PDB-2c47: Structure of casein kinase 1 gamma 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2c47

タイトル

Structure of casein kinase 1 gamma 2

要素

CASEIN KINASE 1 GAMMA 2 ISOFORM

キーワード

TRANSFERASE / SERINE/THREONINE KINASE / ACTIN CYTOSKELETON ORGANISATION / ATP-BINDING / WNT SIGNALING PATHWAY

機能・相同性

機能・相同性情報

sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / endocytosis / Wnt signaling pathway / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell cortex / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Bunkoczi, G. / Rellos, P. / Das, S. / Ugochukwu, E. / Fedorov, O. / Sobott, F. / Eswaran, J. / Amos, A. / Ball, L. / von Delft, F. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure of Casein Kinase 1 Gamma 2
著者: Bunkoczi, G. / Rellos, P. / Das, S. / Ugochukwu, E. / Fedorov, O. / Sobott, F. / Eswaran, J. / Amos, A. / Ball, L. / von Delft, F. / Bullock, A. / Debreczeni, J. / Turnbull, A. / Sundstrom, M. ...

履歴

登録	2005年10月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2012年8月22日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.4	2018年2月28日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.5	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2c47.cif.gz	246.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2c47.ent.gz	197.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2c47.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/2c47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/2c47	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2csnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1eh4-1 4hnf-2 3uyt-1 5w4w-1 6ru6-2 4kbc-1 6u6a-d 5okt-3 4hgt-2 5okt-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CASEIN KINASE 1 GAMMA 2 ISOFORM

B: CASEIN KINASE 1 GAMMA 2 ISOFORM

C: CASEIN KINASE 1 GAMMA 2 ISOFORM

D: CASEIN KINASE 1 GAMMA 2 ISOFORM

ヘテロ分子

148 kDa, 4 ポリマー
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1

A: CASEIN KINASE 1 GAMMA 2 ISOFORM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37 kDa, 1 ポリマー
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2

B: CASEIN KINASE 1 GAMMA 2 ISOFORM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37 kDa, 1 ポリマー
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3

C: CASEIN KINASE 1 GAMMA 2 ISOFORM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37 kDa, 1 ポリマー
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4

D: CASEIN KINASE 1 GAMMA 2 ISOFORM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.959, 97.088, 185.914
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	42 - 338
2	1	1	2	B	42 - 338
3	1	1	2	C	42 - 338
4	1	1	2	D	42 - 338

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.16103, 0.62818, 0.76122), (0.62394, -0.5328, 0.57168), (0.7647, 0.56702, -0.30615)	-23.20744, 24.83066, 5.21805
2	given	(-0.26053, -0.06503, 0.96327), (-0.07143, -0.9937, -0.0864), (0.96282, -0.09131, 0.25424)	-39.83032, 68.93835, -36.5856
3	given	(0.72221, -0.69167, -0.0024), (0.41943, 0.43519, 0.79667), (-0.54999, -0.57638, 0.6044)	-1.57685, -57.77915, 25.86202

#1: タンパク質	CASEIN KINASE 1 GAMMA 2 ISOFORM / CKI-GAMMA 2 分子量: 36592.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PLIC-SGC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P78368, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物	ChemComp-5ID / (2R,3R,4S,5R)-2-(4-AMINO-5-IODO-7H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDROFURAN-3,4-DIOL / 5-IODOTUBERCIDIN / 5-ヨ-ドツベルシジン分子量: 392.150 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₃IN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	CYS111 OXIDIZED

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.1 M NACACOD PH=6.5 20% PEG10K 0.2 M MGCL2, pH 6.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月3日
放射	モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→46.48 Å / Num. obs: 66823 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.04 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.93
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.71 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID 2CSN

2csn

解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 20.597 / SU ML: 0.233 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.314 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.257	3383	5.1 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
obs	0.211	63360	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.83 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9242	0	82	207	9531

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	9591
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8652
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.466	1.985	13013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.85	3	19943
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.417	5	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.159	22.778	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.093	15	1567
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.796	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10527
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2067
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	8595
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	4664
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	5584
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.142	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.285	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.339	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.211	3	5793
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.544	5	9272
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.989	8	4249
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.348	11	3739
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1654	tight positional	0.05	0.05
2	B	1654	tight positional	0.05	0.05
3	C	1654	tight positional	0.04	0.05
4	D	1654	tight positional	0.04	0.05
1	A	2462	medium positional	0.59	0.5
2	B	2462	medium positional	0.56	0.5
3	C	2462	medium positional	0.56	0.5
4	D	2462	medium positional	0.6	0.5
1	A	1654	tight thermal	0.11	0.5
2	B	1654	tight thermal	0.14	0.5
3	C	1654	tight thermal	0.09	0.5
4	D	1654	tight thermal	0.09	0.5
1	A	2462	medium thermal	0.88	2
2	B	2462	medium thermal	1.17	2
3	C	2462	medium thermal	0.77	2
4	D	2462	medium thermal	0.79	2

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.365	224
R_work	0.315	4267

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.212	1.2459	-0.1089	1.6953	-0.651	0.3553	-0.0422	0.3129	0.0909	-0.5004	0.0292	-0.2022	-0.1178	-0.023	0.0129	-0.1522	0.0089	-0.0064	-0.0579	0.0057	-0.1308	3.4806	38.3896	7.6224
2	1.549	1.031	1.4153	0.7274	1.3315	4.9726	0.0712	0.0152	0.2231	-0.1922	0.0565	-0.0195	-0.4002	0.1432	-0.1277	-0.2303	0.0088	-0.0057	-0.0412	-0.0581	-0.2269	-0.4816	39.2728	22.2269
3	2.2975	0.1153	-1.095	0.9787	0.3367	1.4617	0.0079	-0.2661	0.1588	-0.0285	-0.053	0.1154	-0.149	0.0682	0.0451	-0.2481	0.0106	0.0052	-0.0241	-0.1168	-0.285	-8.2912	35.6985	34.8545
4	5.849	-2.1983	0.1826	3.1791	2.399	7.2284	-0.0863	-0.6212	-0.7588	0.4826	-0.0169	0.7999	0.7157	-0.755	0.1031	-0.1483	-0.0007	0.0543	-0.1086	0.0803	-0.1716	6.0688	10.9639	27.2683
5	3.0123	1.5206	-0.2026	4.0374	0.9547	1.2629	-0.1437	-0.5405	-0.1537	0.133	0.0258	0.0752	0.016	-0.1367	0.1179	-0.2935	0.0449	0.0533	-0.3105	0.0168	-0.2872	18.6734	16.1282	20.783
6	1.9971	-0.2209	-0.0572	1.4473	-0.5094	1.9354	-0.0398	0.1078	-0.0879	-0.2181	-0.0201	-0.0895	0.0972	0.2059	0.0599	-0.2757	-0.0259	-0.0181	-0.3786	0.0011	-0.2778	27.0709	20.3764	8.486
7	5.8433	-0.2882	-3.0404	0.9515	0.0572	5.0653	-0.4336	0.9871	-0.6749	-0.1295	-0.4715	0.5526	0.1456	-1.4063	0.9051	0.1716	-0.4431	0.2064	0.8275	-0.6015	0.3158	33.9277	23.5427	55.4645
8	6.7431	-1.2499	-0.3809	0.8931	-0.0816	5.776	-0.7034	0.4372	-1.0219	0.2403	-0.2382	0.5452	1.0831	-0.9619	0.9416	0.1287	-0.3095	0.3165	0.1575	-0.3497	0.2513	49.1619	21.9154	55.6957
9	3.1057	-1.0312	-1.9789	1.1662	0.9866	3.7696	-0.3955	0.0897	-0.5791	0.253	-0.1162	0.3504	0.9075	-0.1931	0.5117	-0.0441	-0.0684	0.132	-0.0588	-0.1791	-0.0802	63.2179	24.7956	51.2684
10	5.4313	-0.3459	0.7503	2.7598	0.9236	0.4483	-0.0387	0.7779	0.2401	-0.5145	-0.2621	0.3313	-0.0516	-0.2627	0.3008	-0.1929	-0.0368	0.0068	-0.0727	-0.153	-0.0897	54.1291	49.1208	65.6394
11	3.4212	-0.4573	-3.0362	2.0337	-2.3558	8.4974	-0.1748	0.2922	0.0572	0.1704	0.0599	0.0553	-0.0371	-0.4985	0.1149	-0.2447	-0.0831	0.0896	-0.1179	-0.185	0.0183	43.6354	43.3185	75.3886
12	2.2822	-0.1396	-0.9064	1.4559	0.4336	3.4475	-0.2741	0.626	-0.3897	0.0819	-0.249	0.3388	0.4232	-1.134	0.5231	-0.1777	-0.1869	0.1417	0.2743	-0.2749	0.0585	29.8581	40.07	80.4751

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	44 - 81
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	101 - 122
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	82 - 100
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	123 - 136
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	166 - 190
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	137 - 165
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	191 - 338
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	44 - 81
9	X-RAY DIFFRACTION	4	B	101 - 122
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	82 - 100
11	X-RAY DIFFRACTION	5	B	123 - 136
12	X-RAY DIFFRACTION	5	B	166 - 190
13	X-RAY DIFFRACTION	6	B	137 - 165
14	X-RAY DIFFRACTION	6	B	191 - 338
15	X-RAY DIFFRACTION	7	C	46 - 81
16	X-RAY DIFFRACTION	7	C	101 - 122
17	X-RAY DIFFRACTION	8	C	82 - 100
18	X-RAY DIFFRACTION	8	C	123 - 136
19	X-RAY DIFFRACTION	8	C	166 - 190
20	X-RAY DIFFRACTION	9	C	137 - 165
21	X-RAY DIFFRACTION	9	C	191 - 337
22	X-RAY DIFFRACTION	10	D	42 - 81
23	X-RAY DIFFRACTION	10	D	101 - 122
24	X-RAY DIFFRACTION	11	D	82 - 100
25	X-RAY DIFFRACTION	11	D	123 - 136
26	X-RAY DIFFRACTION	11	D	166 - 190
27	X-RAY DIFFRACTION	12	D	137 - 165
28	X-RAY DIFFRACTION	12	D	191 - 338

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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