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- EMDB-2786: Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2786
タイトルArchitecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex
マップデータcITC-cMed
試料
  • 試料: cITC-cMed
  • タンパク質・ペプチド: x 31種
  • DNA: x 2種
  • RNA: x 1種
キーワードtranscription / transcription initiation / RNA polymerase II / General Transcription Factors / Mediator
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic gene conversion / RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / TFIIH-class transcription factor complex binding / core mediator complex / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding ...meiotic gene conversion / RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / TFIIH-class transcription factor complex binding / core mediator complex / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RPB4-RPB7 complex / transcription factor TFIIF complex / mediator complex / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / transcription preinitiation complex / DNA binding, bending / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / termination of RNA polymerase II transcription / transcription factor TFIID complex / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA-templated transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / termination of RNA polymerase III transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / termination of RNA polymerase I transcription / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase II complex binding / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / Estrogen-dependent gene expression / TFIID-class transcription factor complex binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / TFIIB-class transcription factor binding / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II activity / Dual incision in TC-NER / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / transcription-coupled nucleotide-excision repair / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / translesion synthesis / cellular response to nutrient levels / RNA polymerase II, core complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / translation initiation factor binding / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / P-body / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / mRNA processing / transcription corepressor activity / disordered domain specific binding / peroxisome / ribosome biogenesis / single-stranded DNA binding / cellular response to heat / protein-macromolecule adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / DNA recombination / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / transcription coactivator activity / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
類似検索 - 分子機能
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類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces mikatae (酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.7 Å
データ登録者Plaschka C / Lariviere L / Wenzeck L / Hemann M / Tegunov D / Petrotchenko EV / Borchers CH / Baumeister W / Herzog F / Villa E / Cramer P
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core initiation complex.
著者: C Plaschka / L Larivière / L Wenzeck / M Seizl / M Hemann / D Tegunov / E V Petrotchenko / C H Borchers / W Baumeister / F Herzog / E Villa / P Cramer /
要旨: The conserved co-activator complex Mediator enables regulated transcription initiation by RNA polymerase (Pol) II. Here we reconstitute an active 15-subunit core Mediator (cMed) comprising all ...The conserved co-activator complex Mediator enables regulated transcription initiation by RNA polymerase (Pol) II. Here we reconstitute an active 15-subunit core Mediator (cMed) comprising all essential Mediator subunits from Saccharomyces cerevisiae. The cryo-electron microscopic structure of cMed bound to a core initiation complex was determined at 9.7 Å resolution. cMed binds Pol II around the Rpb4-Rpb7 stalk near the carboxy-terminal domain (CTD). The Mediator head module binds the Pol II dock and the TFIIB ribbon and stabilizes the initiation complex. The Mediator middle module extends to the Pol II foot with a 'plank' that may influence polymerase conformation. The Mediator subunit Med14 forms a 'beam' between the head and middle modules and connects to the tail module that is predicted to bind transcription activators located on upstream DNA. The Mediator 'arm' and 'hook' domains contribute to a 'cradle' that may position the CTD and TFIIH kinase to stimulate Pol II phosphorylation.
履歴
登録2014年9月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年10月29日-
マップ公開2015年2月4日-
更新2015年3月4日-
現状2015年3月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0135
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SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2786.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2786.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 81.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cITC-cMed
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 280 pix.
= 378. Å		1.35 Å/pix.
x 280 pix.
= 378. Å		1.35 Å/pix.
x 280 pix.
= 378. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0135 / ムービー #1: 0.0135
最小 - 最大-0.02174095 - 0.05509891
平均 (標準偏差)0.00042752 (±0.00378394)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 378.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z378.000378.000378.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-40-32-96
NX/NY/NZ8165193
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0220.0550.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : cITC-cMed

全体名称: cITC-cMed
要素
  • 試料: cITC-cMed
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB1
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB2
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB3
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB4
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 1
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 2
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB7
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 3
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB9
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 5
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB11
  • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 4
  • タンパク質・ペプチド: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB
  • タンパク質・ペプチド: TATA-box-binding protein
  • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIF subunit alpha
  • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIF subunit beta
  • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4
  • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
  • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7
  • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
  • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9
  • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10
  • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
  • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14
  • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
  • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
  • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19
  • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20
  • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21
  • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22
  • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31
  • DNA: template DNA
  • DNA: nontemplate DNA
  • RNA: RNA

+
超分子 #1000: cITC-cMed

超分子名称: cITC-cMed / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 34
分子量理論値: 1.2 MDa

+
分子 #1: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB1

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RPO21 RPB1 RPB220 SUA8 YDL140C D2150 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 192 KDa / 理論値: 192 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

+
分子 #2: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB2

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: RPB2 RPB150 RPO22 YOR151C / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 139 KDa / 理論値: 139 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

+
分子 #3: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB3

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: RPB3 YIL021W / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 35 KDa / 理論値: 35 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

+
分子 #4: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB4

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: RPB4 YJL140W J0654 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 25 KDa / 理論値: 25 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4

+
分子 #5: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 1

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: RPB5 RPA7 RPC9 YBR154C YBR1204 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 25 KDa / 理論値: 25 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

+
分子 #6: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 2

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / Name.synonym: RPO26 RPB6 YPR187W P9677.8 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 18 KDa / 理論値: 18 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #7: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB7

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / Name.synonym: RPB7 YDR404C D9509.22 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 19 KDa / 理論値: 19 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

+
分子 #8: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 3

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / Name.synonym: RPB8 YOR224C YOR50-14 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 17 KDa / 理論値: 17 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #9: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB9

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / Name.synonym: RPB9 YGL070C / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 14 KDa / 理論値: 14 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

+
分子 #10: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 5

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / Name.synonym: RPB10 YOR210W / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 8 KDa / 理論値: 8 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #11: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB11

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / Name.synonym: RPB11 YOL005C / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 13 KDa / 理論値: 13 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

+
分子 #12: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 4

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / Name.synonym: RPC10 RPB12 YHR143W-A YHR143BW / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 Rpb3 His-Bio / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 8 KDa / 理論値: 8 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

+
分子 #13: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB

分子名称: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / Name.synonym: SUA7 YPR086W P9513.4 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 38 KDa / 理論値: 38 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Transcription initiation factor IIB

+
分子 #14: TATA-box-binding protein

分子名称: TATA-box-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / Name.synonym: SPT15, BTF1, TBP1, YER148W / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 20 KDa / 理論値: 20 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: TATA-box-binding protein

+
分子 #15: Transcription initiation factor IIF subunit alpha

分子名称: Transcription initiation factor IIF subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / Name.synonym: Tfg1 SSU71 RAP74 YGR186W / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces mikatae (酵母)
分子量実験値: 82 KDa / 理論値: 82 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Transcription initiation factor IIB

+
分子 #16: Transcription initiation factor IIF subunit beta

分子名称: Transcription initiation factor IIF subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / Name.synonym: TFG2, YGR005C / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 47 KDa / 理論値: 47 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Transcription initiation factor IIF subunit beta

+
分子 #17: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / Name.synonym: MED4, YOR174W, O3630 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 32 KDa / 理論値: 32 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4

+
分子 #18: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / Name.synonym: MED6, MTR32, YHR058C / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 33 KDa / 理論値: 33 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6

+
分子 #19: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / Name.synonym: MED7, YOL135C / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 26 KDa / 理論値: 26 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7

+
分子 #20: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / Name.synonym: MED8, YBR193C, YBR1403 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 25 KDa / 理論値: 25 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8

+
分子 #21: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / Name.synonym: CSE2, MED9, YNR010W, N2046 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 17 KDa / 理論値: 17 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9

+
分子 #22: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / Name.synonym: NUT2, MED10, YPR168W, P9325.2 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 18 KDa / 理論値: 18 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10

+
分子 #23: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / Name.synonym: MED11, YMR112C, YM9718.11C / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 13 KDa / 理論値: 13 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

+
分子 #24: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14
タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / Name.synonym: RGR1, MED14, YLR071C / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 85 KDa / 理論値: 85 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14

+
分子 #25: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / Name.synonym: SRB4, MED17, YER022W / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 79 KDa / 理論値: 79 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17

+
分子 #26: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / Name.synonym: SRB5, MED18, YGR104C / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 34 KDa / 理論値: 34 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18

+
分子 #27: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19
タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / Name.synonym: ROX3, MED19, NUT3, SSN7, YBL093C, YBL0837 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 25 KDa / 理論値: 25 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19

+
分子 #28: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20
タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / Name.synonym: SRB2, HRS2, MED20, YHR041C / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 23 KDa / 理論値: 23 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20

+
分子 #29: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21
タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / Name.synonym: SRB7, MED21, YDR308C, D9740.17 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 16 KDa / 理論値: 16 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21

+
分子 #30: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22
タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / Name.synonym: SRB6, MED22, YBR253W, YBR1721 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 14 KDa / 理論値: 14 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

+
分子 #31: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31
タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / Name.synonym: SOH1, MED31, YGL127C, G2864 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 15 KDa / 理論値: 15 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31

+
分子 #32: template DNA

分子名称: template DNA / タイプ: dna / ID: 32 / 分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
CGAGAACAGT AGCACGCTGT GTATATAATA GTGTGTTGTA CATAGCGGAG GTCGGTGGGG CACAACTGCG CT

+
分子 #33: nontemplate DNA

分子名称: nontemplate DNA / タイプ: dna / ID: 33 / 分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
AGCGCAGTTG TGCTATGATA TTTTTATGTA TGTACAACAC ACTATTATAT ACACAGCGTG CTACTGTTCT CG

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分子 #34: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 34 / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
AUAUCA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 25 mM HEPES-KOH pH 7.5, 180 mM Potassium acetate, 5 % Glycerol, 5 mM DTT
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER
手法: Grids were glow-discharged for 20 s before deposition of 4 microliters sample and incubated for 30 s. Grids were washed twice with 4 microliters distilled water, blotted, and then vitrified.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 2972 / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 37169 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 37000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were picked using EMAN2 and were processed using RELION 1.2.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION, 1.2
詳細: The density was filtered according to local resolution and further a temperature factor of minus 340 A2 was applied.
使用した粒子像数: 3267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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