ソフトウェア 名称 バージョン 分類 CNS1.1 精密化 d*TREKデータスケーリング CNS位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 2.15→19.86 Å / Rfactor Rfree error : 0.01 / Data cutoff high absF : 423665.58 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.289 785 7.6 % RANDOM Rwork 0.228 - - - all 0.26 10478 - - obs 0.246 10387 99 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 52.7638 Å2 / ksol : 0.352404 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 40.5 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -1.7 Å2 0 Å2 2.78 Å2 2- - 0.12 Å2 0 Å2 3- - - 1.59 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.39 Å 0.31 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.48 Å 0.48 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.15→19.86 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 0 1379 78 185 1642
拘束条件 大きな表を表示 (3 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.005 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.2 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d18 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d1.59 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_itX-RAY DIFFRACTION c_mcangle_itX-RAY DIFFRACTION c_scbond_itX-RAY DIFFRACTION c_scangle_it
LS精密化 シェル 解像度 : 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error : 0.032 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.376 137 8.1 % Rwork 0.366 1559 - obs - - 98.7 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 water_rep.paramwater_rep.topX-RAY DIFFRACTION 2 dna-rna_rep.param dna-rna_rep.top X-RAY DIFFRACTION 3 ion.paramion.topX-RAY DIFFRACTION 4 cohex_rep.paramcohex_rep.topX-RAY DIFFRACTION 5 acetate.paramacetate.top