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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cju | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the TEPC15-Vk45.1 anti-2-phenyl-5-oxazolone NQ16- 113.8 scFv in complex with phOxGABA | ||||||
![]() | (NQ16-113.8 ANTI-PHOX ANTIBODY) x 2 | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / SCFV / ANTIBODY / IMMUNOGLOBULIN / 2-PHENYL-5-OXAZOLONE / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / blood microparticle 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Scotti, C. / Gherardi, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of Affinity Maturation of the Tepc15/V(Kappa)45.1 Anti-2-Phenyl-5-Oxazolone Antibodies. 著者: Scotti, C. / Gherardi, E. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 699.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 715.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 13390.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 12423.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-PHX / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.4, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 37% PEG 8K, 6% SUCROSE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月29日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND (111) GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 17246 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.7 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / % possible all: 89.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1FLR 解像度: 2.5→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 1470440 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.7 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.069 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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