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- PDB-2bos: A MUTANT SHIGA-LIKE TOXIN IIE BOUND TO ITS RECEPTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bos
タイトルA MUTANT SHIGA-LIKE TOXIN IIE BOUND TO ITS RECEPTOR
要素PROTEIN (SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT)
キーワードTOXIN / RECEPTOR BINDING / PROTEIN-CARBOHYDRATE RECOGNITION / SPECIFICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated hemolysis of host erythrocyte / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #70 / Shiga-like toxin, beta subunit / Shiga-like toxin beta subunit / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-BUTANE / : / Orf protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ling, H. / Boodhoo, A. / Armstrong, G.D. / Clark, C.G. / Brunton, J.L. / Read, R.J.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: A mutant Shiga-like toxin IIe bound to its receptor Gb(3): structure of a group II Shiga-like toxin with altered binding specificity.
著者: Ling, H. / Pannu, N.S. / Boodhoo, A. / Armstrong, G.D. / Clark, C.G. / Brunton, J.L. / Read, R.J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structure of the Shiga-Like Toxin I B-Pentamer Complexed with an Analogue of its Receptor Gb3
著者: Ling, H. / Boodhoo, A. / Hazes, B. / Cummings, M.D. / Armstrong, G.D. / Brunton, J.L. / Read, R.J.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Crystal Structure of the Cell-Binding B Oligomer of Verotoxin-1 from E. Coli
著者: Stein, P.E. / Boodhoo, A. / Tyrrell, G.J. / Brunton, J.L. / Read, R.J.
履歴
登録1998年10月20日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年11月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT)
B: PROTEIN (SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT)
C: PROTEIN (SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT)
D: PROTEIN (SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT)
E: PROTEIN (SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,33315
ポリマ－37,9525
非ポリマー3,38110
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11200 Å2
ΔGint25 kcal/mol
Surface area14240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.077, 78.618, 78.468
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.386135, -0.51221, 0.767164), (0.785488, 0.618624, 0.017677), (-0.48364, 0.595773, 0.641207)-4.906, -20.241, 22.559
2given(-0.621021, -0.013133, 0.783683), (0.783763, -0.001598, 0.621058), (-0.006904, 0.999912, 0.011286)20.16, -36.399, 27.197
3given(-0.606833, 0.794812, -0.005215), (0.033614, 0.032218, 0.998915), (0.794118, 0.606, -0.046268)40.715, -28.164, 8.358
4given(0.388573, 0.806276, -0.446015), (-0.465945, 0.589542, 0.659799), (0.794925, -0.048561, 0.604761)27.385, -5.372, -8.94

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (SHIGA-LIKE TOXIN IIE B SUBUNIT) / VEROCYTOTOXIN


分子量: 7590.411 Da / 分子数: 5 / 断片: RECEPTOR-BINDING DOMAIN / 変異: Q65E, K67Q / 由来タイプ: 組換発現
詳細: COMPLEXED WITH PK-MCO, AN ANALOGUE OF GB3 (GLOBOTRIAOSYL CERAMIDE)
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: PIR: B32360, UniProt: Q47644*PLUS
#2: 多糖
alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-4DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-4DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-NBU / N-BUTANE / ブタン


分子量: 58.122 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.23 %
結晶化pH: 8.4
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1 M NACL,10 MM TRIS-HCL BUFFE, pH 8.4
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
21 M1reservoirNaCl
310 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年11月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→31 Å / Num. obs: 25704 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.216 / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / Rsym value: 0.216 / % possible all: 82.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 308496 / Rmerge(I) obs: 0.102
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.15 Å / % possible obs: 87.2 % / Rmerge(I) obs: 0.222

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-GENデータスケーリング
X-GENデータ削減
AMoRE位相決定
BRUTEモデル構築
X-PLOR3.8精密化
BRUTE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BOV

1bov
PDB 未公開エントリ


解像度: 2→31 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: CROSS-VALIDATION DATA ARE LIKELY TO BE SOMEWHAT OVER-FIT BECAUSE OF 5-FOLD NCS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 2571 10 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs0.155 25704 95.3 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.15 Å20 Å20 Å2
2--4.14 Å20 Å2
3---5.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2690 0 228 160 3078
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.0890.25
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.1830.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Weight Biso : 3.5

Ens-IDDom-IDNCS model detailsRms dev Biso (Å2)Rms dev position (Å)Weight position
11RESTRAINTS3.020.210.043
223.1550.15310.21
LS精密化 シェル解像度: 2→2.03 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 64 7.7 %
Rwork0.198 64 -
obs--82.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM3.CHOTOPH3.CHO
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection Rfree: 2541
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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