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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25883 | |||||||||
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タイトル | Full-length human E-cadherin bound to 19A11 activating Fab | |||||||||
マップデータ | cisTEM generate3D full map | |||||||||
試料 |
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キーワード | E-cadherin / Fab / CDH1 / functional antibody / CELL ADHESION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to Gram-positive bacterium / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / pituitary gland development / gamma-catenin binding / desmosome / negative regulation of axon extension / cell-cell adhesion mediated by cadherin / cellular response to indole-3-methanol / flotillin complex / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules ...response to Gram-positive bacterium / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / pituitary gland development / gamma-catenin binding / desmosome / negative regulation of axon extension / cell-cell adhesion mediated by cadherin / cellular response to indole-3-methanol / flotillin complex / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / Formation of definitive endoderm / catenin complex / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / Adherens junctions interactions / GTPase activating protein binding / cell-cell junction assembly / adherens junction organization / apical junction complex / ankyrin binding / negative regulation of cell-cell adhesion / cellular response to lithium ion / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / lateral plasma membrane / RHO GTPases activate IQGAPs / Integrin cell surface interactions / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / Degradation of the extracellular matrix / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / protein tyrosine kinase binding / negative regulation of cell migration / protein localization to plasma membrane / adherens junction / trans-Golgi network / cell morphogenesis / cell-cell adhesion / cytoplasmic side of plasma membrane / beta-catenin binding / positive regulation of protein import into nucleus / response to toxic substance / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / neuron projection development / actin cytoskeleton / cell migration / cell junction / lamellipodium / regulation of gene expression / postsynapse / endosome / cadherin binding / response to xenobiotic stimulus / glutamatergic synapse / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.83 Å | |||||||||
データ登録者 | Maker A / Gumbiner BM | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Expr Purif / 年: 2022 タイトル: Reconstitution of the full transmembrane cadherin-catenin complex. 著者: Allison Maker / Barry M Gumbiner / 要旨: The dynamic regulation of epithelial adherens junctions relies on all components of the E-cadherin-catenin complex. Previously, the complexes have been partially reconstituted and composed only of α- ...The dynamic regulation of epithelial adherens junctions relies on all components of the E-cadherin-catenin complex. Previously, the complexes have been partially reconstituted and composed only of α-catenin, β-catenin, and the E-cadherin cytoplasmic domain. However, p120-catenin and the full-length E-cadherin including the extracellular, transmembrane, and intra-cellular domains are vital to the understanding of the relationship between extracellular adhesion and intracellular signaling. Here, we reconstitute the complete and full-length cadherin-catenin complex, including full-length E-cadherin, α-catenin, β-catenin, and p120-catenin, into nanodiscs. We are able to observe the cadherin in nanodiscs by cryo-EM. We also reconstitute α-catenin, β-catenin, and p120-catenin with the E-cadherin cytoplasmic tail alone in order to analyze the affinities of their binding interactions. We find that p120-catenin does not associate strongly with α- or β-catenin and binds much more transiently to the cadherin cytoplasmic tail than does β-catenin. Overall, this work creates many new possibilities for biochemical studies understanding transmembrane signaling of cadherins and the role of p120-catenin in adhesion activation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25883.map.gz | 226.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25883-v30.xml emd-25883.xml | 19.7 KB 19.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25883_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25883.png | 39 KB | ||
