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- EMDB-25763: M22 Agonist Autoantibody bound to Human Thyrotropin receptor in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25763
タイトルM22 Agonist Autoantibody bound to Human Thyrotropin receptor in complex with miniGs399 (composite structure)
マップデータSharpened composite map
試料
  • 複合体: M22 agonist autoantibody bound to human Thyrotropin receptor in complex with miniGs399 (composite structure)
    • タンパク質・ペプチド: M22 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: M22 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 35
    • タンパク質・ペプチド: Thyrotropin receptor
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • リガンド: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードG protein-coupled receptor / Thyrotropin receptor / Thyroid / M22 / autoantibody / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


thyroid-stimulating hormone signaling pathway / cellular response to thyrotropin-releasing hormone / thyroid-stimulating hormone receptor activity / cellular response to glycoprotein / Hormone ligand-binding receptors / G protein-coupled peptide receptor activity / PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / developmental growth ...thyroid-stimulating hormone signaling pathway / cellular response to thyrotropin-releasing hormone / thyroid-stimulating hormone receptor activity / cellular response to glycoprotein / Hormone ligand-binding receptors / G protein-coupled peptide receptor activity / PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / developmental growth / D1 dopamine receptor binding / intracellular transport / renal water homeostasis / Hedgehog 'off' state / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / activation of adenylate cyclase activity / cellular response to glucagon stimulus / adenylate cyclase activator activity / hormone-mediated signaling pathway / regulation of insulin secretion / trans-Golgi network membrane / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / bone development / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein activity / G-protein activation / platelet aggregation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / cognition / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / sensory perception of smell / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / cell-cell signaling / GTPase binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / retina development in camera-type eye / signaling receptor activity / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / basolateral plasma membrane / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / positive regulation of cell population proliferation / synapse / protein-containing complex binding / GTP binding / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thyrotropin receptor / BspA type Leucine rich repeat region / Glycoprotein hormone receptor family / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / G-protein alpha subunit, group S / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit ...Thyrotropin receptor / BspA type Leucine rich repeat region / Glycoprotein hormone receptor family / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / G-protein alpha subunit, group S / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / Leucine-rich repeat domain superfamily / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Thyrotropin receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Faust B / Cheng Y / Manglik A
資金援助2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Autoantibody mimicry of hormone action at the thyrotropin receptor.
著者: Bryan Faust / Christian B Billesbølle / Carl-Mikael Suomivuori / Isha Singh / Kaihua Zhang / Nicholas Hoppe / Antonio F M Pinto / Jolene K Diedrich / Yagmur Muftuoglu / Mariusz W Szkudlinski ...著者: Bryan Faust / Christian B Billesbølle / Carl-Mikael Suomivuori / Isha Singh / Kaihua Zhang / Nicholas Hoppe / Antonio F M Pinto / Jolene K Diedrich / Yagmur Muftuoglu / Mariusz W Szkudlinski / Alan Saghatelian / Ron O Dror / Yifan Cheng / Aashish Manglik /
要旨: Thyroid hormones are vital in metabolism, growth and development. Thyroid hormone synthesis is controlled by thyrotropin (TSH), which acts at the thyrotropin receptor (TSHR). In patients with Graves' ...Thyroid hormones are vital in metabolism, growth and development. Thyroid hormone synthesis is controlled by thyrotropin (TSH), which acts at the thyrotropin receptor (TSHR). In patients with Graves' disease, autoantibodies that activate the TSHR pathologically increase thyroid hormone activity. How autoantibodies mimic thyrotropin function remains unclear. Here we determined cryo-electron microscopy structures of active and inactive TSHR. In inactive TSHR, the extracellular domain lies close to the membrane bilayer. Thyrotropin selects an upright orientation of the extracellular domain owing to steric clashes between a conserved hormone glycan and the membrane bilayer. An activating autoantibody from a patient with Graves' disease selects a similar upright orientation of the extracellular domain. Reorientation of the extracellular domain transduces a conformational change in the seven-transmembrane-segment domain via a conserved hinge domain, a tethered peptide agonist and a phospholipid that binds within the seven-transmembrane-segment domain. Rotation of the TSHR extracellular domain relative to the membrane bilayer is sufficient for receptor activation, revealing a shared mechanism for other glycoprotein hormone receptors that may also extend to other G-protein-coupled receptors with large extracellular domains.
履歴
登録2021年12月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月3日-
マップ公開2022年8月3日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25763.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25763.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 278.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 418 pix.
= 352.792 Å		0.84 Å/pix.
x 418 pix.
= 352.792 Å		0.84 Å/pix.
x 418 pix.
= 352.792 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.844 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.343
最小 - 最大-0.8066778 - 2.3906963
平均 (標準偏差)0.008891501 (±0.03238622)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-1-1-1
サイズ418418418
Spacing418418418
セルA=B=C: 352.792 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened composite map

ファイルemd_25763_additional_1.map
注釈Unsharpened composite map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : M22 agonist autoantibody bound to human Thyrotropin receptor in c...

全体名称: M22 agonist autoantibody bound to human Thyrotropin receptor in complex with miniGs399 (composite structure)
要素
  • 複合体: M22 agonist autoantibody bound to human Thyrotropin receptor in complex with miniGs399 (composite structure)
    • タンパク質・ペプチド: M22 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: M22 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 35
    • タンパク質・ペプチド: Thyrotropin receptor
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • リガンド: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: M22 agonist autoantibody bound to human Thyrotropin receptor in c...

