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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2530 | |||||||||
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タイトル | Tomographic subvolume average of EFF-1 fusogen on extracellular vesicles | |||||||||
![]() | Tomographic subvolume average of EFF-1 fusion protein on extracellular vesicles | |||||||||
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![]() | cell-cell fusion / extracellular fusion / membrane fusion / fusogen / pre-fusion state | |||||||||
機能・相同性 | ![]() nematode male tail mating organ morphogenesis / fusogenic activity / nematode pharyngeal muscle development / EFF-1 complex / post-embryonic body morphogenesis / nematode male tail tip morphogenesis / plasma membrane fusion / vulval development / cell-cell fusion / syncytium formation by plasma membrane fusion ...nematode male tail mating organ morphogenesis / fusogenic activity / nematode pharyngeal muscle development / EFF-1 complex / post-embryonic body morphogenesis / nematode male tail tip morphogenesis / plasma membrane fusion / vulval development / cell-cell fusion / syncytium formation by plasma membrane fusion / embryonic body morphogenesis / egg-laying behavior / cell-cell contact zone / locomotion / plasma membrane => GO:0005886 / morphogenesis of an epithelium / kinase activity / phosphorylation / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.2 Å | |||||||||
![]() | Zeev-Ben-Mordehai T / Vasishtan D / Siebert CA / Grunewald K | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The full-length cell-cell fusogen EFF-1 is monomeric and upright on the membrane. 著者: Tzviya Zeev-Ben-Mordehai / Daven Vasishtan / C Alistair Siebert / Kay Grünewald / ![]() 要旨: Fusogens are membrane proteins that remodel lipid bilayers to facilitate membrane merging. Although several fusogen ectodomain structures have been solved, structural information on full-length, ...Fusogens are membrane proteins that remodel lipid bilayers to facilitate membrane merging. Although several fusogen ectodomain structures have been solved, structural information on full-length, natively membrane-anchored fusogens is scarce. Here we present the electron cryo microscopy three-dimensional reconstruction of the Caenorhabditis elegans epithelial fusion failure 1 (EFF-1) protein natively anchored in cell-derived membrane vesicles. This reveals a membrane protruding, asymmetric, elongated monomer. Flexible fitting of a protomer of the EFF-1 crystal structure, which is homologous to viral class-II fusion proteins, shows that EFF-1 has a hairpin monomeric conformation before fusion. These structural insights, when combined with our observations of membrane-merging intermediates between vesicles, enable us to propose a model for EFF-1 mediated fusion. This process, involving identical proteins on both membranes to be fused, follows a mechanism that shares features of SNARE-mediated fusion while using the structural building blocks of the unilaterally acting class-II viral fusion proteins. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 2.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 3.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 54.3 KB | ||
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-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 241.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 240.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Tomographic subvolume average of EFF-1 fusion protein on extracellular vesicles | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Epithelial fusion failure 1 (EFF-1) Isoform A on extracellular ve...
全体 | 名称: Epithelial fusion failure 1 (EFF-1) Isoform A on extracellular vesicles |
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要素 |
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-超分子 #1000: Epithelial fusion failure 1 (EFF-1) Isoform A on extracellular ve...
超分子 | 名称: Epithelial fusion failure 1 (EFF-1) Isoform A on extracellular vesicles タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Monomer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 87 KDa |
-分子 #1: Epithelial fusion failure 1, isoform a
分子 | 名称: Epithelial fusion failure 1, isoform a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: EFF-1a / 詳細: Proteins on extracellular vesicles / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 87 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | UniProtKB: EFF-1A GO: plasma membrane fusion, syncytium formation by plasma membrane fusion, plasma membrane => GO:0005886, extracellular region, identical protein binding |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 25mM HEPES, 130mM NaCl |
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グリッド | 詳細: Holey carbon on top of 200 mesh gold grid. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内温度: 77 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: Blot for 3 seconds before plunging |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 最低: 80 K / 最高: 100 K / 平均: 85 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 115,000 times magnification Legacy - Electron beam tilt params: +1 to -1 mradians |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Gatan Quantum 964 エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
日付 | 2013年3月3日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 30 µm / 実像数: 78 / 平均電子線量: 60 e/Å2 / 詳細: 2 tomograms each created from 39 projection images / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 78950 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 95000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |