-0.2048	-0.0432	-0.0087	-0.2263	-0.0326	-0.1556	16.998	33.6872	14.1919
13	0.9498	-0.3697	-0.1095	1.6353	0.2931	0.6678	-0.0941	-0.0092	0.0702	-0.0476	-0.0317	0.1434	-0.0209	-0.2064	0.1258	-0.1903	0.0098	-0.0374	-0.2178	-0.0227	-0.1595	16.6407	60.6662	10.3506
14	1.4904	-0.3182	-0.355	0.8338	0.5806	1.5355	-0.038	-0.1249	0.136	-0.0346	-0.0066	0.0922	-0.1601	-0.2395	0.0447	-0.1643	0.0647	-0.0411	-0.1705	-0.0706	-0.0916	18.0363	80.4348	29.0154

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	18 - 192	18 - 192
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	O	501
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	18 - 192	18 - 192
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	P	502
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	18 - 192	18 - 192
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	Q	503
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	18 - 192	18 - 192
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	R	504
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	18 - 192	18 - 192
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	S	505
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	18 - 192	18 - 192
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	T	506
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	18 - 192	18 - 192
14	X-RAY DIFFRACTION	7	G	U	507
15	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	18 - 192	18 - 192
16	X-RAY DIFFRACTION	8	H	V	508
17	X-RAY DIFFRACTION	9	I	I	18 - 192	18 - 192
18	X-RAY DIFFRACTION	9	I	W	509
19	X-RAY DIFFRACTION	10	J	J	18 - 192	18 - 192
20	X-RAY DIFFRACTION	10	J	X	510
21	X-RAY DIFFRACTION	11	K	K	18 - 192	18 - 192
22	X-RAY DIFFRACTION	11	K	Y	511
23	X-RAY DIFFRACTION	12	L	L	18 - 192	18 - 192
24	X-RAY DIFFRACTION	12	L	Z	512
25	X-RAY DIFFRACTION	13	M	M	18 - 192	18 - 192
26	X-RAY DIFFRACTION	13	M	AA	513
27	X-RAY DIFFRACTION	14	N	N	18 - 192	18 - 192
28	X-RAY DIFFRACTION	14	N	BA	514

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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