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- PDB-2fct: SyrB2 with Fe(II), chloride, and alpha-ketoglutarate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fct
タイトルSyrB2 with Fe(II), chloride, and alpha-ketoglutarate
要素syringomycin biosynthesis enzyme 2
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / mononuclear iron / cupin / halogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-threonyl-[L-threonyl-carrier protein] 4-chlorinase / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Chlorinating enzyme / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / q2cbj1_9rhob like domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / Chem-DSU / : / : / L-threonyl-[L-threonyl-carrier protein] 4-chlorinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. syringae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Blasiak, L.C. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the non-haem iron halogenase SyrB2 in syringomycin biosynthesis.
著者: Blasiak, L.C. / Vaillancourt, F.H. / Walsh, C.T. / Drennan, C.L.
履歴
登録2005年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: syringomycin biosynthesis enzyme 2
B: syringomycin biosynthesis enzyme 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,40711
ポリマ－71,3652
非ポリマー1,0429
水9,314517
1
A: syringomycin biosynthesis enzyme 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4526
ポリマ－35,6831
非ポリマー7695
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: syringomycin biosynthesis enzyme 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9555
ポリマ－35,6831
非ポリマー2734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.15, 89.60, 124.89
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 syringomycin biosynthesis enzyme 2


分子量: 35682.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. syringae (バクテリア)
生物種: Pseudomonas syringae / 株: pv. syringae / 遺伝子: SyrB2 / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: GenBank: 5748808, UniProt: Q9RBY6*PLUS

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非ポリマー , 5種, 526分子

#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-DSU / ((2R,3S,4S,5S)-3,4-DIHYDROXY-5-(HYDROXYMETHYL)-5-((2R,3S,4S,5S,6R)-3,4,5-TRIHYDROXY-6-METHOXY-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-TETRAHYDROFURAN-2-YL)METHYL NONANOATE


分子量: 496.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H40O12
#5: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 3350, 250 mM Na formate, spermine tetra-HCl, n-decanoyl sucrose, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月9日
詳細: Rosenbaum-Rock monochromator #1 high-resolution double-crystal sagittal focusing, Rosenbaum-Rock monochromator #2 double crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator #1 high-resolution double-crystal sagittal focusing, Rosenbaum-Rock monochromator #2 double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→44.8 Å / Num. all: 81779 / Num. obs: 81779 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 6.51 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 5.44 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 446 / Rsym value: 0.459 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→44.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.495 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 3867 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
all0.176 77713 --
obs0.176 77713 91.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.693 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.173 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→44.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4818 0 60 517 5395
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225024
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024272
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4071.9346815
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.30639957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6025599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.25223.91266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.26915772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4631534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021097
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2945
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.24447
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.22447
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.22688
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2420.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1150.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.111.53831
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1921.51220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27424824
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.08132422
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9564.51991
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 256 -
Rwork0.228 5005 -
obs-5261 84.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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