PDB-2fvm: Crystal structure of dihydropyrimidinase from Saccharomyces kluyv...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fvm

タイトル

Crystal structure of dihydropyrimidinase from Saccharomyces kluyveri in complex with the reaction product N-carbamyl-beta-alanine

要素

dihydropyrimidinase

キーワード

HYDROLASE / beta/alpha barrel / beta sandwich

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydropyrimidinase / dihydropyrimidinase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Lachancea kluyveri (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Dobritzsch, D. / Lohkamp, B.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The Crystal Structures of Dihydropyrimidinases Reaffirm the Close Relationship between Cyclic Amidohydrolases and Explain Their Substrate Specificity.
著者: Lohkamp, B. / Andersen, B. / Piskur, J. / Dobritzsch, D.

履歴

登録	2006年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fvm.cif.gz	420.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fvm.ent.gz	342.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fvm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2fvm_validation.pdf.gz	473.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fvm_full_validation.pdf.gz	486 KB	表示
XML形式データ	2fvm_validation.xml.gz	76.6 KB	表示
CIF形式データ	2fvm_validation.cif.gz	108.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/2fvm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/2fvm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2ftwC 2ftySC 2fvkC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2fty-d 2fvk-d 3idz-d 5k41-1 5cqz-1 3qrf-d 6ddc-1 6nme-d 4oo8-1 5opk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4)

登録構造単位

A: dihydropyrimidinase

B: dihydropyrimidinase

C: dihydropyrimidinase

D: dihydropyrimidinase

ヘテロ分子

250 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.141, 73.027, 164.105
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ILE	ILE	SER	SER	2	A	A	3 - 103	2 - 102
2	1	1	ILE	ILE	SER	SER	2	B	B	3 - 103	2 - 102
3	1	1	ILE	ILE	SER	SER	2	C	C	3 - 103	2 - 102
4	1	1	ILE	ILE	SER	SER	2	D	D	3 - 103	2 - 102
5	2	1	GLY	GLY	PRO	PRO	2	A	A	106 - 142	105 - 141
6	2	1	GLY	GLY	PRO	PRO	2	B	B	106 - 142	105 - 141
7	2	1	GLY	GLY	PRO	PRO	2	C	C	106 - 142	105 - 141
8	2	1	GLY	GLY	PRO	PRO	2	D	D	106 - 142	105 - 141
9	3	1	ASP	ASP	ARG	ARG	2	A	A	151 - 292	150 - 291
10	3	1	ASP	ASP	ARG	ARG	2	B	B	151 - 292	150 - 291
11	3	1	ASP	ASP	ARG	ARG	2	C	C	151 - 292	150 - 291
12	3	1	ASP	ASP	ARG	ARG	2	D	D	151 - 292	150 - 291
13	4	1	ILE	ILE	PRO	PRO	2	A	A	306 - 379	305 - 378
14	4	1	ILE	ILE	PRO	PRO	2	B	B	306 - 379	305 - 378
15	4	1	ILE	ILE	PRO	PRO	2	C	C	306 - 379	305 - 378
16	4	1	ILE	ILE	PRO	PRO	2	D	D	306 - 379	305 - 378
17	5	1	ASN	ASN	TYR	TYR	2	A	A	382 - 540	381 - 539
18	5	1	ASN	ASN	TYR	TYR	2	B	B	382 - 540	381 - 539
19	5	1	ASN	ASN	TYR	TYR	2	C	C	382 - 540	381 - 539
20	5	1	ASN	ASN	TYR	TYR	2	D	D	382 - 540	381 - 539
21	6	1	ZN	ZN	ZN	ZN	6	A	E - F	601 - 602
22	6	1	ZN	ZN	ZN	ZN	6	B	H - I	601 - 602
23	6	1	ZN	ZN	ZN	ZN	6	C	K - L	601 - 602
24	6	1	ZN	ZN	ZN	ZN	6	D	M - N	601 - 602
1	2	2	SER	SER	LEU	LEU	2	C	C	143 - 150	142 - 149
2	2	2	SER	SER	LEU	LEU	2	D	D	143 - 150	142 - 149
1	1	3	URP	URP	URP	URP	6	A	G	604
2	1	3	URP	URP	URP	URP	6	B	J	604
3	2	3	SER	SER	LEU	LEU	2	A	A	143 - 150	142 - 149
4	2	3	SER	SER	LEU	LEU	2	B	B	143 - 150	142 - 149

