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- EMDB-26959: Cutibacterium acnes 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarec... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26959
タイトルCutibacterium acnes 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
マップデータ70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
試料
  • 複合体: 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
    • RNA: x 5種
    • タンパク質・ペプチド: x 49種
  • リガンド: x 4種
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit ...ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A ...Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L16 / : / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24
類似検索 - ドメイン・相同性
50S ribosomal protein L17 / 50S ribosomal protein L21 / 50S ribosomal protein L24 / 30S ribosomal protein S10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL6 ...50S ribosomal protein L17 / 50S ribosomal protein L21 / 50S ribosomal protein L24 / 30S ribosomal protein S10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein uS13 / 50S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein uL5 / AURKAIP1/COX24 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cutibacterium acnes (バクテリア) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Lomakin IB / Devarkar SC / Bunick CG
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Almirall, LLCresearch grant 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Sarecycline inhibits protein translation in Cutibacterium acnes 70S ribosome using a two-site mechanism.
著者: Ivan B Lomakin / Swapnil C Devarkar / Shivali Patel / Ayman Grada / Christopher G Bunick /
要旨: Acne vulgaris is a chronic disfiguring skin disease affecting ∼1 billion people worldwide, often having persistent negative effects on physical and mental health. The Gram-positive anaerobe, ...Acne vulgaris is a chronic disfiguring skin disease affecting ∼1 billion people worldwide, often having persistent negative effects on physical and mental health. The Gram-positive anaerobe, Cutibacterium acnes is implicated in acne pathogenesis and is, therefore, a main target for antibiotic-based acne therapy. We determined a 2.8-Å resolution structure of the 70S ribosome of Cutibacterium acnes by cryogenic electron microscopy and discovered that sarecycline, a narrow-spectrum antibiotic against Cutibacterium acnes, may inhibit two active sites of this bacterium's ribosome in contrast to the one site detected previously on the model ribosome of Thermus thermophilus. Apart from the canonical binding site at the mRNA decoding center, the second binding site for sarecycline exists at the nascent peptide exit tunnel, reminiscent of the macrolides class of antibiotics. The structure also revealed Cutibacterium acnes-specific features of the ribosomal RNA and proteins. Unlike the ribosome of the Gram-negative bacterium Escherichia coli, Cutibacterium acnes ribosome has two additional proteins, bS22 and bL37, which are also present in the ribosomes of Mycobacterium smegmatis and Mycobacterium tuberculosis. We show that bS22 and bL37 have antimicrobial properties and may be involved in maintaining the healthy homeostasis of the human skin microbiome.
履歴
登録2022年5月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月22日-
マップ公開2023年3月22日-
更新2023年4月19日-
現状2023年4月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26959.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26959.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 340 pix.
= 363.12 Å		1.07 Å/pix.
x 340 pix.
= 363.12 Å		1.07 Å/pix.
x 340 pix.
= 363.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.068 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.5512391 - 1.51766
平均 (標準偏差)0.0055122683 (±0.06892903)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 363.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound

ファイルemd_26959_half_map_1.map
注釈70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound

ファイルemd_26959_half_map_2.map
注釈70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound

全体名称: 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
要素
  • 複合体: 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
    • RNA: RNA (1537-MER)
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein bS22
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Z
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
    • RNA: 23S ribosomal RNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein bL37
    • RNA: 32MF mRNA
    • RNA: P-site initiator tRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
  • リガンド: Sarecycline
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound

超分子名称: 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#54
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)

+
分子 #1: RNA (1537-MER)

