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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2eut | ||||||
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タイトル | Cytochrome c peroxidase (CCP) in complex with 2-amino-4-picoline | ||||||
要素 | cytochrome c peroxidase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / engineered ligand binding site | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12 Å | ||||||
データ登録者 | Brenk, R. / Vetter, S.W. / Boyce, S.E. / Goodin, D.B. / Shoichet, B.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Probing molecular docking in a charged model binding site. 著者: Brenk, R. / Vetter, S.W. / Boyce, S.E. / Goodin, D.B. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2eut.cif.gz | 79.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2eut.ent.gz | 58 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2eut.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2eut_validation.pdf.gz | 805.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2eut_full_validation.pdf.gz | 807.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2eut_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2eut_validation.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/2eut ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/2eut | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2anzC 2aqdC 2as1C 2as2C 2as3C 2as4C 2as6C 2eunC 2euoC 2eupC 2euqC 2eurC 2eusC 2euuC 1aeeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33458.258 Da / 分子数: 1 / 変異: W191G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: pT7 CCP / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00431, cytochrome-c peroxidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-BVF / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 50 mM KPi 20% MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.12→10 Å / Num. obs: 124366 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.12→1.16 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / % possible all: 81.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB Entry: 1AEE 解像度: 1.12→10 Å
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.12→10 Å
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