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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of human METTL1-WDR4 in complex with Lys-tRNA and SAH. | ||||||||||||
![]() | Human METTL1-WDR4 heterodimer in complex with Lys tRNA and SAH. Full map. | ||||||||||||
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![]() | Cancer protein / Methyl transferase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-RNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() internal mRNA (guanine-N7-)-methyltransferase activity / tRNA stabilization / tRNA (m7G46) methyltransferase complex / tRNA (guanine-N7)-methylation / RNA (guanine-N7)-methylation / tRNA (guanine46-N7)-methyltransferase / tRNA (guanine(46)-N7)-methyltransferase activity / tRNA methyltransferase activator activity / tRNA methyltransferase complex / tRNA modification in the nucleus and cytosol ...internal mRNA (guanine-N7-)-methyltransferase activity / tRNA stabilization / tRNA (m7G46) methyltransferase complex / tRNA (guanine-N7)-methylation / RNA (guanine-N7)-methylation / tRNA (guanine46-N7)-methyltransferase / tRNA (guanine(46)-N7)-methyltransferase activity / tRNA methyltransferase activator activity / tRNA methyltransferase complex / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA modification / tRNA methylation / enzyme activator activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / chromosome / tRNA binding / DNA damage response / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å | ||||||||||||
![]() | Ruiz-Arroyo VM / Nam Y | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures and mechanisms of tRNA methylation by METTL1-WDR4. 著者: Victor M Ruiz-Arroyo / Rishi Raj / Kesavan Babu / Otgonbileg Onolbaatar / Paul H Roberts / Yunsun Nam / ![]() 要旨: Specific, regulated modification of RNAs is important for proper gene expression. tRNAs are rich with various chemical modifications that affect their stability and function. 7-Methylguanosine (mG) ...Specific, regulated modification of RNAs is important for proper gene expression. tRNAs are rich with various chemical modifications that affect their stability and function. 7-Methylguanosine (mG) at tRNA position 46 is a conserved modification that modulates steady-state tRNA levels to affect cell growth. The METTL1-WDR4 complex generates mG46 in humans, and dysregulation of METTL1-WDR4 has been linked to brain malformation and multiple cancers. Here we show how METTL1 and WDR4 cooperate to recognize RNA substrates and catalyse methylation. A crystal structure of METTL1-WDR4 and cryo-electron microscopy structures of METTL1-WDR4-tRNA show that the composite protein surface recognizes the tRNA elbow through shape complementarity. The cryo-electron microscopy structures of METTL1-WDR4-tRNA with S-adenosylmethionine or S-adenosylhomocysteine along with METTL1 crystal structures provide additional insights into the catalytic mechanism by revealing the active site in multiple states. The METTL1 N terminus couples cofactor binding with conformational changes in the tRNA, the catalytic loop and the WDR4 C terminus, acting as the switch to activate mG methylation. Thus, our structural models explain how post-translational modifications of the METTL1 N terminus can regulate methylation. Together, our work elucidates the core and regulatory mechanisms underlying mG modification by METTL1, providing the framework to understand its contribution to biology and disease. #1: ![]() タイトル: CryoEM structure of human METTL1-WDR4 in complex with Lys-tRNA 著者: Ruiz-Arroyo VM / Nam Y | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 5.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.3 KB 21.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 4.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 111.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 10.7 MB 10.6 MB 10.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 752.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 752 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Human METTL1-WDR4 heterodimer in complex with Lys tRNA and SAH. Full map. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.245 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Human METTL1-WDR4 heterodimer in complex with Lys tRNA...
ファイル | emd_28108_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Human METTL1-WDR4 heterodimer in complex with Lys tRNA and SAH. Sharpen map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Human METTL1-WDR4 heterodimer in complex with Lys tRNA...
ファイル | emd_28108_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Human METTL1-WDR4 heterodimer in complex with Lys tRNA and SAH. Half map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Human METTL1-WDR4 heterodimer in complex with Lys tRNA and SAH.
