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万見
- EMDB-2913: Cryo-EM reconstruction of the mammalian 28S mitoribosomal subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2913
タイトルCryo-EM reconstruction of the mammalian 28S mitoribosomal subunit
マップデータReconstruction of the porcine 28S mitoribosomal subunit
試料
  • 試料: 28S mammalian mitochondrial ribosome
  • 複合体: 28S mammalian mitochondrial ribosome subunit
キーワードmammalian mitochondrial ribosome / 28S small ribosomal subunit / translation / ribosomal proteins / rRNA / tRNA / mRNA / decoding
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial ribosome assembly / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / ribosomal small subunit binding / cell junction / regulation of translation ...Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial ribosome assembly / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / ribosomal small subunit binding / cell junction / regulation of translation / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / apoptotic process / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 ...Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Small ribosomal subunit protein uS5m, N-terminal / Small ribosomal subunit protein mS39, PPR / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / CHCH / CHCH domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Thioredoxin-like superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS12m / 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial isoform 1 / Small ribosomal subunit protein mS25 / 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS38 / Mitoribosomal protein us9m, mrps9 / Mitochondrial ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein mS31 ...Small ribosomal subunit protein uS12m / 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial isoform 1 / Small ribosomal subunit protein mS25 / 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS38 / Mitoribosomal protein us9m, mrps9 / Mitochondrial ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein mS31 / Small ribosomal subunit protein uS10m / : / 28S ribosomal protein S2, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein mS33 / 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1 / : / Mitochondrial ribosomal protein S24 / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1 / Small ribosomal subunit protein uS5m / : / : / Mitochondrial ribosomal protein S6 / Small ribosomal subunit protein mS39 / Small ribosomal subunit protein mS40
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Greber BJ / Bieri P / Leibundgut M / Leitner A / Aebersold R / Boehringer D / Ban N
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Ribosome. The complete structure of the 55S mammalian mitochondrial ribosome.
著者: Basil J Greber / Philipp Bieri / Marc Leibundgut / Alexander Leitner / Ruedi Aebersold / Daniel Boehringer / Nenad Ban /
要旨: Mammalian mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) synthesize mitochondrially encoded membrane proteins that are critical for mitochondrial function. Here we present the complete atomic structure of ...Mammalian mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) synthesize mitochondrially encoded membrane proteins that are critical for mitochondrial function. Here we present the complete atomic structure of the porcine 55S mitoribosome at 3.8 angstrom resolution by cryo-electron microscopy and chemical cross-linking/mass spectrometry. The structure of the 28S subunit in the complex was resolved at 3.6 angstrom resolution by focused alignment, which allowed building of a detailed atomic structure including all of its 15 mitoribosomal-specific proteins. The structure reveals the intersubunit contacts in the 55S mitoribosome, the molecular architecture of the mitoribosomal messenger RNA (mRNA) binding channel and its interaction with transfer RNAs, and provides insight into the highly specialized mechanism of mRNA recruitment to the 28S subunit. Furthermore, the structure contributes to a mechanistic understanding of aminoglycoside ototoxicity.
履歴
登録2015年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年3月11日-
マップ公開2015年4月15日-
更新2015年6月24日-
現状2015年6月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5aj3
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMDB_2913_28...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2913.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 37.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the porcine 28S mitoribosomal subunit
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.39 Å/pix.
x 216 pix.
= 300.24 Å		1.39 Å/pix.
x 216 pix.
= 300.24 Å		1.39 Å/pix.
x 216 pix.
= 300.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.25009429 - 0.52919853
平均 (標準偏差)0.00261802 (±0.02017874)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin232323
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 300.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z216216216
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z300.240300.240300.240
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-24-24-24
NX/NY/NZ494949
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS232323
NC/NR/NS216216216
D min/max/mean-0.2500.5290.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 28S mammalian mitochondrial ribosome

全体名称: 28S mammalian mitochondrial ribosome
要素
  • 試料: 28S mammalian mitochondrial ribosome
  • 複合体: 28S mammalian mitochondrial ribosome subunit

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超分子 #1000: 28S mammalian mitochondrial ribosome

超分子名称: 28S mammalian mitochondrial ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 1
分子量理論値: 2.7 MDa

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超分子 #1: 28S mammalian mitochondrial ribosome subunit

超分子名称: 28S mammalian mitochondrial ribosome subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No
Ribosome-details: ribosome-eukaryote: SSU mitochondrial 28S, SSU mitochondrial RNA 12S
Ref GO0: GO:0005761
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 別称: Domestic pig / 組織: Liver / Organelle: Mitochondrion
分子量理論値: 1.1 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES-KOH, 50 mM KCl, 1 mM DTT, 40 mM MgCl2
グリッド詳細: 200 mesh Quantifoil R 2/2 holey carbon grids with a thin continuous carbon support film applied
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細movie mode readout in FEI EPU: 7 frames per exposure
日付2014年5月3日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2
詳細: movie mode readout in FEI EPU: 7 frames per exposure
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 100720 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #2

Microscopy ID2
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細movie mode readout in FEI EPU: 7 frames per exposure
日付2014年5月30日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2
詳細: movie mode readout in FEI EPU: 7 frames per exposure
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 100720 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were selected in batchboxer (EMAN 1.9) and extracted using RELION 1.2.
CTF補正詳細: per detector frame
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND3, RELION, 1.2, 1.3 / 使用した粒子像数: 78783

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3v2c
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera
詳細The initial coordinate model was fitted into the cryo-EM density using Chimera. The model was then extended and completely rebuilt using COOT (RNA) and O (proteins) aided by PHYRE models for ribosomal proteins.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5aj3:
Structure of the small subunit of the mammalian mitoribosome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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