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- EMDB-24680: Peptide-19 bound to the Glucagon-Like Peptide-1 Receptor (GLP-1R) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24680
タイトルPeptide-19 bound to the Glucagon-Like Peptide-1 Receptor (GLP-1R)
マップデータThe sharpened cryoSPARC consensus map at 2.14A.
試料
  • 複合体: Peptide-19-GLP-1R-Gs complex
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Nb35
    • タンパク質・ペプチド: Glucagon-like peptide 1 receptor
    • タンパク質・ペプチド: Peptide-19
  • リガンド: water
キーワードGlucagon-Like peptide-1 Receptor (GLP-1R) / Peptide-19 cryo-EM / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / positive regulation of blood pressure / hormone secretion / post-translational protein targeting to membrane, translocation / response to psychosocial stress / regulation of heart contraction / adenylate cyclase-activating G protein-coupled bile acid receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating serotonin receptor signaling pathway / peptide hormone binding ...glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / positive regulation of blood pressure / hormone secretion / post-translational protein targeting to membrane, translocation / response to psychosocial stress / regulation of heart contraction / adenylate cyclase-activating G protein-coupled bile acid receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating serotonin receptor signaling pathway / peptide hormone binding / regulation of skeletal muscle contraction / PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation / developmental growth / intracellular transport / D1 dopamine receptor binding / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / activation of adenylate cyclase activity / Hedgehog 'off' state / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / cellular response to acidic pH / negative regulation of blood pressure / cellular response to glucagon stimulus / intracellular glucose homeostasis / adenylate cyclase activator activity / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / trans-Golgi network membrane / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / response to prostaglandin E / bone development / platelet aggregation / cognition / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / positive regulation of insulin secretion / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / sensory perception of smell / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / transmembrane signaling receptor activity / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / heterotrimeric G-protein complex / G-protein beta-subunit binding / G alpha (12/13) signalling events / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / positive regulation of cold-induced thermogenesis / extracellular vesicle / sensory perception of taste / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / signaling receptor complex adaptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / retina development in camera-type eye / GTPase binding / G protein activity / fibroblast proliferation / Ca2+ pathway / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Ras protein signal transduction / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / GTP binding / protein-containing complex binding
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / : / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily ...GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / : / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein alpha subunit, group S / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucagon-like peptide 1 receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Johnson RM / Danev R
資金援助 日本, 7件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1150083 日本
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1126857 日本
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1184726 日本
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1154434 日本
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1155302 日本
Australian Research Council (ARC)IC200100052 日本
Japan Science and Technology18069571 日本
引用ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the dual incretin receptor agonist, peptide-19, in complex with the glucagon-like peptide-1 receptor.
著者: Rachel M Johnson / Xin Zhang / Sarah J Piper / Theodore J Nettleton / Teresa H Vandekolk / Christopher J Langmead / Radostin Danev / Patrick M Sexton / Denise Wootten /
要旨: Dual agonists that can activate both the glucagon-like peptide-1 receptor (GLP-1R) and the gastric inhibitory polypeptide receptor (GIPR) have demonstrated high efficacy for the treatment of ...Dual agonists that can activate both the glucagon-like peptide-1 receptor (GLP-1R) and the gastric inhibitory polypeptide receptor (GIPR) have demonstrated high efficacy for the treatment of metabolic disease. Peptide-19 is a prototypical dual agonist that has high potency at both GLP-1R and GIPR but has a distinct signalling profile relative to the native peptides at the cognate receptors. In this study, we solved the structure of peptide-19 bound to the GLP-1R in complex with Gs protein, and compared the structure and dynamics of this complex to that of published structures of GLP-1R:Gs in complex with other receptor agonists. Unlike other peptide-bound receptor complexes, peptide-19:GLP-1R:Gs demonstrated a more open binding pocket where transmembrane domain (TM) 6, TM7 and the interconnecting extracellular loop 3 (ECL3) were located away from the peptide, with no interactions between peptide-19 and TM6/ECL3. Analysis of conformational variance of the complex revealed that peptide-19 was highly dynamic and underwent binding and unbinding motions facilitated by the more open TM binding pocket. Both the consensus structure of the GLP-1R complex with peptide-19 and the dynamics of this complex were distinct from previously described GLP-1R structures providing unique insights into the mode of GLP-1R activation by this dual agonist.
履歴
登録2021年8月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月6日-
マップ公開2021年10月6日-
更新2026年3月4日-
現状2026年3月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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  • 原子モデル: PDB-7rtb
  • 表面レベル: 0.1
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  • 原子モデルPDB-7rtb
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24680.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24680.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The sharpened cryoSPARC consensus map at 2.14A.
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 320 pix.
= 208. Å		0.65 Å/pix.
x 320 pix.
= 208. Å		0.65 Å/pix.
x 320 pix.
= 208. Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
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表面レベル登録者による: 0.0474 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.52382296 - 0.98934036
平均 (標準偏差)0.00072006416 (±0.023018315)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 208.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.650.650.65
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z208.000208.000208.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-200-200-200
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.5240.9890.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_24680_msk_1.map
投影像・断面図
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ファイルemd_24680_additional_1.map
注釈The unsharpened cryoSPARC consensus map.
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

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追加マップ: The local resolution map for the ECD-focussed refinement...

ファイルemd_24680_additional_10.map
注釈The local resolution map for the ECD-focussed refinement generated using RELION
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注釈Unsharpened receptor-only focussed refinement from RELION
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密度ヒストグラム

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ファイルemd_24680_additional_3.map
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投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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ファイルemd_24680_additional_4.map
注釈Sharpened consensus refinement generated in RELION
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ファイルemd_24680_additional_5.map
注釈Unsharpened ECD-only focussed refinement from RELION
投影像・断面図
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ファイルemd_24680_additional_6.map
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ファイルemd_24680_additional_7.map
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ファイルemd_24680_additional_8.map
注釈The local resolution map for the consensus map generated using RELION
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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ファイルemd_24680_additional_9.map
注釈The local resolution map for the best-resolved ECD refinement generated using RELION
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ファイルemd_24680_half_map_1.map
注釈Half map B from cryoSPARC consensus refinement.
投影像・断面図
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ハーフマップ: Half map A from cryoSPARC consensus refinement.

ファイルemd_24680_half_map_2.map
注釈Half map A from cryoSPARC consensus refinement.
投影像・断面図
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投影像

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ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Peptide-19-GLP-1R-Gs complex

全体名称: Peptide-19-GLP-1R-Gs complex
要素
  • 複合体: Peptide-19-GLP-1R-Gs complex
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Nb35
    • タンパク質・ペプチド: Glucagon-like peptide 1 receptor
    • タンパク質・ペプチド: Peptide-19
  • リガンド: water

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超分子 #1: Peptide-19-GLP-1R-Gs complex

超分子名称: Peptide-19-GLP-1R-Gs complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.683434 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKNTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE ...文字列:
MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKNTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE YQLIDCAQYF LDKIDVIKQA DYVPSDQDLL RCRVLTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGAQR DERRKWIQCF ND VTAIIFV VASSSYNMVI REDNQTNRLQ AALKLFDSIW NNKWLRDTSV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK IEDYFPEFAR YTT PEDATP EPGEDPRVTR AKYFIRDEFL RISTASGDGR HYCYPHFTCA VDTENIRRVF NDCRDIIQRM HLRQYELL

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

-
分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.285734 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SELDQLRQEA EQLKNQIRDA RKACADATLS QITNNIDPVG RIQMRTRRTL RGHLAKIYAM HWGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKV HAIPLRSSWV MTCAYAPSGN YVACGGLDNI CSIYNLKTRE GNVRVSRELA GHTGYLSCCR FLDDNQIVTS S GDTTCALW ...文字列:
SELDQLRQEA EQLKNQIRDA RKACADATLS QITNNIDPVG RIQMRTRRTL RGHLAKIYAM HWGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKV HAIPLRSSWV MTCAYAPSGN YVACGGLDNI CSIYNLKTRE GNVRVSRELA GHTGYLSCCR FLDDNQIVTS S GDTTCALW DIETGQQTTT FTGHTGDVMS LSLAPDTRLF VSGACDASAK LWDVREGMCR QTFTGHESDI NAICFFPNGN AF ATGSDDA TCRLFDLRAD QELMTYSHDN IICGITSVSF SKSGRLLLAG YDDFNCNVWD ALKADRAGVL AGHDNRVSCL GVT DDGMAV ATGSWDSFLK IWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

-
分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.375332 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
NTASIAQARK LVEQLKMEAN IDRIKVSKAA ADLMAYCEAH AKEDPLLTPV PASENPFR

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: Nb35

分子名称: Nb35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.885439 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTVSS

-
分子 #5: Glucagon-like peptide 1 receptor

分子名称: Glucagon-like peptide 1 receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.668316 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDLEVLFQG PRPQGATVSL WETVQKWREY RRQCQRSLTE DPPPATDLFC NRTFDEYACW PDGEPGSFV NVSCPWYLPW ASSVPQGHVY RFCTAEGLWL QKDNSSLPWR DLSECEESKR GERSSPEEQL LFLYIIYTVG Y ALSFSALV ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDLEVLFQG PRPQGATVSL WETVQKWREY RRQCQRSLTE DPPPATDLFC NRTFDEYACW PDGEPGSFV NVSCPWYLPW ASSVPQGHVY RFCTAEGLWL QKDNSSLPWR DLSECEESKR GERSSPEEQL LFLYIIYTVG Y ALSFSALV IASAILLGFR HLHCTRNYIH LNLFASFILR ALSVFIKDAA LKWMYSTAAQ QHQWDGLLSY QDSLSCRLVF LL MQYCVAA NYYWLLVEGV YLYTLLAFSV FSEQWIFRLY VSIGWGVPLL FVVPWGIVKY LYEDEGCWTR NSNMNYWLII RLP ILFAIG VNFLIFVRVI CIVVSKLKAN LMCKTDIKCR LAKSTLTLIP LLGTHEVIFA FVMDEHARGT LRHIKLFTEL SFTS FQGLM VAILYCFVNN EVQLEFRKSW ERWRLEHLHI QRDSSMKPLK CPTSSLSSGA TAGSSMYTAT CQASCSPAGL EVLFQ GPHH HHHHHH

UniProtKB: Glucagon-like peptide 1 receptor

-
分子 #6: Peptide-19

分子名称: Peptide-19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 4.093503 KDa
配列文字列:
Y(AIB)EGTFTSDY SIYLDKQAA(AIB) EFVNWLLAGG PSAPPPSK

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 15 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6858 / 平均露光時間: 4.352 sec. / 平均電子線量: 70.15 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4270000
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 624000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6x18


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-7rtb:
Peptide-19 bound to the Glucagon-Like Peptide-1 Receptor (GLP-1R)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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