PDB-2bkx: Structure and kinetics of a monomeric glucosamine-6-phosphate dea...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bkx

タイトル

Structure and kinetics of a monomeric glucosamine-6-phosphate deaminase: missing link of the NagB superfamily

要素

GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE

キーワード

HYDROLASE / SUBSTRATE INHIBITION / FRUCTOSE-6-PHOSPHATE

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosamine catabolic process / glucosamine-6-phosphate deaminase / glucosamine-6-phosphate deaminase activity / N-acetylglucosamine catabolic process / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Vincent, F. / Davies, G.J. / Brannigan, J.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structure and Kinetics of a Monomeric Glucosamine 6-Phosphate Deaminase: Missing Link of the Nagb Superfamily?
著者: Vincent, F. / Davies, G.J. / Brannigan, J.A.

履歴

登録	2005年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bkx.cif.gz	228.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bkx.ent.gz	185.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bkx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2bkx_validation.pdf.gz	1020.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2bkx_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	2bkx_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	2bkx_validation.cif.gz	43.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/2bkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/2bkx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bkvSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2bkv-1 2bkv-2 6yw4-d 2hy1-d 6yw2-d 3k60-2 5lb4-d 2hyp-d 2jfs-d 3tx2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE

B: GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE

ヘテロ分子

54.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.966, 47.898, 71.397
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE / GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE ISOMERASE 1 / GLCN6P DEAMINASE 1 分子量: 27025.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH FRUCTOSE-6-PHOSPHATE / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: IG20 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O35000, glucosamine-6-phosphate deaminase
#2: 化合物	ChemComp-F6R / FRUCTOSE -6-PHOSPHATE / フルクト-ス6-りん酸分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃O₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 730 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 25.41 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 78148 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.83
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 4.31 / % possible all: 61.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BKV

2bkv

解像度: 1.4→70.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 1.633 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.165	3898	5.09 %	RANDOM
R_work	0.119	-	-	-
obs	0.122	78127	92.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.059 Å²	0 Å²	-0.071 Å²
2-	-	-0.162 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.103 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→70.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3796	0	32	730	4558

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	3961
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3569
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.658	1.971	5349
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.972	3	8355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.76	5	482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.514	24.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.532	15	719
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.947	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	600
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4378
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	776
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	883
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	3714
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.098	0.2	2187
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.206	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.2	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.985	1.5	3129
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.194	2	3913
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.866	3	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.122	4.5	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 6.23→70.71 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.204	52
R_work	0.166	929

精密化 TLS

L23: -0.0233 °² / S22: -0.0007 Å ° / S23: 0.0035 Å ° / T11: -0.0038 Å² / T23: 0 Å² / T33: -0.0048 Å² / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1271	-0.0214	0.0116	0.0765	0.0402	0.0045	0.0069	-0.0002	0.0052	-0.0007	0.003	-0.0038	0.0008	0.0006	-0.0028	28.1006	22.2457	-16.2082
2	0.1215	0.0249	-0.005	0.0789	0.0418	0.0033	-0.0076	0.0017	-0.0055	0.0008	0.0027	-0.0026	-0.0007	-0.0009	-0.0027	59.5926	-0.9642	-19.4706

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 242
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 242

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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