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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25131 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of oleoyl-CoA-bound human peroxisomal fatty acid transporter ABCD1 | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | ABC transporter / ABCD / acyl-CoA transport / LIPID TRANSPORT | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC-type fatty-acyl-CoA transporter activity / peroxisomal membrane transport / very long-chain fatty-acyl-CoA catabolic process / very long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / positive regulation of unsaturated fatty acid biosynthetic process / Linoleic acid (LA) metabolism / Defective ABCD1 causes ALD / alpha-linolenic acid metabolic process / long-chain fatty acid catabolic process / long-chain fatty acid import into peroxisome ...ABC-type fatty-acyl-CoA transporter activity / peroxisomal membrane transport / very long-chain fatty-acyl-CoA catabolic process / very long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / positive regulation of unsaturated fatty acid biosynthetic process / Linoleic acid (LA) metabolism / Defective ABCD1 causes ALD / alpha-linolenic acid metabolic process / long-chain fatty acid catabolic process / long-chain fatty acid import into peroxisome / very long-chain fatty acid catabolic process / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / regulation of fatty acid beta-oxidation / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / Class I peroxisomal membrane protein import / very long-chain fatty acid metabolic process / sterol homeostasis / peroxisome organization / regulation of mitochondrial depolarization / fatty acyl-CoA hydrolase activity / ABC transporters in lipid homeostasis / myelin maintenance / regulation of cellular response to oxidative stress / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / regulation of oxidative phosphorylation / fatty acid elongation / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / peroxisomal membrane / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / fatty acid beta-oxidation / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / fatty acid homeostasis / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / linoleic acid metabolic process / neuron projection maintenance / mitochondrial membrane / ADP binding / peroxisome / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wang R / Li X | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2022 タイトル: Structural basis of acyl-CoA transport across the peroxisomal membrane by human ABCD1. 著者: Rong Wang / Yu Qin / Xiaochun Li / | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25131.map.gz | 59 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25131-v30.xml emd-25131.xml | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_25131.png | 19.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-25131.cif.gz | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25131 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25131 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25131.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 76.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.844 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : oleoyl-CoA-bound human ABCD1 E630Q
全体 | 名称: oleoyl-CoA-bound human ABCD1 E630Q |
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要素 |
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-超分子 #1: oleoyl-CoA-bound human ABCD1 E630Q
超分子 | 名称: oleoyl-CoA-bound human ABCD1 E630Q / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: ATP-binding cassette sub-family D member 1
分子 | 名称: ATP-binding cassette sub-family D member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ec: 7.6.2.4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 79.606836 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDYKDDDDKP VLSRPRPWRG NTLKRTAVLL ALAAYGAHKV YPLVRQCLAP ARGLQAPAGE PTQEASGVAA AKAGMNRVFL QRLLWLLRL LFPRVLCRET GLLALHSAAL VSRTFLSVYV ARLDGRLARC IVRKDPRAFG WQLLQWLLIA LPATFVNSAI R YLEGQLAL ...文字列: MDYKDDDDKP VLSRPRPWRG NTLKRTAVLL ALAAYGAHKV YPLVRQCLAP ARGLQAPAGE PTQEASGVAA AKAGMNRVFL QRLLWLLRL LFPRVLCRET GLLALHSAAL VSRTFLSVYV ARLDGRLARC IVRKDPRAFG WQLLQWLLIA LPATFVNSAI R YLEGQLAL SFRSRLVAHA YRLYFSQQTY YRVSNMDGRL RNPDQSLTED VVAFAASVAH LYSNLTKPLL DVAVTSYTLL RA ARSRGAG TAWPSAIAGL VVFLTANVLR AFSPKFGELV AEEARRKGEL RYMHSRVVAN SEEIAFYGGH EVELALLQRS YQD LASQIN LILLERLWYV MLEQFLMKYV WSASGLLMVA VPIITATGYS ESDAEAVKKA ALEKKEEELV SERTEAFTIA RNLL TAAAD AIERIMSSYK EVTELAGYTA RVHEMFQVFE DVQRCHFKRP RELEDAQAGS GTIGRSGVRV EGPLKIRGQV VDVEQ GIIC ENIPIVTPSG EVVVASLNIR VEEGMHLLIT GPNGCGKSSL FRILGGLWPT YGGVLYKPPP QRMFYIPQRP YMSVGS LRD QVIYPDSVED MQRKGYSEQD LEAILDVVHL HHILQREGGW EAMCDWKDVL SGGEKQRIGM ARMFYHRPKY ALLDQCT SA VSIDVEGKIF QAAKDAGIAL LSITHRPSLW KYHTHLLQFD GEGGWKFEKL DS(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) UniProtKB: ATP-binding cassette sub-family D member 1 |
-分子 #2: S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydrox...
分子 | 名称: S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza- ...名称: S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (9Z)-octadec-9-enethioate (non-preferred name) タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: 3VV |
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分子量 | 理論値: 1.03198 KDa |
Chemical component information | ChemComp-3VV: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 316014 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |