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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24718 | |||||||||
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タイトル | Envelope-associated Adeno-associated virus serotype 2 | |||||||||
マップデータ | High resolution envelope-associated adeno-associated virus serotype 2. | |||||||||
試料 |
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キーワード | exo-AAV / exosome-associated adeno-associated virus / EA-AAV / Envelope-associated adeno-associated virus / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell nucleolus / T=1 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Adeno-associated dependoparvovirus A (ウイルス) / Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å | |||||||||
データ登録者 | Hull JA / Mietzsch M | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Virology / 年: 2022 タイトル: Structural characterization of an envelope-associated adeno-associated virus type 2 capsid. 著者: Joshua A Hull / Mario Mietzsch / Paul Chipman / David Strugatsky / Robert McKenna / 要旨: Adeno-associated virus (AAV) are classified as non-enveloped ssDNA viruses. However, AAV capsids embedded within exosomes have been observed, and it has been suggested that the AAV membrane ...Adeno-associated virus (AAV) are classified as non-enveloped ssDNA viruses. However, AAV capsids embedded within exosomes have been observed, and it has been suggested that the AAV membrane associated accessory protein (MAAP) may play a role in envelope-associated AAV (EA-AAV) capsid formation. Here, we observed and selected sufficient homogeneous EA-AAV capsids of AAV2, produced using the Sf9 baculoviral expression system, to determine the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure at 3.14 Å resolution. The reconstructed map confirmed that the EA-AAV capsid, showed no significant structural variation compared to the non-envelope capsid. In addition, the Sf9 expression system used implies the notion that MAAP may enhance exosome AAV encapsulation. Furthermore, we speculate that these EA-AAV capsids may have therapeutic benefits over the currently used non-envelope AAV capsids, with advantages in immune evasion and/or improved infectivity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24718.map.gz | 1.6 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24718-v30.xml emd-24718.xml | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24718.png | 38.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24718.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_24718_additional_1.map.gz | 1.6 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24718 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24718 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24718_validation.pdf.gz | 734.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24718_full_validation.pdf.gz | 734.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24718_validation.xml.gz | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24718_validation.cif.gz | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24718 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24718 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24718.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | High resolution envelope-associated adeno-associated virus serotype 2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Low resolution envelope-associated adeno-associated virus serotype 2.
ファイル | emd_24718_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Low resolution envelope-associated adeno-associated virus serotype 2. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Adeno-associated virus - 2
全体 | 名称: Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Adeno-associated virus - 2
超分子 | 名称: Adeno-associated virus - 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10804 / 生物種: Adeno-associated virus - 2 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes |
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ウイルス殻 | Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Adeno-associated dependoparvovirus A (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 82.031352 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAADGYLPDW LEDTLSEGIR QWWKLKPGPP PPKPAERHKD DSRGLVLPGY KYLGPFNGLD KGEPVNEADA AALEHDKAYD RQLDSGDNP YLKYNHADAE FQERLKEDTS FGGNLGRAVF QAKKRVLEPL GLVEEPVKTA PGKKRPVEHS PVEPDSSSGT G KAGQQPAR ...文字列: MAADGYLPDW LEDTLSEGIR QWWKLKPGPP PPKPAERHKD DSRGLVLPGY KYLGPFNGLD KGEPVNEADA AALEHDKAYD RQLDSGDNP YLKYNHADAE FQERLKEDTS FGGNLGRAVF QAKKRVLEPL GLVEEPVKTA PGKKRPVEHS PVEPDSSSGT G KAGQQPAR KRLNFGQTGD ADSVPDPQPL GQPPAAPSGL GTNTMATGSG APMADNNEGA DGVGNSSGNW HCDSTWMGDR VI TTSTRTW ALPTYNNHLY KQISSQSGAS NDNHYFGYST PWGYFDFNRF HCHFSPRDWQ RLINNNWGFR PKRLNFKLFN IQV KEVTQN DGTTTIANNL TSTVQVFTDS EYQLPYVLGS AHQGCLPPFP ADVFMVPQYG YLTLNNGSQA VGRSSFYCLE YFPS QMLRT GNNFTFSYTF EDVPFHSSYA HSQSLDRLMN PLIDQYLYYL SRTNTPSGTT TQSRLQFSQA GASDIRDQSR NWLPG PCYR QQRVSKTSAD NNNSEYSWTG ATKYHLNGRD SLVNPGPAMA SHKDDEEKFF PQSGVLIFGK QGSEKTNVDI EKVMIT DEE EIRTTNPVAT EQYGSVSTNL QRGNRQAATA DVNTQGVLPG MVWQDRDVYL QGPIWAKIPH TDGHFHPSPL MGGFGLK HP PPQILIKNTP VPANPSTTFS AAKFASFITQ YSTGQVSVEI EWELQKENSK RWNPEIQYTS NYNKSVNVDF TVDTNGVY S EPRPIGTRYL TRNL UniProtKB: Capsid protein VP1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 34.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE / 詳細: ab initio |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0) / 使用した粒子像数: 291 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |