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- PDB-6g4w: Cryo-EM structure of a late human pre-40S ribosomal subunit - State A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g4w
タイトルCryo-EM structure of a late human pre-40S ribosomal subunit - State A
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 22
  • 18S ribosomal RNA
  • Bystin
  • Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein
  • Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog
  • Probable 18S rRNA (guanine-N(7))-methyltransferase
  • RNA-binding protein PNO1
  • RRP12
  • UNKNOWN
  • UNKNOWN HELIX
キーワードRIBOSOME / 40S / pre-40S / ribosome biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-glutamine methylation / tRNA (m2G10) methyltransferase complex / rRNA (guanine-N7)-methylation / regulation of protein localization to nucleolus / tRNA methyltransferase activator activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Methylation / trophectodermal cell differentiation ...peptidyl-glutamine methylation / tRNA (m2G10) methyltransferase complex / rRNA (guanine-N7)-methylation / regulation of protein localization to nucleolus / tRNA methyltransferase activator activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Methylation / trophectodermal cell differentiation / protein methyltransferase activity / tRNA methylation / positive regulation of rRNA processing / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / nucleolus organization / rRNA methylation / negative regulation of RNA splicing / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / neural crest cell differentiation / U3 snoRNA binding / negative regulation of bicellular tight junction assembly / rRNA modification in the nucleus and cytosol / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / snoRNA binding / preribosome, small subunit precursor / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / fibroblast growth factor binding / monocyte chemotaxis / Protein hydroxylation / TOR signaling / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / mTORC1-mediated signalling / cellular response to ethanol / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / ubiquitin ligase inhibitor activity / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Viral mRNA Translation / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / regulation of translational fidelity / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / maturation of LSU-rRNA / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / ribosomal small subunit export from nucleus / rough endoplasmic reticulum / translation regulator activity / positive regulation of cell cycle / translation initiation factor binding / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / MDM2/MDM4 family protein binding / Mitotic Prometaphase / liver regeneration / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / cytosolic ribosome / stress granule assembly / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / positive regulation of translation / cellular response to leukemia inhibitory factor / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / innate immune response in mucosa / erythrocyte differentiation / stem cell proliferation / mRNA 3'-UTR binding / methyltransferase activity / maturation of SSU-rRNA / neural tube closure / small-subunit processome / translational initiation / modification-dependent protein catabolic process / RHO GTPases Activate Formins / protein tag activity / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / response to insulin / GABA-ergic synapse / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / response to virus / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / Separation of Sister Chromatids / apical part of cell / rRNA processing / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / osteoblast differentiation / antibacterial humoral response / glucose homeostasis
類似検索 - 分子機能
18S rRNA (guanine(1575)-N(7))-methyltransferase Bud23, C-terminal / 18S rRNA (guanine(1575)-N(7))-methyltransferase Bud23-like / Methyltransferase involved in Williams-Beuren syndrome / Low temperature viability protein Ltv1 / Low temperature viability protein / Multifunctional methyltransferase subunit Trm112 / Trm112-like / Trm112p-like protein / Tsr1, G-like domain / Methyltransferase type 11 ...18S rRNA (guanine(1575)-N(7))-methyltransferase Bud23, C-terminal / 18S rRNA (guanine(1575)-N(7))-methyltransferase Bud23-like / Methyltransferase involved in Williams-Beuren syndrome / Low temperature viability protein Ltv1 / Low temperature viability protein / Multifunctional methyltransferase subunit Trm112 / Trm112-like / Trm112p-like protein / Tsr1, G-like domain / Methyltransferase type 11 / Methyltransferase domain / Bystin / Bystin / : / : / Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I) (327.11.2) / Ribosome biogenesis protein BMS1/TSR1, C-terminal / AARP2CN / Bms1/Tsr1-type G domain / Ribosome biogenesis protein Bms1/Tsr1 / 40S ribosome biogenesis protein Tsr1 and BMS1 C-terminal / AARP2CN (NUC121) domain / Bms1-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / AARP2CN (NUC121) domain / Protein of unknown function (DUF663) / K Homology domain, type 1 superfamily / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S19A/S15e / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / : / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 18S rRNA (guanine-N(7))-methyltransferase / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 18S rRNA (guanine-N(7))-methyltransferase / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Bystin / Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog / Protein LTV1 homolog / RNA-binding protein PNO1 / Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Ameismeier, M. / Cheng, J. / Berninghausen, O. / Beckmann, R.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB646 ドイツ
German Research FoundationGRK1721 ドイツ
German Research FoundationFOR1805 ドイツ
European Research CouncilCRYOTRANSLATION ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Visualizing late states of human 40S ribosomal subunit maturation.
著者: Michael Ameismeier / Jingdong Cheng / Otto Berninghausen / Roland Beckmann /
要旨: The formation of eukaryotic ribosomal subunits extends from the nucleolus to the cytoplasm and entails hundreds of assembly factors. Despite differences in the pathways of ribosome formation, high- ...The formation of eukaryotic ribosomal subunits extends from the nucleolus to the cytoplasm and entails hundreds of assembly factors. Despite differences in the pathways of ribosome formation, high-resolution structural information has been available only from fungi. Here we present cryo-electron microscopy structures of late-stage human 40S assembly intermediates, representing one state reconstituted in vitro and five native states that range from nuclear to late cytoplasmic. The earliest particles reveal the position of the biogenesis factor RRP12 and distinct immature rRNA conformations that accompany the formation of the 40S subunit head. Molecular models of the late-acting assembly factors TSR1, RIOK1, RIOK2, ENP1, LTV1, PNO1 and NOB1 provide mechanistic details that underlie their contribution to a sequential 40S subunit assembly. The NOB1 architecture displays an inactive nuclease conformation that requires rearrangement of the PNO1-bound 3' rRNA, thereby coordinating the final rRNA folding steps with site 3 cleavage.
履歴
登録2018年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4349
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: 18S ribosomal RNA
R: 40S ribosomal protein S17
b: 40S ribosomal protein S27
B: 40S ribosomal protein S3a
c: 40S ribosomal protein S28
E: 40S ribosomal protein S4, X isoform
e: 40S ribosomal protein S30
F: 40S ribosomal protein S5
H: 40S ribosomal protein S7
G: 40S ribosomal protein S6
Z: 40S ribosomal protein S25
Y: 40S ribosomal protein S24
x: RNA-binding protein PNO1
X: 40S ribosomal protein S23
w: Bystin
W: 40S ribosomal protein S15a
u: Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog
t: UNKNOWN
T: 40S ribosomal protein S19
S: 40S ribosomal protein S18
Q: 40S ribosomal protein S16
P: 40S ribosomal protein S15
O: 40S ribosomal protein S14
N: 40S ribosomal protein S13
L: 40S ribosomal protein S11
J: 40S ribosomal protein S9
I: 40S ribosomal protein S8
s: RRP12
r: Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein
q: Probable 18S rRNA (guanine-N(7))-methyltransferase
k: UNKNOWN HELIX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,293,68231
ポリマ－1,293,68231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 2

