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- PDB-2can: HUMAN ORNITHINE AMINOTRANSFERASE COMPLEXED WITH L-CANALINE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2can
タイトルHUMAN ORNITHINE AMINOTRANSFERASE COMPLEXED WITH L-CANALINE
要素ORNITHINE AMINOTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / ORNITHINE AMINOTRANSFERASE / UREA CYCLE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ornithine aminotransferase / ornithine aminotransferase activity / : / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion ...: / ornithine aminotransferase / ornithine aminotransferase activity / : / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine aminotransferase / : / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...Ornithine aminotransferase / : / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CANALINE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Ornithine aminotransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Shah, S.A. / Shen, B.W. / Brunger, A.T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Human ornithine aminotransferase complexed with L-canaline and gabaculine: structural basis for substrate recognition.
著者: Shah, S.A. / Shen, B.W. / Brunger, A.T.
履歴
登録1997年5月29日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORNITHINE AMINOTRANSFERASE
B: ORNITHINE AMINOTRANSFERASE
C: ORNITHINE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,2629
ポリマ－134,1183
非ポリマー1,1446
水4,972276
1
A: ORNITHINE AMINOTRANSFERASE
B: ORNITHINE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1756
ポリマ－89,4122
非ポリマー7634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11440 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area25540 Å2
手法PISA
2
C: ORNITHINE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子

C: ORNITHINE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1756
ポリマ－89,4122
非ポリマー7634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area11450 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area25510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.915, 115.915, 185.729
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.912758, 0.024522, -0.407763), (0.022146, -0.999699, -0.010546), (-0.407899, 0.000596, -0.913027)8.01658, 75.80072, 42.22369
2given(-0.434531, 0.804086, 0.405745), (-0.878133, -0.478358, 0.007553), (0.200165, -0.353016, 0.913955)-2.63907, 81.55035, -6.8518

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要素

#1: タンパク質 ORNITHINE AMINOTRANSFERASE


分子量: 44706.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BOUND INHIBITOR L-CANALINE / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04181, ornithine aminotransferase
#2: 化合物 ChemComp-CAN / CANALINE / カナリン


分子量: 134.134 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10N2O3
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-20 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
30.01 MPLP1drop
410-15 %(w/v)PEG60001reservoir
550-200 mM1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9417
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1996年1月10日 / 詳細: DUAL SLITS
放射モノクロメーター: CRYSTAL / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 56813 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 5.33 / Rsym value: 0.18 / % possible all: 66.3
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 66.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OAT

1oat


解像度: 2.3→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 530974.48 / Data cutoff low absF: 0.0001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 5474 10.1 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.212 54424 84.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.77 Å21.76 Å20 Å2
2--2.77 Å20 Å2
3----5.53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9450 0 72 276 9798
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.25
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.291.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.092
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.032
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.062.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 679 10.9 %
Rwork0.275 5571 -
obs--58.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PARAM.PLP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.CANALINE
X-RAY DIFFRACTION4PARAM.PATCH
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.2099 / Rfactor Rfree: 0.2366
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.25
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.295 / Num. reflection Rwork: 4654 / Rfactor obs: 0.262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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