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	dihydropyrimidinase 分子量: 62325.090 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lachancea kluyveri (菌類) / 遺伝子: Pyd2 / プラスミド: P343 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9P903, dihydropyrimidinase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-URP / N-(AMINOCARBONYL)-BETA-ALANINE / N-CARBAMYL-BETA-ALANINE / BETA-UREIDOPROPIONATE / N-カルバモイル-β-アラニン分子量: 132.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈N₂O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 795 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.1M trisodium citrate, 0.1M bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.843 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.843 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.44→45 Å / Num. all: 77328 / Num. obs: 77328 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 29.6 Å² / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.44→2.57 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 7593 / R_sym value: 0.214 / % possible all: 74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 2fty

2fty

解像度: 2.45→44.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 16.08 / SU ML: 0.193 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1 / ESU R Free: 0.291 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23743	3922	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18199	-	-	-
obs	0.18477	73390	97.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	0 Å²	-0.3 Å²
2-	-	1.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→44.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16600	0	26	795	17421

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	17007
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.177	1.967	23082
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.803	5	2127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.516	25.007	727
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.033	15	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.95	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	2560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	12812
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	7408
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	11547
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	971
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.048	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.221	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.166	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.231	1.5	10928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.387	2	17183
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.795	3	7013
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.237	4.5	5895
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2053	tight positional	0.03	0.05
1	2	B	2053	tight positional	0.03	0.05
1	3	C	2053	tight positional	0.03	0.05
1	4	D	2053	tight positional	0.03	0.05
2	1	C	32	tight positional	0.03	0.05
3	1	A	32	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	1957	medium positional	0.3	0.5
1	2	B	1957	medium positional	0.36	0.5
1	3	C	1957	medium positional	0.34	0.5
1	4	D	1957	medium positional	0.36	0.5
2	1	C	31	medium positional	0.5	0.5
3	1	A	31	medium positional	0.53	0.5
1	1	A	2	loose positional	0.11	5
1	2	B	2	loose positional	0.09	5
1	3	C	2	loose positional	0.15	5
1	4	D	2	loose positional	0.15	5
3	1	A	9	loose positional	0.22	5
1	1	A	2053	tight thermal	0.05	0.5
1	2	B	2053	tight thermal	0.04	0.5
1	3	C	2053	tight thermal	0.05	0.5
1	4	D	2053	tight thermal	0.04	0.5
2	1	C	32	tight thermal	0.03	0.5
3	1	A	32	tight thermal	0.04	0.5
1	1	A	1957	medium thermal	0.31	2
1	2	B	1957	medium thermal	0.29	2
1	3	C	1957	medium thermal	0.32	2
1	4	D	1957	medium thermal	0.29	2
2	1	C	31	medium thermal	0.17	2
3	1	A	31	medium thermal	0.33	2
1	1	A	2	loose thermal	0.74	10
1	2	B	2	loose thermal	2.04	10
1	3	C	2	loose thermal	2.08	10
1	4	D	2	loose thermal	0.72	10
3	1	A	9	loose thermal	0.24	10

LS精密化シェル

解像度: 2.452→2.515 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	204	-
R_work	0.217	3613	-
obs	-	-	65.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7785	0.1108	0.7354	0.5666	-0.0808	0.9852	0.0219	-0.2348	-0.0601	0.0973	-0.028	0.0907	0.0942	-0.2083	0.0061	-0.1067	-0.0066	0.0473	-0.0676	-0.0053	-0.0712	47.6315	55.8734	78.6584
2	1.7355	-1.0506	1.659	3.1612	-1.6128	4.9445	-0.1175	0.0923	0.2478	-0.1014	0.0763	0.1369	-0.2863	-0.2772	0.0412	-0.1297	-0.0625	0.0213	-0.0183	-0.0205	0.0106	34.7519	63.99	62.9937
3	0.7011	-0.1244	-0.1383	0.8014	0.5872	1.1169	-0.0067	0.0727	-0.0066	0.0574	-0.0641	0.1261	0.1035	-0.1279	0.0708	-0.11	-0.0028	-0.0006	-0.0882	-0.0079	-0.0972	42.6703	58.1594	51.493
4	2.3337	3.123	0.5879	7.5289	-0.8549	1.9149	-0.1126	0.1559	-0.3573	-0.2112	0.1324	-0.4031	0.4026	0.127	-0.0199	-0.1171	0.0472	0.0334	-0.0276	-0.0473	-0.084	56.0001	50.4373	54.6043
5	1.014	0.4299	0.2354	1.1368	0.1496	1.4947	0.0537	-0.0203	-0.2448	0.014	-0.0208	-0.039	0.3109	-0.0137	-0.033	-0.06	0.0109	0.0207	-0.0938	0.0276	-0.0398	50.7441	43.7703	68.8674
6	1.3325	1.5483	-1.7881	3.8554	-5.4553	10.515	-0.0104	0.0851	0.1575	0.1094	-0.0076	0.1137	-0.5368	-0.1011	0.018	-0.0553	0.0257	-0.0237	-0.1159	-0.0622	-0.0346	47.1225	73.8942	60.43
7	1.4249	0.1296	-0.5832	0.749	-0.0508	1.0398	0.023	0.2123	0.1276	-0.1361	-0.0083	0.1299	-0.1008	-0.1591	-0.0146	-0.0537	0.0229	-0.0503	-0.067	0.002	-0.0908	48.5707	64.1302	4.5903
8	3.2124	5.0644	2.9312	18.9965	-10.8646	28.1871	-0.2781	0.0335	0.0943	0.195	-0.4517	0.0609	0.7762	-1.0593	0.7298	0.0003	0.0905	-0.0116	0.1249	-0.0031	0.1755	32.136	45.7231	29.6747
9	0.4569	-0.0194	-0.0273	0.6137	0.485	1.4146	0.0177	-0.0119	0.0306	-0.0539	-0.1202	0.0983	-0.1197	-0.1245	0.1025	-0.1084	0.0241	-0.0111	-0.0928	-0.0156	-0.0835	43.4651	62.0662	30.2922
10	2.7683	-2.4513	0.0722	6.973	-0.9761	2.5242	-0.0267	-0.0843	0.3812	0.1791	-0.0844	-0.2864	-0.34	0.1436	0.1111	-0.1469	-0.0551	-0.0038	-0.0587	-0.0297	-0.1027	56.593	68.9812	28.3542
11	1.2251	-0.5598	-0.2318	1.2538	0.1994	1.5033	0.0476	0.0145	0.2547	-0.0336	-0.0405	-0.0556	-0.3581	0.018	-0.0072	-0.004	-0.0107	-0.0248	-0.0987	0.031	-0.0422	52.7193	76.5212	13.5226
12	1.5927	-0.8426	0.6282	3.3365	-4.4162	8.4273	-0.0619	-0.0625	-0.1817	-0.2688	-0.1021	-0.0544	0.6162	-0.0737	0.164	-0.0557	0.0034	-0.008	-0.1269	-0.0733	-0.0421	48.5068	46.3511	21.5932
13	2.2761	-0.1542	-0.293	0.8402	0.0441	0.3896	-0.0223	-0.2845	0.1582	0.1085	0.0408	-0.0441	-0.0342	0.2069	-0.0185	-0.0955	-0.0125	-0.0402	-0.0422	-0.0183	-0.0987	82.3345	73.1487	77.4167
14	2.1399	-0.9881	-1.7425	3.0301	1.262	3.151	-0.1968	-0.0513	-0.2408	0.1867	0.2931	-0.4814	0.6285	0.3806	-0.0963	-0.0699	0.0093	-0.0258	0.0355	-0.0051	0.0256	96.08	61.9067	64.7306
15	0.4467	0.121	-0.1246	0.1057	0.1146	1.2064	0.0099	0.0177	0.0558	0.0151	0.0347	-0.1157	-0.1157	0.137	-0.0446	-0.0927	0.0048	-0.0011	-0.0658	-0.001	-0.0681	89.0644	64.6339	51.8573
16	2.0495	1.8747	-0.2632	6.6576	0.0565	1.3389	0.0161	0.1214	0.3931	-0.3814	-0.0352	0.2599	-0.4147	-0.0113	0.0191	0	0.0216	-0.0026	-0.0107	0.0172	-0.0915	77.2243	79.0632	52.4383
17	1.0835	0.7106	-0.4118	1.4905	-0.4578	1.8628	-0.0005	-0.0172	0.1944	-0.0608	0.0097	-0.0031	-0.2453	0.1141	-0.0092	-0.0926	-0.0156	0.0004	-0.1021	-0.0138	-0.0531	79.9678	81.8458	67.599