分子名称: RNA (1537-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 498.742875 KDa
配列文字列: UUUUUCAUUG GAGAGUUUGA UCCUGGCUCA GGACGAACGC UGGCGGCGUG CUUAACACAU GCAAGUCGAA CGGAAAGGCC CUGCUUUUG UGGGGUGCUC GAGUGGCGAA CGGGUGAGUA ACACGUGAGU AACCUGCCCU UGACUUUGGG AUAACUUCAG G AAACUGGG ...文字列:
UUUUUCAUUG GAGAGUUUGA UCCUGGCUCA GGACGAACGC UGGCGGCGUG CUUAACACAU GCAAGUCGAA CGGAAAGGCC CUGCUUUUG UGGGGUGCUC GAGUGGCGAA CGGGUGAGUA ACACGUGAGU AACCUGCCCU UGACUUUGGG AUAACUUCAG G AAACUGGG GCUAAUACCG GAUAGGAGCU CCUGCUGCAU GGUGGGGGUU GGAAAGUUUC GGCGGUUGGG GAUGGACUCG CG GCUUAUC AGCUUGUUGG UGGGGUAGUG GCUUACCAAG GCUUUGACGG GUAGCCGGCC UGAGAGGGUG ACCGGCCACA UUG GGACUG AGAUACGGCC CAGACUCCUA CGGGAGGCAG CAGUGGGGAA UAUUGCACAA UGGGCGGAAG CCUGAUGCAG CAAC GCCGC GUGCGGGAUG ACGGCCUUCG GGUUGUAAAC CGCUUUCGCC UGUGACGAAG CGUGAGUGAC GGUAAUGGGU AAAGA AGCA CCGGCUAACU ACG(PSU)GCCAGC AGCC(G7M)CGGUG AUACGUAGGG UGCGAGCGUU GUCCGGAUUU AUUGGGCG U AAAGGGCUCG UAGGUGGUUG AUCGCGUCGG AAGUGUAAUC UUGGGGCUUA ACCCUGAGCG UGCUUUCGAU ACGGGUUGA CUUGAGGAAG GUAGGGGAGA AUGGAAUUCC UGGUGGAGCG GUGGAAUGCG CAGAUAUCAG GAGGAACACC AGUGGCGAAG GCGGUUCUC UGGGCCUUUC CUGACGCUGA GGAGCGAAAG CGUGGGGAGC GAACAGGCUU AGAUACCCUG GUAGUCCACG C UGUAAACG GUGGGUACUA GGUGUGGGGU CCAUUCCACG GGUUCCGUGC CGUAGCUAAC GCUUUAAGUA CCCCGCCUGG GG AGUACGG CCGCAAGGCU AAAACUCAAA GGAAUUGACG GGGCCCCGCA CAAGCGGCGG AGCAUGCGGA UUAAUUCGAU (2MG)(5MC)AACGCGU AGAACCUUAC CUGGGUUUGA CAUGGAUCGG GAGUGCUCAG AGAUGGGUGU GCCUCUUUUG GGG UCGGUU CACAGGUGGU GCAUGGCUGU CGUCAGCUCG UGUCGUGAGA UGUUGGGUUA AGUCCCGCAA CGAGCGCAAC CCUU GUUCA CUGUUGCCAG CACGUUAUGG UGGGGACUCA GUGGAGACCG CCGGGGUCAA CUCGGAGGAA GGUGGGGAUG ACGUC AAGU CAUCAUGCCC CUUAUGUCCA GGGCUUCACG CAUGCUACAA UGGCUGGUAC AGAGAGUGGC GAGCCUGUGA GGGUGA GCG AAUCUCGGAA AGCCGGUCUC AGUUCGGAUU GGGGUCUGCA ACUCGACCUC AUGAAGUCGG AGUCGCUAGU AAUCGCA GA UCAGCAACGC UGCGGUGAAU ACGUUCCCGG GGCUUGUACA CAC(5MC)G(4OC)C(5MC)GU (5MC)AAGUCAUGA AA GUUGGUA ACACCCGAAG CCGGUGGCCU AACCGUUGUG GGGGAGCCGU CGAAGGUGGG ACUGGUGAUU AGGACUAAGU CG (UR3)AACAAG GUAGCCGUAC C(2MG)G(MA6)(MA6)GGUGC GGCUGGAUCA CCUCCUUUCU AAGGAG

+
分子 #49: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 49 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 1.002554625 MDa
配列文字列: GCAAAGUUGU GUAGUGCGAU CGGUGGAUGC CUUGGCACCA AGAGCCGAUG AAGGACGUUG UGACCUGCGA UAAGCCCUGG GGAGUUGGU GAGCGAGCUG UGAUCCGGGG GUGUCCGAAU GGGGAAACCU GGAAUGUCCG GAGUAGUGUC CGGUGGCCCU G CCCUGAAU ...文字列:
GCAAAGUUGU GUAGUGCGAU CGGUGGAUGC CUUGGCACCA AGAGCCGAUG AAGGACGUUG UGACCUGCGA UAAGCCCUGG GGAGUUGGU GAGCGAGCUG UGAUCCGGGG GUGUCCGAAU GGGGAAACCU GGAAUGUCCG GAGUAGUGUC CGGUGGCCCU G CCCUGAAU GUAUAGGGGU GUGGGUGGUA ACGCGGGGAA GUGAAACAUC UUAGUACCCG UAGGAAGAGA AAACAAGUGU GA UUCCGUG AGUAGUGGCG AGCGAAAGCG GAGGAGGCUA AACCGUGUGU GUGUUCAAGC CGGCAGGUGU UGCAUGUGCG GGG UUGUGG GGGCCUUGUG GUUCUGCUGC CGCAGGAUUG GCCAGUGAGA AAUGUUGCGU GAAGGUGAAG CGUCUGGGAA GGCG UACCG GAGUGGGUGA GAGUCCUGUA ACUGUAAGCG UGGCACUGGU GUGGGGUUGC CCCGAGUAGC GUGGGACUCG UGGAA UUUC GCGUGAAUCU GGCGGGACCA CCCGUCAAGC CUAAAUACUC CUUGGUGACC GAUAGUGGAU GAGUACCGUG AGGGAA GGG UGAAAAGUAC CCCGGGAGGG GAGUGAAAGA GUUCCUGAAA CCGGUCGCAU GCAAGCCGUC AGAGCCUGUG UGGUGAU GG CGUGCCUUUU GAAGAAUGAG CCUGCGAGUU AGUGAUGCGU GGCGAGGUUA ACCCGUGGUG GGGGAGUCGU AGCGAAAG C GAGUCCGAUA AGGGCGUGAG UCGCGUGUUC UAGACCCGAA GCGGUGUGAU CUAUCCAUGG CCAGGAUGAA GCGUCGGUA AGACGUCGUG GAGGUCCGAA CCCACUUCAG UUGAAAAUGG AGGGGAUGAG UUGUGGAUAG GGGUGAAAGG CCAAUCAAAC ACCGUGAUA GCUGGUUCUC CCCGAAAUGC AUUUAGGUGC AGCGUUGCGU GGUUCUUGUU GGAGGUAGAG CACUGGAUGG U CUAGGGGG CUUAUCGGCU UACCGAAAUC AGCCAAACUC CGAAUGCUGG CAAGUGUAGC GUGGCAGUGA GACGGCGGG (PSU)GAUAAGCUU CGUCGUCGAG AGGGAAACAG CCCAGAUCAU CAGCUAAGGC CCCUAAGUGG UGACUCAGUG GGAAAG GAU GUGGAGUUGC GUAGACAACC AGGAGGUUGG CUUGGAAGCA GCCAUCCUUG AAAGAGUGCG UAAUAGCUCA CUGGUCA AG UGAUUCCGCG CCGAUAAUGU AGCGGGGCUU AAGUUAUCCG CCGAAGCUGU GGCAACCUGU GUGGUUGGGU AGGGGAGC G UCGUGUCAGU GGUGAAGCUG CCGGGUGACU GUGUGGUGGA GUUGAUGCGA GUGAGAAUGC AGGCAUGAGU AGCGUGUGA CGGGUGGGAA UCCCGUCCGC CGAUUAUCCA AGGGUUCCAG GGUCAAGUUU GUCUGCCCUG GGUGAGUCGG GUCCUAAGGC GAGGCCGAC AGGCGUAGUC GAUGGGUAAC CAGUUGAUAU UCUGGUACCG GCUUGUCACC GUCCGUGUCG AGGUGUGUGA U GCUAAGCA UGUGAGCUUG UCUUGGGAGU GUUUUUGAUG CUUCUGGGGU GGGUGAGUGU GUGAACCGAU CAUGUAGUAG GC AAGCUGC GGAGGGACGC AGUGAGGUAG CUCAUCCCCG GUGAUGGUUG UCCGGGGCUA AGUGUGUGGA CUGUCUGGUA GGU AAAUCC GCUGGGCGUG AAGGUUGAGG CAUGAUGGGG AGCCCAUGGU UGUGGGUGAG UGAGUGAUCC UGUACUGUCG AGAA AAGCU UCGUGAGCGA GGUGGCGGGU CCGCCCGUAC CCUAAACCGA CACUGGUGGA UAGGUAGAGU AUACCGAGGC GAUCG AGUG AAUCGUGGUG AAGGAACUCG GCAAAAUGCC CCCGUAACUU UGGGAUAAGG GGGACCUGAG CUGUCGUGCA CCCGUG CGG UGUGGUGGCG GUGAGGGGCG CAGAGUCCAG GGGGAAACGA CUGUUUACCA AAAACACAGG UCCGUGCGAA GUCGUAA GA CGAUGUAUAC GGACUGACUC CU(2MG)CCCGGUG CUGGAAGGUU AAGGGGAACU GUGAGUGUAU GCGUAGCGGU GAAC UUAAG CCCCAGUAAA CGGCGGUGG(PSU) AAC(3TD)A(PSU)AACC AUCCUAAGGU AGCGAAA(5MU)UC CUUGUCGGG UAAGUUCCGA C(5MC)UGCACGAA UGGAGUAACG AUUUCCCUAC UGUCUCCACC AUGAACUCGG UGAAAUUGCA UUACGA GUA AAGAUGCUCG UUACGCGCAG CAGGACGGAA AGACCCCGGG ACCUUUACUA UAGUUUGGUA UUGGUGAUUG GGACGGU UU GUGUAGGAUA GGUGGGAGAC GUUGAUGCGG CCACGCUAGU GGUGGUGGAG UCGUUGGUGA AAUACCACUC UGAUUGUU C UGGUUAUCUC ACUGUGGACC GUGAUCCGGU UCAAGGACAG UGCCUGAUGG GUAGUUUGAC UG(OMG)GGCGGUC GCCUC CUAA AGGGUAACGG AGGCGCCCAA AGGUUCCCUC AGCCUGGUUG GUAAUCAGGU GGUGAGUGUA AGUGCACAAG GGGGCU UGA CUGUGAGACU GACAGGUCGA GCAGGGACGA AAGUCGGGAC UAGUGAUCUG ACGGUGGCUU GUGGAUGCGC CGUCACU CA ACGGAUAAAA GGUACCCCG(2MG) GGA(H2U)AACAGG C(PSU)GAUCUUGC CCGAGCGCUC AUAGCGACGG CAUGGU UUG GCA(OMC)CUCG(2MA)(PSU) GUCGGCUCGU CGCAUCCUGG GGCUGGAGUC GGUCCCAAGG GUUGGGC(OMU)GU U CGCCCAUU AAAGCGGCAC GCGAGC(PSU)GGG UUCAGAACGU CGUGAGACAG (PSU)(PSU)CGGUCCCU AUCCGCUGCG CGCGGAGGA AUCUUGAGAA GGGCUGUCUU UAGUACGAGA GGACCGAGAC GGACUGACCU CUGGUGUGCC AGUUGUUCUG C CAAGAGCA UGGCUGGUUG GCUACGUCGG GUUGUGAUAA CCGCUGAAAG CAUCUAAGCG GGAAGCACGC UUCAAGAUAA GG GUUCCCA CAGGAGUGUU CCUGGUAAGG UCCCCGAGAG AUGAUCGGGU UGAUAGGCCA GACGUGGACG CAUCGUAAGG UGU GGAGCU GACUGGUACU AAUAGACCGA GGACUUUCAU UAACA

+
分子 #50: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 50 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 38.770055 KDa
配列文字列:
UUUCCGGUGG CCAUAGUGGA AGGGAAACAC CCGGUCCCAU UCCGAACCCG GUCGUUAAGC CUUCCAACGC UGAUGGUACU GCACGAGGG AUCGUGUGGG AGAGUAAGAC GCUGCCGGAA U

+
分子 #52: 32MF mRNA

分子名称: 32MF mRNA / タイプ: rna / ID: 52 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 7.115308 KDa
配列文字列:
CAAGGAGGUA AAAAUGUUUU AA

+
分子 #53: P-site initiator tRNA

分子名称: P-site initiator tRNA / タイプ: rna / ID: 53 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 24.846902 KDa
配列文字列:
CGCGGGG(4SU)GG AGCAGCCUGG UAGCUCGUCG GG(5MC)UCAUAAC CCGAAGGUCG UCGG(5MU)(PSU)CAAA UCCG GCCCC CGCAACCA

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 23.271605 KDa
配列文字列: MARYTGPLTK KSRRLGTDLV GNDKSFERRP YPPGVHGRGR TKDSEYSLQL REKQKARYAY GVLEKQFRRY YEEADRAQGK TGDVLLQIL ESRLDNVVYR AGLAATRRQA RQMVSHGHFL VNGKKVNIPS YRVSTHDIID VREKSKDLPP IVIARETFET R DVPAWLEV ...文字列:
MARYTGPLTK KSRRLGTDLV GNDKSFERRP YPPGVHGRGR TKDSEYSLQL REKQKARYAY GVLEKQFRRY YEEADRAQGK TGDVLLQIL ESRLDNVVYR AGLAATRRQA RQMVSHGHFL VNGKKVNIPS YRVSTHDIID VREKSKDLPP IVIARETFET R DVPAWLEV RPNKGRILVH QLPTRDQIVI DVNEQAIVEL YSK

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 22.603695 KDa
配列文字列: MSGTQRRGGG AGGERRGRDN RRGQNDRNRN QNEYLERVVA INRVAKVVQG GRRFSFTALV VVGDGEGSVG VGYGKAKEVP AAIAKAVEE AKKHFFKVPL VGRTITHPVI GEKAAGVVML RPASPGTGVI AGGSARAVLE CAGVHDVLAK SLGSSNAINV V HATVDALQ ...文字列:
MSGTQRRGGG AGGERRGRDN RRGQNDRNRN QNEYLERVVA INRVAKVVQG GRRFSFTALV VVGDGEGSVG VGYGKAKEVP AAIAKAVEE AKKHFFKVPL VGRTITHPVI GEKAAGVVML RPASPGTGVI AGGSARAVLE CAGVHDVLAK SLGSSNAINV V HATVDALQ QLEEPEEVAR RRGKSVEDIA PAAMLRARKE ADEAAAAARM EEKAGVN

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 11.270147 KDa
配列文字列:
MRKYEVMIII DPTVEERQVD SLMEKYLKVI TDEKGTVDNV DVWGKRRLAY DIQKKSEGIY VVVNATCEPA TIQELDRLLA IDEKIMRTK VMRPEIH

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 14.67793 KDa
配列文字列:
MTMTDPIADM LTRLRNANQA YHDQTSMPHS KIKAGIAGIL KSEGYIADYK VNEPKEGEVG KTLTLTLKYG ENRERSIAGV RRISKPGLR VYAKSTALPK VLGGLGIAII STSQGLLTDK QAHEKSVGGE VLAYVW

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 14.194463 KDa
配列文字列:
MATAGHKGAP KTKVRRKEKK NVVAGQAHIK STFNNTIIAI TDPSGAVISW ASAGTVGFKG SRKSTPFAAQ MAAEAAGRRA MEHGMKRVD VFVKGPGSGR ETAIRSLGAV GLEIGPISDV TPVPHNGCRP PKRRRV

