PDB-2bv7: Crystal structure of GLTP with bound GM3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bv7

タイトル

Crystal structure of GLTP with bound GM3

要素

GLYCOLIPID TRANSFER PROTEIN

キーワード

LIPID TRANSPORT / GLYCOLIPID / LIGAND BINDING / ACETYLATION / TRANSPORT / GLYCOLIPID TRANSFER PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid transfer activity / ceramide 1-phosphate transfer activity / ceramide transport / ceramide 1-phosphate binding / glycolipid binding / intermembrane lipid transfer / lipid binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

BOS TAURUS (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Kidron, H. / Airenne, T.T. / Nymalm, Y. / Nylund, M. / West, G. / Mattjus, P. / Salminen, T.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural Evidence for Adaptive Ligand Binding of Glycolipid Transfer Protein.
著者: Airenne, T.T. / Kidron, H. / Nymalm, Y. / Nylund, M. / West, G. / Mattjus, P. / Salminen, T.A.

履歴

登録	2005年6月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bv7.cif.gz	59.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bv7.ent.gz	41.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bv7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/2bv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/2bv7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tfjSC 1wbeC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4k80-d 6pqk-2 4dxf-2 2evs-1 3rwv-1 1i3a-d 4e35-d 4k8n-4 5er5-1 1kg9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GLYCOLIPID TRANSFER PROTEIN

ヘテロ分子

24.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.500, 34.600, 58.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	GLYCOLIPID TRANSFER PROTEIN / GLTP 分子量: 23819.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: BRAIN / プラスミド: PQE9 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P68265
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GM3 / N-{1-[(HEXOPYRANOSYLOXY)METHYL]-2-HYDROXYNONADECYL}TETRACOSANAMIDE 分子量: 842.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₀H₉₉NO₈
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ACCELERATES THE INTERMEMBRANE TRANSFER OF GLYCOLIPIDS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.6 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 115280 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 6.14 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TFJ

1tfj

解像度: 1.79→52.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 2.785 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.257	974	5.2 %	RANDOM
R_work	0.189	-	-	-
obs	0.193	17930	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.64 Å²	0 Å²	0.58 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→52.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1633	0	54	119	1806

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.359	2	2338
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.48	5	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.664	24.133	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.214	15	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.187	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	944
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.331	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.095	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.994	1.5	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.493	2	1643
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.135	3	780
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.384	4.5	695
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.79→1.84 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.335	72
R_work	0.223	1260

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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