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万見
- PDB-2foi: Synthesis, Biological Activity, and X-Ray Crystal Structural Anal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2foi
タイトルSynthesis, Biological Activity, and X-Ray Crystal Structural Analysis of Diaryl Ether Inhibitors of Malarial Enoyl ACP Reductase.
要素(enoyl-acyl carrier reductase) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / enoyl reductase / rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


apicoplast / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl acyl carrier protein reductase / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(2,4-DICHLOROPHENOXY)-2'-METHYLBIPHENYL-3-OL / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / : / Enoyl-acyl carrier reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Freundlich, J.S. / Shieh, H. / Anderson, J.W. / Kuo, M. / Yu, M. / Valderramos, J. / Karagyozov, L. / Tsai, H. / Lucumi, E. / Jacobs Jr., W.R. ...Freundlich, J.S. / Shieh, H. / Anderson, J.W. / Kuo, M. / Yu, M. / Valderramos, J. / Karagyozov, L. / Tsai, H. / Lucumi, E. / Jacobs Jr., W.R. / Schiehser, G.A. / Jacobus, D.P. / Fidock, D.A. / Sacchettini, J.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: X-ray Structural Analysis of Plasmodium falciparum Enoyl Acyl Carrier Protein Reductase as a Pathway toward the Optimization of Triclosan Antimalarial Efficacy.
著者: Freundlich, J.S. / Wang, F. / Tsai, H.C. / Kuo, M. / Shieh, H.M. / Anderson, J.W. / Nkrumah, L.J. / Valderramos, J.C. / Yu, M. / Kumar, T.R. / Valderramos, S.G. / Jacobs, W.R. / Schiehser, G. ...著者: Freundlich, J.S. / Wang, F. / Tsai, H.C. / Kuo, M. / Shieh, H.M. / Anderson, J.W. / Nkrumah, L.J. / Valderramos, J.C. / Yu, M. / Kumar, T.R. / Valderramos, S.G. / Jacobs, W.R. / Schiehser, G.A. / Jacobus, D.P. / Fidock, D.A. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2006年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: enoyl-acyl carrier reductase
B: enoyl-acyl carrier reductase
C: enoyl-acyl carrier reductase
D: enoyl-acyl carrier reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4058
ポリマ－74,3884
非ポリマー2,0174
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13530 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area24280 Å2
手法PISA
2
A: enoyl-acyl carrier reductase
B: enoyl-acyl carrier reductase
C: enoyl-acyl carrier reductase
D: enoyl-acyl carrier reductase
ヘテロ分子

A: enoyl-acyl carrier reductase
B: enoyl-acyl carrier reductase
C: enoyl-acyl carrier reductase
D: enoyl-acyl carrier reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,81116
ポリマ－148,7768
非ポリマー4,0358
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area37590 Å2
ΔGint-245 kcal/mol
Surface area38020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.861, 130.861, 82.687
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
33
44

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLULYSLYSAA97 - 3251 - 229
21GLUGLULYSLYSBB97 - 3251 - 229
12TYRTYRASPASPCC366 - 4251 - 60
22TYRTYRASPASPDD366 - 4251 - 60

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric subunit

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要素

#1: タンパク質 enoyl-acyl carrier reductase


分子量: 30364.375 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal fragment, residues 97-216 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PfENR / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon+-RIL cells
参照: GenBank: 23612231, UniProt: C6KSZ2*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: タンパク質 enoyl-acyl carrier reductase


分子量: 6829.676 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal fragment, residues 97-156 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PfENR / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon+-RIL cells
参照: GenBank: 23612231, UniProt: C6KSZ2*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-JPA / 4-(2,4-DICHLOROPHENOXY)-2'-METHYLBIPHENYL-3-OL


分子量: 345.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H14Cl2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 2.35 M (NH4)2SO4, 100 sodium acetate buffer, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年10月10日
放射モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→33.8 Å / Num. all: 25282 / Num. obs: 23997

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NHD

1nhd
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.5→33.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 8.486 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.485 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25493 1285 5.1 %RANDOM
Rwork0.19343 ---
all0.19655 ---
obs0.19655 23997 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.069 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→33.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4576 0 134 55 4765
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224808
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5171.9996506
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.675574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.24924.808208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.42715852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7011520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.260.32417
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3360.53379
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.5333
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2710.3148
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2430.525
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.81952927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.24974624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.88892155
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.718111882
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1807medium positional0.350.5
21C482medium positional0.240.5
33A44medium positional0.140.5
44A23medium positional0.070.5
11A1807medium thermal1.182
21C482medium thermal1.042
33A44medium thermal1.412
44A23medium thermal0.872
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 83 -
Rwork0.234 1711 -
obs--97.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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