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 13.666084 KDa
配列文字列:
MPTIQQLVRK GRTDKISKNK TPALKGSPQR RGVCTRVYTT TPKKPNSALR KVARVRLSSG IEVTAYIPGV GHNLQEHSMV LVRGGRVKD LPGVRYKIVR GSLDTQGVKG RKQARSRYGA KKEK

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 10.10276 KDa
配列文字列:
MDAAEKKKII EEYATHPGDT GSPDVQVAIL TKRIAELTEH LKVHKGDHHS RRGLMLMVGQ RRRLLNYIAK NDIEHYRELI ARLGLRR

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 10.475277 KDa
配列文字列:
MSENTAERTT RRKVREGLVV SDKMNKTITV MVEDRVKHPL YGKVMTKSVR LKAHDENNEA GMGDRVRIME TRPLSATKRW RLVEIIEKA K

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 8.817497 KDa
配列文字列:
MAGPQRKSVN KKKVVPIKTV HIGAVDYKDT ALLRKFISER GKIRARRVTG LSVQDQRKVA IAIKNARELA LLPYASTAR

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 9.724277 KDa
配列文字列:
MPNIKSQIKR VKTNEKSRQR NKAVKSALRT YVRNFRRAAE AGDVEAATKA ARVANRQLDK AASKGVIHKN QAANRKSAIS KKLNSLAA

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 15.980861 KDa
配列文字列:
MATKIRLKRL GKIRTPHYRV VVMDSRAKRD GRAIEEIGQY HPKADPSVIV IDSERVQYWL GVGAQPTEAV VALLKRTGDW QKFTGDTSP SGVKPQPERP NKDDLFNAAL AEADEAPREA ITKKSEGAAA DEASESAAGD NSGEKAEA

+
分子 #13: 30S ribosomal protein bS22

分子名称: 30S ribosomal protein bS22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 4.120248 KDa
配列文字列:
MGSVIKKRRK RMAKKKHRKL LKRTRIQRRR AGK

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 29.728719 KDa
配列文字列: MGQKINPHGF RLGVTTDHKT RWYAEKQYAE LVGEDVKIRE WLHKNLERAG LSSIEIERRS ERVTIFLYAA RPGIVIGRNG AEAERVRGE LEKLTGKQIQ LNILEVKSPE TDAQLVAQGI AEQLAARVAF RRAMRKAQQS AMNAGALGIR IKCSGRLGGA E MSRSEGYR ...文字列:
MGQKINPHGF RLGVTTDHKT RWYAEKQYAE LVGEDVKIRE WLHKNLERAG LSSIEIERRS ERVTIFLYAA RPGIVIGRNG AEAERVRGE LEKLTGKQIQ LNILEVKSPE TDAQLVAQGI AEQLAARVAF RRAMRKAQQS AMNAGALGIR IKCSGRLGGA E MSRSEGYR EGRVPLHTLR ADIDYGFFEA RTTFGRIGVK VWIYKGDVTG TRAERAAQKA ARQAAQGGRG GRGGNRRGRG DR PDRRGGR RRAEAAKQSA ETPAPQTENA GA

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 17.615482 KDa
配列文字列:
MPRKGPAPKR PVMVDPVYGS PLVSQLVSKI LLDGKKTVAQ NIVYTALEGC RAKNNTDPVQ TLKRALDNIK PSLEVKSRRV GGATYQVPV EVKPARQTTL AMRWLVNFSR ERREKTMAER LMNEILDASN GLGASVKRRE DTHKMAEANR AFAHYRW

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 18.630139 KDa
配列文字列:
MTDTPTENLE NTEVTPFTEG DREIAYRTDS NPTVAAGDSK RPAMIAPGAA TGRRKEAIAR VRITPGSGQW KINGRTLEDY FPNKVHQQI VTEPFATAGV EGAYDVIARI GGGGVTGQAG ALRLGIARAL NNVDPEASRP ALKKAGMLTR DARVKERKKA G LKKARKAP QYSKR

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 11.750766 KDa
配列文字列:
MAGQKIRIRL RAYDHEVIDS SARKIVDTVT RTGAKVAGPV PLPTEKNVFC VIRSPHKYKD SREHFEMRTH KRLIDILEPT PKTVDSLMR LDLPAGVDIE IKLP

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 14.030231 KDa
配列文字列:
MARLIGVDLP RDKRLEVALT YIYGIGRTRA TETLKATGIS GDLRVHELTD DQLVALRDHI EANYHVEGDL RREVAADIRR KIEIGTYQG RRHRSGLPVR GQRTRTNART RKGKRKAVAK KKAK

+
分子 #19: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 6.924359 KDa
配列文字列:
MAKTALKVKA ARKPKFGVRA YTRCQRCGRP HSVYRKFGLC RICLREMAHA GQLPGVTKSS W

+
分子 #20: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 10.536264 KDa
配列文字列:
MPRSLKKGPF VDEHLAKKVT AQNEAGTHNV IKTWSRRSMV TPDMIGHTIG VHDGRKHVPV FVTESMVGHK LGEFAPTRTF KGHVKDDKK ARRR

+
分子 #21: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 31.583166 KDa
配列文字列: MAVVTTRQLL ESGVHFGHQT RRWNPKMKRF IFTERNGIYI IDLHQSLTYI DKAYAFVKET VAKGGQILFV GTKKQAQESI VEQATRVGM PYVNQRWLGG MLTNFQTISK RIARLKELEA MDFDKVSGSG LTKKELLMLS REKDKLEKDL GGIRDMPKVP Q AVWVVDTK ...文字列:
MAVVTTRQLL ESGVHFGHQT RRWNPKMKRF IFTERNGIYI IDLHQSLTYI DKAYAFVKET VAKGGQILFV GTKKQAQESI VEQATRVGM PYVNQRWLGG MLTNFQTISK RIARLKELEA MDFDKVSGSG LTKKELLMLS REKDKLEKDL GGIRDMPKVP Q AVWVVDTK KEHLAIDEAR KLKIPVVAIL DTNCDPDEVD YAIPGNDDAI RSVSLLTRII ADAAAEGLMA RSAGKSGEQP AE AEPMPDW ERELLEGDGA KTEAKAEEPK AEAKKADEAP EAEKSN

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 30.309863 KDa
配列文字列: MGIRKYKPTT PGRRGSSVSD FVELTRSTPE KSLLVAKPKT GGRNNTGRIT TRHIGGGHKQ AYRIIDFKRY DKDGVPAKVA HIEYDPNRT ARIALLHYAD GEKRYIIAPD GVGQGTVVVS GPEADIKPGN NLPLRNIPVG TTVHAVELRP GGGAKMGRSA G ASVQLVAR ...文字列:
MGIRKYKPTT PGRRGSSVSD FVELTRSTPE KSLLVAKPKT GGRNNTGRIT TRHIGGGHKQ AYRIIDFKRY DKDGVPAKVA HIEYDPNRT ARIALLHYAD GEKRYIIAPD GVGQGTVVVS GPEADIKPGN NLPLRNIPVG TTVHAVELRP GGGAKMGRSA G ASVQLVAR EGKYATVRLP SGEMRMVDIR CRATIGEVGN AEQININWGK AGRNRWKGIR PTVRGVVMNP IDHPHGGGEG RT SGGRHPV SPWGKPEGRT RNKKKASSRL IVRRRKSGKK R

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 23.553053 KDa
配列文字列: MTNERTVKGV LGTKLGMTQL WDEHNRLVPV TVIQAGPCVV TQVRTPETDG YSAVQLGYGA VKAKNVTKPE AGHFEKAGVT PRRHLVELR TADASEYTLG QEIAADVFSE SDFVDVTGTS KGKGTAGVMK RHGFGGLRAT HGVHRKHRSP GSIGGCSTPG K VIKGLRMA ...文字列:
MTNERTVKGV LGTKLGMTQL WDEHNRLVPV TVIQAGPCVV TQVRTPETDG YSAVQLGYGA VKAKNVTKPE AGHFEKAGVT PRRHLVELR TADASEYTLG QEIAADVFSE SDFVDVTGTS KGKGTAGVMK RHGFGGLRAT HGVHRKHRSP GSIGGCSTPG K VIKGLRMA GRMGVERVTV QNLQVHSVDA ERGIMLVRGA VPGPKGSLLV VRSAAKKAAK NGDAA

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 32.34217 KDa
配列文字列: MNETKTIDVL DVKGKKAGSA ELPGDLFDVN TNIPLIHQVV VAQLAAARQG THATKTRGQV SGGGKKPWRQ KGTGRARQGS TRAPQWVGG GTVHGPQPRS YAQRTPKKMV GAALRGALSD MARDNRIFVV TSLVDGDKPS TKQAKAVLSG LAELRKVLVV L DRSDEIDW ...文字列:
MNETKTIDVL DVKGKKAGSA ELPGDLFDVN TNIPLIHQVV VAQLAAARQG THATKTRGQV SGGGKKPWRQ KGTGRARQGS TRAPQWVGG GTVHGPQPRS YAQRTPKKMV GAALRGALSD MARDNRIFVV TSLVDGDKPS TKQAKAVLSG LAELRKVLVV L DRSDEIDW LSVRNLSEVH VLAADQLNTY DVVNARTIVF SQAGLDAFVG ARSANTQALS AEPEVPETNV ADQHPYGEDS FR GDNPPAG FDIKGNEDSM KFHEPSSPWY GRTIAEVWFR SAAAAEAAGF VNAVKSDSEK EDAK

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 23.901756 KDa
配列文字列: MSTDAIAHEM PRLKKQYREQ IRAAMQEEFG YRNPMLIPGL EKIVVNMGVG DAAHDSKVMD GAIRDITAIT GQKPQVTKAR KSIAQFKLR EGQPIGCHVT LRGDRMWEFA DRLLTLALPR IRDFRGLNSN QFDGKGNYTF GLSEQVMFLE IDQDKIDRIR G MDITFVTT ...文字列:
MSTDAIAHEM PRLKKQYREQ IRAAMQEEFG YRNPMLIPGL EKIVVNMGVG DAAHDSKVMD GAIRDITAIT GQKPQVTKAR KSIAQFKLR EGQPIGCHVT LRGDRMWEFA DRLLTLALPR IRDFRGLNSN QFDGKGNYTF GLSEQVMFLE IDQDKIDRIR G MDITFVTT AQTNEEGKAL LKHLGFPFKA KDDPKKAKTK RGPAYYAKKK KK

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 19.868811 KDa
配列文字列:
MSRIGRLPIA VPSGVEVKLD GQYVEVKGPK GTLNFTVREP ITVSKNDEGA ILVERPDDER ENRSLHGLTR TLINNMVIGV TEGYEKKLE IQGVGYRVLS KGPKQLEFNL GFSHPVIVDA PEGITFAVEN PTKFSVQGID KQVVGETAAN IRKIRKPEPY K GKGVRYEG ENVRRKVGKA GK

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 16.325824 KDa
配列文字列:
MTTYSPKAGE VQRKWYVIDA EDIVLGRLAT TAANLLRGKH KPQYAPHIDT GDFVVVVNAS KIALTGKKAT DSLRYDHSGR PGGLRVTSI GEMLAKNPRR AVERAVWGMM PKNKLSRQQL KKLKVYGGPE HPHAAQNPQP YEITQIAQ

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 13.503871 KDa
配列文字列:
MIQQETRLKV ADNTGAKELL CIRVLGGSKR RYAYLGDTIV CTVKDAIPGG NVKKGEVVKA VVVRTVKSHR RPDGSYIKFD ENAAVLLKG DGEPRGTRIF GPIARELREK KFMRIVSLAP EVI

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 15.542903 KDa
配列文字列:
MAIELHDLKP APGAHKAKTR VGRGEGSKGK TAGRGTKGTG ARKNVPEFFA GGQMPIHMQA PKLGGFHNPF RTEYQVVNLD KVEALFPKG GKITVDDLVS VGAVRDNELV KVLGTGELTV KVDLVVDAWS KSAQEKIEKA GGSVTKR

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 15.700248 KDa
配列文字列:
MLIPRRVKYR KQHHPKRTGA AKGGTQLAFG DYGIQATEGG YLTNRQIEAA RIAMTRYIKR GGKVWINVYP DRPMTKHPAE SRMGSGKGT PEWWIANIKP GRVLFELSGV PEDVAREAMR LAIHKLPMKA RFISREGGDN

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 20.058641 KDa
配列文字列:
MPKPTKGPRL GGSPAHERII LRNLASQLFE HGRVVTTVTK AKRVRPLAEK LINRAKTDTV ANRRFVNRTI TDRGIVHILF TEIGPRMEG RDGGYTRVTR IGIRKGDNAP MAVIEVISDK VAPKAPASAA DAKAQINTAT EAKDAEPEAG DAAVEHNAPA E DAAAQAPV ADEQEAAEAD EKAEEKPEA

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 13.727841 KDa
配列文字列:
MASTLTVRKS LSDRAKARAR RQARGRKKIF GTVERPRMVV TRSSKHVFVQ VIDDVAGNTL VSASTMEAEL REMSGDKTAK AARVGTIIG ERAKAAGITK VVFDKAGNQY HGRIAALADA AREAGLDF

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 13.106117 KDa
配列文字列:
MSNIIDEIDK ASMRDDIPEF RPGDSVKVHV KVVEGSRTRV QVFSGIVISR TGGGVQESFT VRKLSFGTGV ERTFPLHSPI IDKIEVDRH GAVRRAKLYY LRGRRGKAAK IKERGSAR

+
分子 #34: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 13.988012 KDa
配列文字列:
MARVKRSVNA KKKRREVLDQ ASGYRGQRSR LYRKAKEQTL HSATYSFRDR RAKKGDFRSL WIQRINAASR AQGMTYNRFI NGLKNAGVE VDRKMLAELA VSDINAFNSL VEVAKASQPQ NAAA

+
分子 #35: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 11.087788 KDa
配列文字列:
MYAIVRSGGR QHKVAVGDVV EIDKVADEAG SSIELTPLLV VDGESVTSDK DALGKVKVTA EVLGETKGPK IRILKYKNKT GYKKRQGHR QKYTQVKVTG IEG

+
分子 #36: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 16.729471 KDa
配列文字列:
MSKTERPSRR AALLGDRPGS YAIARHVRMS ASKCRRVINL VRGMDAVDAV TMLKFQPQAA AEPIRKVIAS AMANAEQTEG LRADDLYIS QAFVDEGITM RRIRPRAKGS ASRILKRSAH ITVVVEPKEA RQARKKAKSG RPAAAAKSET EKGA

+
分子 #37: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 11.34922 KDa
配列文字列:
MSELKIRDPR DIILAPVVSE KSYGLLDQNT YTFVVKPTAN KTEIKIAIEQ IFGVKVTSVN TMNRKGKVRR TRTGVGKRPD TKRAIVTVA EGDRIDIFTG PVA

+
分子 #38: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 13.514626 KDa
配列文字列:
MKSLKIKKGD RVKVIAGNDK GAIGEVLSVD PARERVVVEG VNIRKHHRRD MPTPQGGTTK GGIISSEAPI HVSNVQLVTK IDGKDVVTR VGYRRVDVTK RRPDGSEYAA QRSVRYLKKE EAK

+
分子 #39: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 22.349113 KDa
配列文字列: MADIIHLKAE QRTEFGKGAA RRIRRDDKVP AVMYGHDHDP IHVTLDGHAT LLALRTENPL LSIEIEGQKP MLALPKDVQR DVLKGFVRH VDLLTVRRGE KVDVNVALRI TGESAPGTIA MTEFNEIEVQ ADLLNIPEVI EIDVTGLEAG TTIYLGDLKL P EGTSLLGD ...文字列:
MADIIHLKAE QRTEFGKGAA RRIRRDDKVP AVMYGHDHDP IHVTLDGHAT LLALRTENPL LSIEIEGQKP MLALPKDVQR DVLKGFVRH VDLLTVRRGE KVDVNVALRI TGESAPGTIA MTEFNEIEVQ ADLLNIPEVI EIDVTGLEAG TTIYLGDLKL P EGTSLLGD AEDVAATVAF PETEPVEDEE SAGEDAQGES EEKAAKE

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分子 #40: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 9.540655 KDa
配列文字列:
MAHKKGASSS RNGRDSNAQR LGVKRFGGQL VNAGEIIVRQ RGTHFHPGDG VGRGGDDTLF ALRDGNVEFG TRRGRRVVNV TPVEAPVEA

+
分子 #41: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 6.953212 KDa
配列文字列:
MAAVCDICAK RPGFGHNVPW SKKKTNRRWS PNIQRVRVVE NGTHKRMNVC TSCLKAGRVS R

+
分子 #42: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 8.899072 KDa
配列文字列:
MPKLSAAELR QLSGEELRNK VRELKEELFG LRFQSATGQL ENTARLREVR KDIARVYTVL QERNLNIVDD PDSTKEA

+
分子 #43: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 6.932171 KDa
配列文字列:
MSKLKITQIK SGIATKPNHR ETLRSLGLKR IGDTVIKEDR PEFRGMVRTV RHLVTMEEVD

+
分子 #44: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 6.991128 KDa
配列文字列:
MAVPKRKMSR SNTRHRRSQW KTVATKLVTC ANPACGEKHL PHTACPSCGG YGPRGDRRQV VEA

+
分子 #45: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 6.725948 KDa
配列文字列:
MAKKSGDVRP KITLACTECK ERNYITKKNR RNNPDRMEMA KFCPRCRKHT AHRETR

+
分子 #46: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 5.185076 KDa
配列文字列:
MKRTFQPSNR RRARNHGFRS RMSTRAGRSI LAARRRKGRV NLSA

+
分子 #47: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 7.457868 KDa
配列文字列:
MPKMKSHSGT KKRFKVTGSG KVTARKAGKR HLNEHKSSRV TRRLTGETVL SKGEAAKVKK LLAGHPGR

+
分子 #48: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 7.731771 KDa
配列文字列:
MKQGIHPDYR ETTVVCTCGN TFTTRSTSQS GTLNADVCSK CHPFYTGKQK ILDAGGRVAR FERRYGKKN

+
分子 #51: 50S ribosomal protein bL37

分子名称: 50S ribosomal protein bL37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 2.744284 KDa
配列文字列:
MGKTGRKRRA RRKKGANHGK RPNA

+
分子 #54: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 54 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 4.386379 KDa
配列文字列:
MKVQPSVKKI CDKCKVIRRH GRVMVICDNP RHKQRQG

+
分子 #55: Sarecycline

分子名称: Sarecycline / タイプ: ligand / ID: 55 / コピー数: 2 / 式: V7A
分子量理論値: 487.502 Da
Chemical component information

ChemComp-V7A:
Sarecycline / 薬剤, 抗生剤*YM

+
分子 #56: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 56 / コピー数: 386 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #57: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 57 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #58: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 58 / コピー数: 129 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 詳細: 25 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.1 sec. / 平均電子線量: 30.56 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1108852
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / ソフトウェア - 詳細: Non-uniform Refinement / 使用した粒子像数: 70853
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / ソフトウェア - 詳細: Ab-initio
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8crx:
Cutibacterium acnes 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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