超分子名称: M22 agonist autoantibody bound to human Thyrotropin receptor in complex with miniGs399 (composite structure)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7

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分子 #1: M22 Fab light chain

分子名称: M22 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.068551 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: DYKDDDDKLE VLFQGPGSLT VLTQPPSVSG APRQRVTISC SGNSSNIGNN AVNWYQQLPG KAPKLLIYYD DQLPSGVSDR FSGSRSGTS ASLAIRGLQS EDEADYYCTS WDDSLDSQLF GGGTRLTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS D FYPGAVTV ...文字列:
DYKDDDDKLE VLFQGPGSLT VLTQPPSVSG APRQRVTISC SGNSSNIGNN AVNWYQQLPG KAPKLLIYYD DQLPSGVSDR FSGSRSGTS ASLAIRGLQS EDEADYYCTS WDDSLDSQLF GGGTRLTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS D FYPGAVTV AWKADSSPVK AGVETTTPSK QSNNKYAASS YLSLTPEQWK SHKSYSCQVT HEGSTVEKTV APTECS

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分子 #2: M22 Fab heavy chain

分子名称: M22 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.187426 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGESLKI SCRGSGYRFT SYWINWVRQL PGKGLEWMGR IDPTDSYTNY SPSFKGHVTV SADKSINTAY LQWSSLKAS DTGMYYCARL EPGYSSTWSV NWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGESLKI SCRGSGYRFT SYWINWVRQL PGKGLEWMGR IDPTDSYTNY SPSFKGHVTV SADKSINTAY LQWSSLKAS DTGMYYCARL EPGYSSTWSV NWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSCDKTS LEVLFQGPAA AL PETGHHH HHHHH

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分子 #3: Nanobody 35

分子名称: Nanobody 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.398067 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTVSSG SEDQVDPRLI DGK

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分子 #4: Thyrotropin receptor

分子名称: Thyrotropin receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 79.742375 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DYKDDDDGTM GCSSPPCECH QEEDFRVTCK DIQRIPSLPP STQTLKLIET HLRTIPSHAF SNLPNISRIY VSIDVTLQQL ESHSFYNLS KVTHIEIRNT RNLTYIDPDA LKELPLLKFL GIFNTGLKMF PDLTKVYSTD IFFILEITDN PYMTSIPVNA F QGLCNETL ...文字列:
DYKDDDDGTM GCSSPPCECH QEEDFRVTCK DIQRIPSLPP STQTLKLIET HLRTIPSHAF SNLPNISRIY VSIDVTLQQL ESHSFYNLS KVTHIEIRNT RNLTYIDPDA LKELPLLKFL GIFNTGLKMF PDLTKVYSTD IFFILEITDN PYMTSIPVNA F QGLCNETL TLKLYNNGFT SVQGYAFNGT KLDAVYLNKN KYLTVIDKDA FGGVYSGPSL LDVSQTSVTA LPSKGLEHLK EL IARNTWT LKKLPLSLSF LHLTRADLSY PSHCCAFKNQ KKIRGILESL MCNESSMQSL RQRKSVNGQE LKNPQEETLQ AFD SHYDYT ICGDSEDMVC TPKSDEFNPC EDIMGYKFLR IVVWFVSLLA LLGNVFVLLI LLTSHYKLNV PRFLMCNLAF ADFC MGMYL LLIASVDLYT HSEYYNHAID WQTGPGCNTA GFFTVFASEL SVYTLTVITL ERWYAITFAM RLDRKIRLRH ACAIM VGGW VCCFLLALLP LVGISSYAKV SICLPMDTET PLALAYIVFV LTLNIVAFVI VCCCYVKIYI TVRNPQYNPG DKDTKI AKR MAVLIFTDFI CMAPISFYAL SAILNKPLIT VSNSKILLVL FYPLNSCANP FLYAIFTKAF QRDVFILLSK FGICKRQ AQ AYRGQRVPPK NSTDIQVQKV THEMRQGLHN MEDVYELIEN SHLTPKKQGQ ISEEYMQTVL

UniProtKB: Thyrotropin receptor

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分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.137025 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GGSLEVLFQG PSGNSKTEDQ RNEEKAQREA NKKIEKQLQK DKQVYRATHR LLLLGADNSG KSTIVKQMRI LHGGSGGSGG TSGIFETKF QVDKVNFHMF DVGGQRDERR KWIQCFNDVT AIIFVVDSSD YNRLQEALNL FKSIWNNRWL RTISVILFLN K QDLLAEKV ...文字列:
GGSLEVLFQG PSGNSKTEDQ RNEEKAQREA NKKIEKQLQK DKQVYRATHR LLLLGADNSG KSTIVKQMRI LHGGSGGSGG TSGIFETKF QVDKVNFHMF DVGGQRDERR KWIQCFNDVT AIIFVVDSSD YNRLQEALNL FKSIWNNRWL RTISVILFLN K QDLLAEKV LAGKSKLEDY FPEFARYTTP EDATPEPGED PRVTRAKYFI RDEFLRISTA SGDGRHYCYP HFTCAVDTEN AR RIFNDCR DIIQRMHLRQ YELL

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

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分子 #6: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.786566 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHHHHHHLEV LFQGPEDQVD PRLIDGKGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR E GNVRVSRE ...文字列:
MHHHHHHLEV LFQGPEDQVD PRLIDGKGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR E GNVRVSRE LAGHTGYLSC CRFLDDNQIV TSSGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KL WDVREGM CRQTFTGHES DINAICFFPN GNAFATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYD DFNCNV WDALKADRAG VLAGHDNRVS CLGVTDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #7: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #8: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate

分子名称: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: Z41
分子量理論値: 568.911 Da
Chemical component information

ChemComp-Z41:
(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate / 1-O,2-O-ジパルミトイル-L-グリセロ-ル

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 9078725
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 244973
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7t9n:
M22 Agonist Autoantibody bound to Human Thyrotropin receptor in complex with miniGs399 (composite structure)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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