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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2923 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy of a transcribing Pol IIp complex | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of a transcribing Pol IIp complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | Transcription / pre-mRNA capping | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Martinez-Rucobo FW / Kohler R / van de Waterbeemd M / Heck AJR / Hemann M / Herzog F / Stark H / Cramer P | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2015 タイトル: Molecular Basis of Transcription-Coupled Pre-mRNA Capping. 著者: Fuensanta W Martinez-Rucobo / Rebecca Kohler / Michiel van de Waterbeemd / Albert J R Heck / Matthias Hemann / Franz Herzog / Holger Stark / Patrick Cramer / 要旨: Capping is the first step in pre-mRNA processing, and the resulting 5'-RNA cap is required for mRNA splicing, export, translation, and stability. Capping is functionally coupled to transcription by ...Capping is the first step in pre-mRNA processing, and the resulting 5'-RNA cap is required for mRNA splicing, export, translation, and stability. Capping is functionally coupled to transcription by RNA polymerase (Pol) II, but the coupling mechanism remains unclear. We show that efficient binding of the capping enzyme (CE) to transcribing, phosphorylated yeast Pol II (Pol IIp) requires nascent RNA with an unprocessed 5'-triphosphate end. The transcribing Pol IIp-CE complex catalyzes the first two steps of capping, and its analysis by mass spectrometry, cryo-electron microscopy, and protein crosslinking revealed the molecular basis for transcription-coupled pre-mRNA capping. CE docks to the Pol II wall and spans the end of the RNA exit tunnel to position the CE active sites for sequential binding of the exiting RNA 5' end. Thus, the RNA 5' end triggers its own capping when it emerges from Pol II, to ensure seamless RNA protection from 5'-exonucleases during early transcription. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2923.map.gz | 11.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2923-v30.xml emd-2923.xml | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2923_square_500x500.png | 114.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2923 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2923 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2923_validation.pdf.gz | 207.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2923_full_validation.pdf.gz | 206.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2923_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2923 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2923 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2923.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of a transcribing Pol IIp complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : transcribing Pol IIp complex from yeast
全体 | 名称: transcribing Pol IIp complex from yeast |
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要素 |
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-超分子 #1000: transcribing Pol IIp complex from yeast
超分子 | 名称: transcribing Pol IIp complex from yeast / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: One monomer of Pol IIp contains Pol IIp contains 1 DNA/RNA scaffold of 2 DNA and 1 RNA molecules Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 540 KDa / 理論値: 540 KDa / 手法: native mass spectroscopy |
-分子 #1: DNA-directed RNA polymerase II
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RNA polymerase II / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast |
分子量 | 実験値: 520 KDa / 理論値: 520 KDa |
-分子 #2: DNA-RNA Scaffold
分子 | 名称: DNA-RNA Scaffold / タイプ: other / ID: 2 / Name.synonym: template DNA, non-template DNA, mRNA / 分類: DNA/RNA / Structure: OTHER / Synthetic?: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast |
分子量 | 実験値: 20 KDa / 理論値: 20 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.25 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.25 / 詳細: 5mM HEPES, 100mM KCl, 3mM DTT |
グリッド | 詳細: 200 mesh grid with thin carbon support |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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Cs | 0 |
日付 | 2014年1月7日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 74000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / Cs: mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 66214 |