18	0.6594	0.608	0.1555	7.155	5.0398	5.0747	-0.0086	-0.1267	-0.0451	0.4085	0.0049	-0.005	0.4956	0.092	0.0037	-0.1351	0.0387	0.0092	-0.0468	0.0438	-0.0946	84.3094	57.6457	67.935
19	2.0925	0.054	0.4571	0.6325	0.1512	0.7772	0.0326	0.2363	-0.1243	-0.104	0.0273	-0.1052	0.1088	0.2507	-0.0599	-0.0583	0.0087	0.0394	-0.0334	-0.0146	-0.0521	84.8368	47.2721	6.3133
20	2.6248	1.703	1.8035	3.5814	1.5817	2.8784	-0.1012	-0.0794	0.2241	-0.1164	0.1283	-0.3475	-0.5616	0.2167	-0.0271	-0.0535	0.0152	-0.0014	0.0624	-0.0066	0.0235	97.715	58.6162	19.7542
21	0.692	-0.2021	-0.0322	0.5844	-0.2084	1.7166	-0.0026	0.0288	-0.043	-0.0068	-0.0422	-0.1247	0.1265	0.1632	0.0448	-0.1095	-0.0085	-0.0104	-0.0763	-0.0224	-0.0624	89.8509	55.8153	32.2029
22	2.9954	-2.8914	0.7171	10.3663	0.1389	2.234	-0.0966	-0.1894	-0.2226	0.5823	0.1433	0.2772	0.2774	-0.078	-0.0467	-0.1174	-0.0488	0.0099	-0.0668	0.0004	-0.1385	76.9936	48.8126	31.3385
23	1.2059	-0.4731	0.5058	1.3388	-0.076	1.84	0.032	-0.0948	-0.2645	0.0729	-0.031	0.0064	0.3393	0.0535	-0.0009	-0.0248	0.0079	0.0072	-0.0608	-0.0049	-0.0204	81.4309	37.767	19.078
24	1.3936	-1.4244	-1.0822	6.9691	6.171	7.048	0.0095	0.1167	0.1333	-0.2003	-0.0218	-0.0625	-0.4201	0.0175	0.0122	-0.0587	-0.048	-0.0175	-0.0595	0.0788	-0.0771	85.889	66.9575	17.9542

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 122	1 - 121
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	123 - 150	122 - 149
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	151 - 259	150 - 258
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	260 - 306	259 - 305
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	307 - 513	306 - 512
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	514 - 541	513 - 540
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	2 - 139	1 - 138
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	140 - 150	139 - 149
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	151 - 259	150 - 258
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	260 - 303	259 - 302
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	304 - 513	303 - 512
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	514 - 541	513 - 540
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	C	2 - 122	1 - 121
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	C	123 - 150	122 - 149
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	C	151 - 259	150 - 258
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	C	260 - 352	259 - 351
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	C	353 - 506	352 - 505
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	C	507 - 541	506 - 540
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	D	2 - 122	1 - 121
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	D	123 - 150	122 - 149
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	D	151 - 259	150 - 258
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	D	260 - 294	259 - 293
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	D	304 - 510	303 - 509
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	D	511 - 542	510 - 541

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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