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万見
- PDB-2f9u: HCV NS3 protease domain with NS4a peptide and a ketoamide inhibit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f9u
タイトルHCV NS3 protease domain with NS4a peptide and a ketoamide inhibitor with a P2 norborane
要素
  • NS3 protease/helicase'
  • polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / HCV / Hepatitis C protease / NS3 protease / ketoamide inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


self proteolysis / transformation of host cell by virus / host cell membrane / serine-type peptidase activity / virion component / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5NH / : / NS3 protease
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Venkatraman, S. / Njoroge, F.G. / Wu, W. / Girijavallabhan, V. / Prongay, A.J. / Butkiewicz, N. / Pichardo, J.
引用
ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2006
タイトル: Novel Inhibitors of Hepatitis C NS3-NS4A Serine Protease Derived from 2-Aza-bicyclo[2.2.1]heptane-3-carboxylic acid.
著者: Venkatraman, S. / Njoroge, F.G. / Wu, W. / Girijavallabhan, V. / Prongay, A.J. / Butkiewicz, N. / Pichardo, J.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of the Hepatitis C Virus NS3 Protease Domain Complexed with a Synthetic NS4a Cofactor Peptide
著者: Kim, J.L. / Morgenstern, K.A. / Lin, C. / Fox, T. / Dwyer, M.D. / Landro, J.A. / Chambers, S.P. / Markland, W. / Lepre, C.A. / O'Malley, E.T. / Harbeson, S.L. / Rice, C.M. / Murcko, M.A. / ...著者: Kim, J.L. / Morgenstern, K.A. / Lin, C. / Fox, T. / Dwyer, M.D. / Landro, J.A. / Chambers, S.P. / Markland, W. / Lepre, C.A. / O'Malley, E.T. / Harbeson, S.L. / Rice, C.M. / Murcko, M.A. / Caron, P.R. / Thomson, J.A.
#2: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2005
タイトル: Hepatitis C virus NS3-4A serine protease inhibitors: Use of a P2-P1 cyclopropyl alanine combination to improve potency.
著者: Bogen, S. / Saksena, A.K. / Arasappan, A. / Gu, N. / Njoroge, F.G. / Girijavallabhan, V. / Pichardo, J. / Butkiewicz, N. / Prongay, A. / Madison, A.
#3: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2005
タイトル: Design and Synthesis of Depeptidized Macrocyclic Inhibitors of Hepatitis C NS3-4A Protease Using Structure-Based Drug Design
著者: Venkatraman, S. / Njoroge, F.G. / Girijavallabhan, V.M. / Madison, V.S. / Yao, N.H. / Prongay, A.J. / Butkiewicz, N. / Pichardo, J.
#4: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2005
タイトル: Proline-Based Macrocyclic Inhibitors of the Hepatitis C Virus: Stereoselective Synthesis and Biological Activity.
著者: Chen, K.X. / Njoroge, F.G. / Vibulbhan, B. / Prongay, A. / Pichardo, J. / Madison, V. / Buevich, A. / Chan, T.M.
#5: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2004
タイトル: Novel 2-oxoimidazolidine-4-carboxylic acid derivatives as Hepatitis C virus NS3-4A serine protease inhibitors: synthesis, activity and X-ray crystal structure of an enzyme inhibitor complex
著者: Arasappan, A. / Njoroge, F.G. / Parekh, T.N. / Yang, X. / Pichardo, J. / Butkiewicz, N. / Prongay, A. / Yao, N. / Girijavallabhan, V.
履歴
登録2005年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_src_syn
Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS3 protease/helicase'
B: polyprotein
C: NS3 protease/helicase'
D: polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8627
ポリマ－46,9924
非ポリマー8703
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8050 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area15820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)225.040, 225.040, 75.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細The NS3 protease domain, residues 1-181 of NS3, exists in a complex with an NS4a peptide and an inhibitor. There is a dimer of the NS3 domain-NS4a peptide complex, but only one monomer (Chains A and B) have the inhibitor bound to the active site. This dimer is the component of the asymmetric unit. In vivo, the protease domain is part of a multi enzyme protein (having both protease and helicase activities). The NS3 protease domain with the NS4A peptide is known to be catalytically active in the absence of the helicase domain, although it is not known whether it is active as a monomer or dimer.

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要素

#1: タンパク質 NS3 protease/helicase'


分子量: 21102.027 Da / 分子数: 2 / 断片: protease domain (Residues : 1-181) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 属: Hepacivirus / 株: H Strain
遺伝子: NS3 protease domain ( residues 1027-1207 of the polyprotein).
プラスミド: NS3(181)His6/pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: Q91RS4
#2: タンパク質・ペプチド polyprotein


分子量: 2394.039 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues: 21-39 / 由来タイプ: 合成
詳細: Solid-phase peptide synthesis of the NS4a residues 21-39 peptide with N-terminal KK and C-terminal KK extensions.
参照: GenBank: 51039195
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / 詳細: ketoamide peptide
#4: 化合物 ChemComp-5NH / 1,1-DIMETHYLETHYL [1-CYCLOHEXYL-2-[3-[[[1-[2-[[2-[[2-(DIMETHYLAMINO)-2-OXO-1-PHENYLETHYL]AMINO]-2-OXOETHYL]AMINO]-1,2-DIOXOETHYL]PENTYL]AMINO]CARBONYL]-2-AZABICYCLO[2.2.1]HEPTAN-2-YL]-2-OXOETHYL]CARBAMATE


分子量: 738.913 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H58N6O8
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.54 %
結晶化温度: 285 K / pH: 5.7
詳細: 12-15 mG/mL Protein in 15 mM MES, pH 6.5 - 1.0 M NaCl equivolume mixture with (0.85-1.05M) NaCl- 0.1M MES-0.1 M Na/KPO4, pH5.5-5.8 - 5mM BME, equilibrated with 1.35-1.55M NaCl-0.1M MES-0.1M ...詳細: 12-15 mG/mL Protein in 15 mM MES, pH 6.5 - 1.0 M NaCl equivolume mixture with (0.85-1.05M) NaCl- 0.1M MES-0.1 M Na/KPO4, pH5.5-5.8 - 5mM BME, equilibrated with 1.35-1.55M NaCl-0.1M MES-0.1M Na/KPO4, pH 5.6-5.8 - 5 mM BME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K, pH 5.70

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月25日 / 詳細: OSMIC GREEN
放射モノクロメーター: OSMIC GREEN / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 20873 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 35.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.66 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 42

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR98.1精密化
HKL-2000データ削減
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.6→8 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 1664 7.7 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.194 17179 79.3 %-
all-20084 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2775 0 55 115 2945
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.83
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.46
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.71 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 51 1.9 %
Rwork0.3641 532 -
obs--21.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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