#1: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 607057.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 151415227

+
40S ribosomal protein ... , 22種, 22分子 RbBcEeFHGZYXWTSQPONLJI

#2: タンパク質 40S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein eS17


分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P08708
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S27 / Metallopan-stimulin 1 / MPS-1 / Small ribosomal subunit protein eS27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P42677
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / Small ribosomal subunit protein eS1 / v-fos transformation effector protein / Fte-1


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P61247
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S28 / Small ribosomal subunit protein eS28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P62857
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S4, X isoform / SCR10 / Single copy abundant mRNA protein / Small ribosomal subunit protein eS4


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P62701
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S30 / Small ribosomal subunit protein eS30


分子量: 6668.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P62861
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P46782
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein eS7


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P62081
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S6 / Phosphoprotein NP33 / Small ribosomal subunit protein eS6


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P62753
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS25


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P62851
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S24 / Small ribosomal subunit protein eS24


分子量: 15463.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P62847
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S23 / Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P62266
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S15a / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P62244
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S19 / Small ribosomal subunit protein eS19


分子量: 16091.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P39019
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S18 / Ke-3 / Ke3 / Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P62269
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P62249
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / RIG protein / Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 17076.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P62841
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S14 / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P62263
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P62277
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S11 / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P62280
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S9 / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P46781
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein eS8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: P62241

-
タンパク質 , 6種, 6分子 xwusrq

#13: タンパク質 RNA-binding protein PNO1


分子量: 27970.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: Q9NRX1
#15: タンパク質 Bystin


分子量: 49673.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: Q13895
#17: タンパク質 Pre-rRNA-processing protein TSR1 homolog


分子量: 91951.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: Q2NL82
#28: タンパク質 RRP12


分子量: 68101.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293
#29: タンパク質 Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein / tRNA methyltransferase 112 homolog


分子量: 14215.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: Q9UI30
#30: タンパク質 Probable 18S rRNA (guanine-N(7))-methyltransferase / Bud site selection protein 23 homolog / Metastasis-related methyltransferase 1 / Williams-Beuren ...Bud site selection protein 23 homolog / Metastasis-related methyltransferase 1 / Williams-Beuren syndrome chromosomal region 22 protein / rRNA methyltransferase and ribosome maturation factor


分子量: 31925.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293
参照: UniProt: O43709, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 tk

#18: タンパク質・ペプチド UNKNOWN


分子量: 2054.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: Q96GA3*PLUS
#31: タンパク質・ペプチド UNKNOWN HELIX


分子量: 1368.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of a late human pre-40S ribosomal subunit - State A
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 2.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52414 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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