Filedesc metadata | emd-25883.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_25883_half_map_1.map.gz emd_25883_half_map_2.map.gz | 185.2 MB 185.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25883 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25883 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25883_validation.pdf.gz | 1003 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25883_full_validation.pdf.gz | 1002.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25883_validation.xml.gz | 21.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25883_validation.cif.gz | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25883 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25883 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25883.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cisTEM generate3D full map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: cisTEM generate3D half-map 1
ファイル | emd_25883_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | cisTEM generate3D half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: cisTEM generate3D half-map 2
ファイル | emd_25883_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | cisTEM generate3D half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of human E-cadherin monomer with activating Fab 19A11
全体 | 名称: Complex of human E-cadherin monomer with activating Fab 19A11 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of human E-cadherin monomer with activating Fab 19A11
超分子 | 名称: Complex of human E-cadherin monomer with activating Fab 19A11 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Cadherin was embedded in MSP1D1 nanodisc not visible in final map. Alpha-catenin, beta-catenin, p120-catenin also present in EM sample, but were not visible in any images. |
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分子量 | 理論値: 130 KDa |
-超分子 #2: Full length E-cadherin with Twin-Strep tag
超分子 | 名称: Full length E-cadherin with Twin-Strep tag / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 80 KDa |
-超分子 #3: Activating antibody fragment 19A11
超分子 | 名称: Activating antibody fragment 19A11 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 / 詳細: His tagged recombinant Fab fragment |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 50 KDa |
-分子 #1: E-cadherin (CDH1) with C-terminal Twin-Strep tag
分子 | 名称: E-cadherin (CDH1) with C-terminal Twin-Strep tag / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DWVIPPISCP ENEKGPFPKN LVQIKSNKDK EGKVFYSITG QGADTPPVGV FIIERETGWL KVTEPLDRER IATYTLFSHA VSSNGNAVED PMEILITVTD QNDNKPEFTQ EVFKGSVMEG ALPGTSVMEV TATDADDDVN TYNAAIAYTI LSQDPELPDK NMFTINRNTG ...文字列: DWVIPPISCP ENEKGPFPKN LVQIKSNKDK EGKVFYSITG QGADTPPVGV FIIERETGWL KVTEPLDRER IATYTLFSHA VSSNGNAVED PMEILITVTD QNDNKPEFTQ EVFKGSVMEG ALPGTSVMEV TATDADDDVN TYNAAIAYTI LSQDPELPDK NMFTINRNTG VISVVTTGLD RESFPTYTLV VQAADLQGEG LSTTATAVIT VTDTNDNPPI FNPTTYKGQV PENEANVVIT TLKVTDADAP NTPAWEAVYT ILNDDGGQFV VTTNPVNNDG ILKTAKGLDF EAKQQYILHV AVTNVVPFEV SLTTSTATVT VDVLDVNEAP IFVPPEKRVE VSEDFGVGQE ITSYTAQEPD TFMEQKITYR IWRDTANWLE INPDTGAIST RAELDREDFE HVKNSTYTAL IIATDNGSPV ATGTGTLLLI LSDVNDNAPI PEPRTIFFCE RNPKPQVINI IDADLPPNTS PFTAELTHGA SANWTIQYND PTQESIILKP KMALEVGDYK INLKLMDNQN KDQVTTLEVS VCDCEGAAGV CRKAQPVEAG LQIPAILGIL GGILALLILI LLLLLFLRRR AVVKEPLLPP EDDTRDNVYY YDEEGGGEED QDFDLSQLHR GLDARPEVTR NDVAPTLMSV PRYLPRPANP DEIGNFIDEN LKAADTDPTA PPYDSLLVFD YEGSGSEAAS LSSLNSSESD KDQDYDYLNE WGNRFKKLAD MYGGGEDHSA WSHPQFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFEK |
-分子 #2: Activating antibody fragment 19A11 heavy chain
分子 | 名称: Activating antibody fragment 19A11 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: QVQLKESGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFSLS RYGVHWVRQP PGKGLEWLGM MWGGGNTDYN SALKSRLSIS KDNSKSQVFL KMNSLQTDDT AMYYCASSNY VLGYAMDYWG QGTSVTVSSA KTTPPSVYPL APGSAAQTNS MVTLGCLVKG YFPEPVTVTW NSGSLSSGVH ...文字列: QVQLKESGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFSLS RYGVHWVRQP PGKGLEWLGM MWGGGNTDYN SALKSRLSIS KDNSKSQVFL KMNSLQTDDT AMYYCASSNY VLGYAMDYWG QGTSVTVSSA KTTPPSVYPL APGSAAQTNS MVTLGCLVKG YFPEPVTVTW NSGSLSSGVH TFPAVLQSDL YTLSSSVTVP SSPRPSETVT CNVAHPASST KVDKKIVPRD CHHHHHH |
-分子 #3: Activating antibody fragment 19A11 light chain
分子 | 名称: Activating antibody fragment 19A11 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: DIVMTQSPSS LAMSVGQKVT MNCKSSQSLL NSSNQKNYLA WYQQKPGQSP KLLIYFTSTR GSGVPDRFIG SGSGTDFTLT ISSVEAEDLA DYFCQQHYRT PHTFGGGTKV EIKRADAAPT VSIFPPSSEQ LTSGGASVVC FLNNFYPKDI NVKWKIDGSE RQNGVLNSWT ...文字列: DIVMTQSPSS LAMSVGQKVT MNCKSSQSLL NSSNQKNYLA WYQQKPGQSP KLLIYFTSTR GSGVPDRFIG SGSGTDFTLT ISSVEAEDLA DYFCQQHYRT PHTFGGGTKV EIKRADAAPT VSIFPPSSEQ LTSGGASVVC FLNNFYPKDI NVKWKIDGSE RQNGVLNSWT DQDSKDSTYS MSSTLTLTKD EYERHNSYTC EATHKTSTSP IVKSFNRNEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.10 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | Alpha-catenin, beta-catenin, p120 catenin also present at sample prep stage. These were not visible on grid. Nanodiscs averaged out in final reconstruction. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |