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万見
- EMDB-24733: Oxytocin receptor (OTR) bound to oxytocin in complex with a heter... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24733
タイトルOxytocin receptor (OTR) bound to oxytocin in complex with a heterotrimeric Gq protein
マップデータCombined map from local refinements
試料
  • 複合体: Oxytocin receptor signaling complex with oxytocin and miniGq and an scFv
    • 複合体: Oxytocin
      • タンパク質・ペプチド: Oxytocin
    • 複合体: Oxytocin receptor
      • タンパク質・ペプチド: Oxytocin receptor
    • 複合体: miniGq
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2, Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: scFv16
      • タンパク質・ペプチド: scFv16
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードHORMONE / GPCR COMPLEX / TRANSMEMBRANE RECEPTOR / OXYTOCIN RECEPTOR / OTR / OT / OXTR / G PROTEIN / OXYTOCIN / VASOTOCIN / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-NEUROPEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


oxytocin receptor activity / positive regulation of hindgut contraction / maternal aggressive behavior / response to anoxia / oxytocin receptor binding / neurohypophyseal hormone activity / V1A vasopressin receptor binding / sperm ejaculation / positive regulation of penile erection / positive regulation of uterine smooth muscle contraction ...oxytocin receptor activity / positive regulation of hindgut contraction / maternal aggressive behavior / response to anoxia / oxytocin receptor binding / neurohypophyseal hormone activity / V1A vasopressin receptor binding / sperm ejaculation / positive regulation of penile erection / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / maternal process involved in parturition / positive regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of urine volume / drinking behavior / response to sucrose / telencephalon development / response to ether / positive regulation of prostaglandin secretion / grooming behavior / positive regulation of blood pressure / neuropeptide hormone activity / maternal behavior / positive regulation of ossification / positive regulation of female receptivity / digestive tract development / positive regulation of synapse assembly / eating behavior / response to food / male mating behavior / suckling behavior / neuronal dense core vesicle / microvillus / peptide hormone binding / social behavior / response to electrical stimulus / positive regulation of synaptic transmission / response to glucocorticoid / response to retinoic acid / estrous cycle / positive regulation of vasoconstriction / response to cAMP / cellular response to hormone stimulus / response to prostaglandin E / lactation / negative regulation of blood pressure / ERK1 and ERK2 cascade / response to cytokine / ionotropic glutamate receptor binding / response to amphetamine / muscle contraction / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of heart rate / secretory granule / female pregnancy / response to progesterone / response to activity / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / adherens junction / response to cocaine / response to peptide hormone / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / terminal bouton / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / memory / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle
類似検索 - 分子機能
Oxytocin receptor / Neurohypophysial hormone / Neurohypophysial hormone, conserved site / Neurohypophysial hormone domain superfamily / Neurohypophysial hormones, C-terminal Domain / Neurohypophysial hormones, N-terminal Domain / Neurohypophysial hormones signature. / Neurohypophysial hormones / Vasopressin receptor / G protein beta WD-40 repeat protein ...Oxytocin receptor / Neurohypophysial hormone / Neurohypophysial hormone, conserved site / Neurohypophysial hormone domain superfamily / Neurohypophysial hormones, C-terminal Domain / Neurohypophysial hormones, N-terminal Domain / Neurohypophysial hormones signature. / Neurohypophysial hormones / Vasopressin receptor / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxytocin-neurophysin 1 / Oxytocin receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Meyerowitz JG / Panova O / Skiniotis G
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM089626 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: The oxytocin signaling complex reveals a molecular switch for cation dependence.
著者: Justin G Meyerowitz / Michael J Robertson / Ximena Barros-Álvarez / Ouliana Panova / Robert M Nwokonko / Yang Gao / Georgios Skiniotis /
要旨: Oxytocin (OT) and vasopressin (AVP) are conserved peptide signaling hormones that are critical for diverse processes including osmotic homeostasis, reproduction, lactation and social interaction. OT ...Oxytocin (OT) and vasopressin (AVP) are conserved peptide signaling hormones that are critical for diverse processes including osmotic homeostasis, reproduction, lactation and social interaction. OT acts through the oxytocin receptor (OTR), a magnesium-dependent G protein-coupled receptor that is a therapeutic target for treatment of postpartum hemorrhage, dysfunctional labor and autism. However, the molecular mechanisms that underlie OTR activation by OT and the dependence on magnesium remain unknown. Here we present the wild-type active-state structure of human OTR bound to OT and miniG determined by cryo-EM. The structure reveals a unique activation mechanism adopted by OTR involving both the formation of a Mg coordination complex between OT and the receptor, and disruption of transmembrane helix 7 (TM7) by OT. Our functional assays demonstrate the role of TM7 disruption and provide the mechanism of full agonism by OT and partial agonism by OT analogs. Furthermore, we find that the identity of a single cation-coordinating residue across vasopressin family receptors determines whether the receptor is cation-dependent. Collectively, these results demonstrate how the Mg-dependent OTR is activated by OT, provide essential information for structure-based drug discovery efforts and shed light on the molecular determinants of cation dependence of vasopressin family receptors throughout the animal kingdom.
履歴
登録2021年8月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月9日-
マップ公開2022年3月9日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ryc
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24733.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24733.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Combined map from local refinements
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272.672 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272.672 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272.672 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8521 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-0.0001307 - 13.390756
平均 (標準偏差)0.008102445 (±0.12830263)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 272.672 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.85210.85210.8521
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z272.672272.672272.672
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.00013.3910.008

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添付データ

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追加マップ: Local refinement of TMs with deepEMhancer sharpening

ファイルemd_24733_additional_1.map
注釈Local refinement of TMs with deepEMhancer sharpening
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Local refinement of G protein

ファイルemd_24733_additional_2.map
注釈Local refinement of G protein
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Global non-uniform refinement

ファイルemd_24733_additional_3.map
注釈Global non-uniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Oxytocin receptor signaling complex with oxytocin and miniGq and ...

全体名称: Oxytocin receptor signaling complex with oxytocin and miniGq and an scFv
要素
  • 複合体: Oxytocin receptor signaling complex with oxytocin and miniGq and an scFv
    • 複合体: Oxytocin
      • タンパク質・ペプチド: Oxytocin
    • 複合体: Oxytocin receptor
      • タンパク質・ペプチド: Oxytocin receptor
    • 複合体: miniGq
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2, Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: scFv16
      • タンパク質・ペプチド: scFv16
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Oxytocin receptor signaling complex with oxytocin and miniGq and ...

超分子名称: Oxytocin receptor signaling complex with oxytocin and miniGq and an scFv
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

+
超分子 #2: Oxytocin

超分子名称: Oxytocin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / Synthetically produced: Yes

+
超分子 #3: Oxytocin receptor

超分子名称: Oxytocin receptor / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: miniGq

超分子名称: miniGq / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #5: scFv16

超分子名称: scFv16 / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
分子 #1: Oxytocin

分子名称: Oxytocin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: C-C cyclized nonapeptide / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.008196 KDa
配列文字列:
CYIQNCPLG(NH2)

UniProtKB: Oxytocin-neurophysin 1

+
分子 #2: Oxytocin receptor

分子名称: Oxytocin receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.627074 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAMGQPGN GSAFLLAPNR SHAPDHDVEN LYFQGMEGAL AANWSAEAAN ASAAPPGAEG NRTAGPPRR NEALARVEVA VLCLILLLAL SGNACVLLAL RTTRQKHSRL FFFMKHLSIA DLVVAVFQVL PQLLWDITFR F YGPDLLCR ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAMGQPGN GSAFLLAPNR SHAPDHDVEN LYFQGMEGAL AANWSAEAAN ASAAPPGAEG NRTAGPPRR NEALARVEVA VLCLILLLAL SGNACVLLAL RTTRQKHSRL FFFMKHLSIA DLVVAVFQVL PQLLWDITFR F YGPDLLCR LVKYLQVVGM FASTYLLLLM SLDRCLAICQ PLRSLRRRTD RLAVLATWLG CLVASAPQVH IFSLREVADG VF DCWAVFI QPWGPKAYIT WITLAVYIVP VIVLAACYGL ISFKIWQNLR LKTAAAAAAE APEGAAAGDG GRVALARVSS VKL ISKAKI RTVKMTFIIV LAFIVCWTPF FFVQMWSVWD ANAPKEASAF IIVMLLASLN SCCNPWIYML FTGHLFHELV QRFL CCSAS YLKGRRLGET SASKKSNSSS FVLSHRSSSQ RSCSQPSTAL EVLFQ

UniProtKB: Oxytocin receptor

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2...

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2, Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.573531 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI LGSAGSAGSA MGSTVSAED KAAAERSKMI DKNLREDGEK ARRTLRLLLL GADNSGKSTI VKQMRILHGG SGGSGGTSGI FETKFQVDKV N FHMFDVGG ...文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI LGSAGSAGSA MGSTVSAED KAAAERSKMI DKNLREDGEK ARRTLRLLLL GADNSGKSTI VKQMRILHGG SGGSGGTSGI FETKFQVDKV N FHMFDVGG QRDERRKWIQ CFNDVTAIIF VVDSSDYNRL QEALNDFKSI WNNRWLRTIS VILFLNKQDL LAEKVLAGKS KI EDYFPEF ARYTTPEDAT PEPGEDPRVT RAKYFIRKEF VDISTASGDG RHICYPHFTC AVDTENARRI FNDCKDIILQ MNL REYNLV

+
分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.728152 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GPGSSGSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD ...文字列:
GPGSSGSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD TTCALWDIET GQQTTTFTGH TGDVMSLSLA PDTRLFVSGA CDASAKLWDV REGMCRQTFT GHESDINAIC FF PNGNAFA TGSDDATCRL FDLRADQELM TYSHDNIICG ITSVSFSKSG RLLLAGYDDF NCNVWDALKA DRAGVLAGHD NRV SCLGVT DDGMAVATGS WDSFLKIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

+
分子 #5: scFv16

分子名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.720795 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAAASSEDL YFQ

+
分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 40 / 平均露光時間: 2.497 sec. / 平均電子線量: 54.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: -0.0018000000000000002 µm
最小 デフォーカス（公称値）: -0.0008 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio reconstruction
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 423703
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / 温度因子: 69.03
得られたモデル

PDB-7ryc:
Oxytocin receptor (OTR) bound to oxytocin in complex with a heterotrimeric Gq protein

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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