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万見
- PDB-2fky: crystal structure of KSP in complex with inhibitor 13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fky
タイトルcrystal structure of KSP in complex with inhibitor 13
要素Kinesin-like protein KIF11
キーワードCELL CYCLE / KSP / KSP-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / Kinesins / mitotic centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / spindle organization / kinesin complex / microtubule-based movement ...spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / Kinesins / mitotic centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / spindle organization / kinesin complex / microtubule-based movement / mitotic spindle assembly / MHC class II antigen presentation / mitotic spindle organization / mitotic spindle / spindle pole / spindle / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / cell division / protein kinase binding / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. ...Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-N2T / Kinesin-like protein KIF11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yan, Y.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2006
タイトル: Kinesin spindle protein (KSP) inhibitors. Part 2: the design, synthesis, and characterization of 2,4-diaryl-2,5-dihydropyrrole inhibitors of the mitotic kinesin KSP.
著者: Fraley, M.E. / Garbaccio, R.M. / Arrington, K.L. / Hoffman, W.F. / Tasber, E.S. / Coleman, P.J. / Buser, C.A. / Walsh, E.S. / Hamilton, K. / Fernandes, C. / Schaber, M.D. / Lobell, R.B. / ...著者: Fraley, M.E. / Garbaccio, R.M. / Arrington, K.L. / Hoffman, W.F. / Tasber, E.S. / Coleman, P.J. / Buser, C.A. / Walsh, E.S. / Hamilton, K. / Fernandes, C. / Schaber, M.D. / Lobell, R.B. / Tao, W. / South, V.J. / Yan, Y. / Kuo, L.C. / Prueksaritanont, T. / Shu, C. / Torrent, M. / Heimbrook, D.C. / Kohl, N.E. / Huber, H.E. / Hartman, G.D.
履歴
登録2006年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE Met at position 1 was cleaved out during purification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF11
B: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5478
ポリマ－81,8492
非ポリマー1,6986
水3,981221
1
A: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7734
ポリマ－40,9241
非ポリマー8493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7734
ポリマ－40,9241
非ポリマー8493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.2, 79.6, 159.0
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細this motor domain is a part of a multi-domain protein that forms a tetramer, there are two monomers in an asymetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF11 / Kinesin-related motor protein Eg5 / Kinesin-like spindle protein HKSP / Thyroid receptor ...Kinesin-related motor protein Eg5 / Kinesin-like spindle protein HKSP / Thyroid receptor interacting protein 5 / TRIP5 / Kinesin-like protein 1


分子量: 40924.387 Da / 分子数: 2 / 断片: Kinesin-motor domain, residues 1-368 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF11, EG5, KNSL1 / プラスミド: pRSETa / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52732
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-N2T / (2S)-4-(2,5-DIFLUOROPHENYL)-N-METHYL-2-PHENYL-N-PIPERIDIN-4-YL-2,5-DIHYDRO-1H-PYRROLE-1-CARBOXAMIDE


分子量: 397.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25F2N3O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG3350, potassium phospate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月20日 / 詳細: mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→50 Å / Num. all: 41275 / Num. obs: 40862 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.27→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.209 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 3942 / Rsym value: 0.209 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.3→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 3878 -random
Rwork0.235 ---
all0.24 39816 --
obs0.24 38347 96 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5188 0 114 221 5523
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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