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万見
- EMDB-2831: Electron cryotomography, subtomogram averaging and classification... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2831
タイトルElectron cryotomography, subtomogram averaging and classification of 26S proteasomes in situ in intact hippocampal neurons
マップデータ26S Proteasome from mammal hippocampus neurons in substrate-processing state (SPS)
試料
  • 試料: 26S Proteasome from mammal hippocampus neurons in substrate-processing state (SPS)
  • タンパク質・ペプチド: 26S Proteasome
キーワードProteasome / 26S / 26S Proteasome / Ubiquitin / Ubiquitin-Proteasome Pathway / UPP / Ubiquitin-Proteasome System / UPS / Protease
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 31.0 Å
データ登録者Asano S / Fukuda Y / Beck F / Aufderheide A / Foerster F / Danev R / Baumeister W
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Proteasomes. A molecular census of 26S proteasomes in intact neurons.
著者: Shoh Asano / Yoshiyuki Fukuda / Florian Beck / Antje Aufderheide / Friedrich Förster / Radostin Danev / Wolfgang Baumeister /
要旨: The 26S proteasome is a key player in eukaryotic protein quality control and in the regulation of numerous cellular processes. Here, we describe quantitative in situ structural studies of this highly ...The 26S proteasome is a key player in eukaryotic protein quality control and in the regulation of numerous cellular processes. Here, we describe quantitative in situ structural studies of this highly dynamic molecular machine in intact hippocampal neurons. We used electron cryotomography with the Volta phase plate, which allowed high fidelity and nanometer precision localization of 26S proteasomes. We undertook a molecular census of single- and double-capped proteasomes and assessed the conformational states of individual complexes. Under the conditions of the experiment—that is, in the absence of proteotoxic stress—only 20% of the 26S proteasomes were engaged in substrate processing. The remainder was in the substrate-accepting ground state. These findings suggest that in the absence of stress, the capacity of the proteasome system is not fully used.
履歴
登録2014年12月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年1月21日-
マップ公開2015年1月21日-
更新2015年9月23日-
現状2015年9月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0277
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0277
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2831.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2831.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈26S Proteasome from mammal hippocampus neurons in substrate-processing state (SPS)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.21 Å/pix.
x 128 pix.
= 538.88 Å		4.21 Å/pix.
x 128 pix.
= 538.88 Å		4.21 Å/pix.
x 128 pix.
= 538.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.21 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0277 / ムービー #1: 0.0277
最小 - 最大-0.10044288 - 0.20454417
平均 (標準偏差)0.00061038 (±0.01680151)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 538.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.214.214.21
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z538.880538.880538.880
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.1000.2050.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 26S Proteasome from mammal hippocampus neurons in substrate-proce...

全体名称: 26S Proteasome from mammal hippocampus neurons in substrate-processing state (SPS)
要素
  • 試料: 26S Proteasome from mammal hippocampus neurons in substrate-processing state (SPS)
  • タンパク質・ペプチド: 26S Proteasome

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超分子 #1000: 26S Proteasome from mammal hippocampus neurons in substrate-proce...

超分子名称: 26S Proteasome from mammal hippocampus neurons in substrate-processing state (SPS)
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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分子 #1: 26S Proteasome

分子名称: 26S Proteasome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: Wistar / 別称: Rat / 組織: Brain / 細胞中の位置: Cytoplasm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

グリッド詳細: Quantifoil Au 200 mesh grids R1/4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III
手法: 37 deg C, waiting time 5 sec, and 10 seconds blot time

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan
詳細Volta Phase Plate
日付2013年10月24日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 平均電子線量: 110 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 31.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: etomo, TOM, PYTOM / 使用したサブトモグラム数: 339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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