ファイル | emd_28108_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Human METTL1-WDR4 heterodimer in complex with Lys tRNA and SAH. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Human METTL1-WDR4 in complex with Lys-tRNA and SAH.
全体 | 名称: Human METTL1-WDR4 in complex with Lys-tRNA and SAH. |
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要素 |
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-超分子 #1: Human METTL1-WDR4 in complex with Lys-tRNA and SAH.
超分子 | 名称: Human METTL1-WDR4 in complex with Lys-tRNA and SAH. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 112 KDa |
-分子 #1: tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase non-catalytic subunit WDR4
分子 | 名称: tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase non-catalytic subunit WDR4 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 45.123023 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MHHHHHHENL YFQGSGMAGS VGLALCGQTL VVRGGSRFLA TSIASSDDDS LFIYDCSAAE KKSQENKGED APLDQGSGAI LASTFSKSG SYFALTDDSK RLILFRTKPW QCLSVRTVAR RCTALTFIAS EEKVLVADKS GDVYSFSVLE PHGCGRLELG H LSMLLDVA ...文字列: MHHHHHHENL YFQGSGMAGS VGLALCGQTL VVRGGSRFLA TSIASSDDDS LFIYDCSAAE KKSQENKGED APLDQGSGAI LASTFSKSG SYFALTDDSK RLILFRTKPW QCLSVRTVAR RCTALTFIAS EEKVLVADKS GDVYSFSVLE PHGCGRLELG H LSMLLDVA VSPDDRFILT ADRDEKIRVS WAAAPHSIES FCLGHTEFVS RISVVPTQPG LLLSSSGDGT LRLWEYRSGR QL HCCHLAS LQELVDPQAP QKFAASRIAF WCQENCVALL CDGTPVVYIF QLDARRQQLV YRQQLAFQHQ VWDVAFEETQ GLW VLQDCQ EAPLVLYRPV GDQWQSVPES TVLKKVSGVL RGNWAMLEGS AGADASFSSL YKATFDNVTS YLKKKEERLQ QQLE KKQRR UniProtKB: tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase non-catalytic subunit WDR4 |
-分子 #2: tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase
分子 | 名称: tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tRNA (guanine46-N7)-methyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 31.516012 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAAETRNVAG AEAPPPQKRY YRQRAHSNPM ADHTLRYPVK PEEMDWSELY PEFFAPLTQN QSHDDPKDKK EKRAQAQVEF ADIGCGYGG LLVELSPLFP DTLILGLEIR VKVSDYVQDR IRALRAAPAG GFQNIACLRS NAMKHLPNFF YKGQLTKMFF L FPDPHFKR ...文字列: MAAETRNVAG AEAPPPQKRY YRQRAHSNPM ADHTLRYPVK PEEMDWSELY PEFFAPLTQN QSHDDPKDKK EKRAQAQVEF ADIGCGYGG LLVELSPLFP DTLILGLEIR VKVSDYVQDR IRALRAAPAG GFQNIACLRS NAMKHLPNFF YKGQLTKMFF L FPDPHFKR TKHKWRIISP TLLAEYAYVL RVGGLVYTIT DVLELHDWMC THFEEHPLFE RVPLEDLSED PVVGHLGTST EE GKKVLRN GGKNFPAIFR RIQDPVLQAV TSQTSLPGH UniProtKB: tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase |
-分子 #3: RNA (65-MER)
分子 | 名称: RNA (65-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.162705 KDa |
配列 | 文字列: GCCCGGAUAG CUCAGUCGGU AGAGCAUCAG ACUUUUAAUC UGAGGGUCCA GGGUUCAAGU CCCUGUUCGG GC GENBANK: GENBANK: MN296912.1 |
-分子 #4: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子 | 名称: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: SAH |
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分子量 | 理論値: 384.411 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-SAH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 375.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 62.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |