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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2626 | |||||||||
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タイトル | The Cryo-Electron Microscopy Structure of the CorA channel from Methanocaldococcus jannaschii at 21.6 Angstrom in low magnesium. | |||||||||
マップデータ | Single particle cryo-electron microscopy map of the CorA channel from Methanocaldococcus jannaschii | |||||||||
試料 |
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キーワード | membrane protein / magnesium ion channel | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cobalt ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / cobalt ion binding / magnesium ion binding / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Cleverley RM / Kean J / Shintre CA / Baldock C / Derrick JP / Ford RC / Prince SM | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochim Biophys Acta / 年: 2015 タイトル: The Cryo-EM structure of the CorA channel from Methanocaldococcus jannaschii in low magnesium conditions. 著者: Robert M Cleverley / James Kean / Chitra A Shintre / Clair Baldock / Jeremy P Derrick / Robert C Ford / Stephen M Prince / 要旨: CorA channels are responsible for the uptake of essential magnesium ions by bacteria. X-ray crystal structures have been resolved for two full-length CorA channels, each in a non-conducting state ...CorA channels are responsible for the uptake of essential magnesium ions by bacteria. X-ray crystal structures have been resolved for two full-length CorA channels, each in a non-conducting state with magnesium ions bound to the protein: These structures reveal a homo-pentameric quaternary structure with approximate 5-fold rotational symmetry about a central pore axis. We report the structure of the detergent solubilized Methanocaldococcus jannaschii CorA channel determined by Cryo-Electron Microscopy and Single Particle Averaging, supported by Small Angle X-ray Scattering and X-ray crystallography. This structure also shows a pentameric channel but with a highly asymmetric domain structure. The asymmetry of the domains includes differential separations between the trans-membrane segments, which reflects mechanical coupling of the cytoplasmic domain to the trans-membrane domain. This structure therefore reveals an important aspect of the gating mechanism of CorA channels by providing an indication of how the absence of magnesium ions leads to major structural changes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2626.map.gz | 430.5 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2626-v30.xml emd-2626.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_2626_fsc.xml | 2.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_2626.jpg | 85.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2626 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2626 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2626_validation.pdf.gz | 236.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2626_full_validation.pdf.gz | 235.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2626_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2626 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2626 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2626.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 450.2 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Single particle cryo-electron microscopy map of the CorA channel from Methanocaldococcus jannaschii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : CorA channel from Methanocaldococcus jannaschii
全体 | 名称: CorA channel from Methanocaldococcus jannaschii |
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要素 |
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-超分子 #1000: CorA channel from Methanocaldococcus jannaschii
超分子 | 名称: CorA channel from Methanocaldococcus jannaschii / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: Single peak in DDM detergent in size exclusion, analysed by PFO-PAGE electrophoresis 集合状態: Pentamer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 200 KDa |
-分子 #1: Magnesium transport protein CorA
分子 | 名称: Magnesium transport protein CorA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: MjCorA 詳細: Recombinantly over-expressed protein, solubilized from membrane fraction. Purified by affinity (His-tag), size exclusion chromatography. Proteolytic tag cleaveage. コピー数: 5 / 集合状態: Pentamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / 細胞中の位置: Plasma membrane |
分子量 | 理論値: 37 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: STAR / 組換プラスミド: pOPINF |
配列 | UniProtKB: Cobalt/magnesium transport protein CorA / InterPro: Magnesium/cobalt transport protein CorA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20mM Tris/HCl,200mM NaCl,0.04% DodecylMaltoside |
グリッド | 詳細: Quantifoil R 1.3/2 holey carbon-coated EM grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I 手法: Blotted twice with Whatman No.1 filter paper for 1s each time |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 最高: 104 K |
詳細 | Low dose mode |
日付 | 2009年6月5日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 28 詳細: 4k by 4k pixel each pixel maps to 3.5 by 3.5 Angstroms |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.3 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E |
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ソフトウェア | 名称: UCSF Chimera |
詳細 | The coordinates of the MjCorA pentamer from PDB entry 4ev6 were positioned manually within the envelope. The fit was adjusted automatically by maximizing the correlation of the EM map with a map calculated from 4ev6 at a resolution of 21.6 Angstroms. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT 当てはまり具合の基準: Maximum correlation of map calculated from coordinates |
得られたモデル | PDB-4cy4: |