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万見
- PDB-2fly: Proadrenomedullin N-Terminal 20 Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fly
タイトルProadrenomedullin N-Terminal 20 Peptide
要素Proadrenomedullin N-20 terminal peptide
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / alpha helix / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


adrenomedullin receptor binding / positive regulation of progesterone biosynthetic process / vascular associated smooth muscle cell development / neuron projection regeneration / adrenomedullin receptor signaling pathway / spongiotrophoblast layer development / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / Calcitonin-like ligand receptors / positive regulation of vasculogenesis / regulation of systemic arterial blood pressure ...adrenomedullin receptor binding / positive regulation of progesterone biosynthetic process / vascular associated smooth muscle cell development / neuron projection regeneration / adrenomedullin receptor signaling pathway / spongiotrophoblast layer development / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / Calcitonin-like ligand receptors / positive regulation of vasculogenesis / regulation of systemic arterial blood pressure / regulation of the force of heart contraction / regulation of urine volume / G protein-coupled receptor internalization / negative regulation of vascular permeability / negative regulation of vasoconstriction / positive regulation of heart rate / response to starvation / odontogenesis of dentin-containing tooth / androgen metabolic process / developmental growth / animal organ regeneration / vasculogenesis / response to glucocorticoid / cAMP-mediated signaling / neural tube closure / female pregnancy / response to insulin / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / receptor internalization / hormone activity / positive regulation of angiogenesis / heart development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (s) signalling events / response to lipopolysaccharide / cell population proliferation / response to hypoxia / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pro-adrenomedullin / : / Calcitonin/adrenomedullin / Calcitonin / CGRP / IAPP family
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-adrenomedullin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Distance Geometry Simulated Annealing Torsion Angle Dynamics
データ登録者Lucyk, S. / Taha, H. / Yamamoto, H. / Miskolzie, M. / Kotovych, G.
引用ジャーナル: Biopolymers / 年: 2006
タイトル: NMR conformational analysis of proadrenomedullin N-terminal 20 peptide, a proangiogenic factor involved in tumor growth
著者: Lucyk, S. / Taha, H. / Yamamoto, H. / Miskolzie, M. / Kotovych, G.
履歴
登録2006年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proadrenomedullin N-20 terminal peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4661
ポリマ－2,4661
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Proadrenomedullin N-20 terminal peptide / ProAM-N20 / ProAM N-terminal 20 peptide / PAMP


分子量: 2465.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35318
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
13113C HSQC

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試料調製

詳細内容: 3.6 mg PAMP, TFE/H2O 36%/64%, 1 % 2,2-dimethyl-5-silapropane sulphonate (DSS)
溶媒系: 36% 2,2,2 Trifluoroethanol-d2, 64% H2O
試料状態圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1cVarian Inc.collection
CNS1.1Brunger, A.T.解析
NMRView5.0.3Johnson, B.A. and Blevins, R.A.データ解析
CNS1.1Brunger, A.T.精密化
精密化手法: Distance Geometry Simulated Annealing Torsion Angle Dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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