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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2420
タイトルElectron microscopy of the CSM/RNA complex from Sulfolobus solfataricus
マップデータStructure of CSM/RNA complex
試料
  • 試料: CSM/RNA complex from Sulfolobus solfataricus
  • タンパク質・ペプチド: CSM complex
キーワードCRISPR / CSM / Sulfolobus solfataricus
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Rouillon C / Zhou M / Zhang J / Politis A / Beilsten V / Cannone G / Graham S / Robinson CV / Spagnolo L / White MF
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2013
タイトル: Structure of the CRISPR interference complex CSM reveals key similarities with cascade.
著者: Christophe Rouillon / Min Zhou / Jing Zhang / Argyris Politis / Victoria Beilsten-Edmands / Giuseppe Cannone / Shirley Graham / Carol V Robinson / Laura Spagnolo / Malcolm F White /
要旨: The Clustered Regularly Interspaced Palindromic Repeats (CRISPR) system is an adaptive immune system in prokaryotes. Interference complexes encoded by CRISPR-associated (cas) genes utilize small RNAs ...The Clustered Regularly Interspaced Palindromic Repeats (CRISPR) system is an adaptive immune system in prokaryotes. Interference complexes encoded by CRISPR-associated (cas) genes utilize small RNAs for homology-directed detection and subsequent degradation of invading genetic elements, and they have been classified into three main types (I-III). Type III complexes share the Cas10 subunit but are subclassifed as type IIIA (CSM) and type IIIB (CMR), depending on their specificity for DNA or RNA targets, respectively. The role of CSM in limiting the spread of conjugative plasmids in Staphylococcus epidermidis was first described in 2008. Here, we report a detailed investigation of the composition and structure of the CSM complex from the archaeon Sulfolobus solfataricus, using a combination of electron microscopy, mass spectrometry, and deep sequencing. This reveals a three-dimensional model for the CSM complex that includes a helical component strikingly reminiscent of the backbone structure of the type I (Cascade) family.
履歴
登録2013年7月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年8月28日-
マップ公開2014年4月23日-
更新2014年5月21日-
現状2014年5月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2420.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2420.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of CSM/RNA complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.2 Å/pix.
x 64 pix.
= 460.8 Å		7.2 Å/pix.
x 64 pix.
= 460.8 Å		7.2 Å/pix.
x 64 pix.
= 460.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 3.34 / ムービー #1: 5
最小 - 最大-8.59251308 - 18.895511630000001
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-4-4-4
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 460.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.27.27.2
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z460.800460.800460.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-4-4-4
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-8.59318.896-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CSM/RNA complex from Sulfolobus solfataricus

全体名称: CSM/RNA complex from Sulfolobus solfataricus
要素
  • 試料: CSM/RNA complex from Sulfolobus solfataricus
  • タンパク質・ペプチド: CSM complex

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超分子 #1000: CSM/RNA complex from Sulfolobus solfataricus

超分子名称: CSM/RNA complex from Sulfolobus solfataricus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 428 KDa

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分子 #1: CSM complex

分子名称: CSM complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Sulfolobus solfataricus (古細菌)
組換発現生物種: Sulfolobus solfataricus (古細菌)

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2012年12月13日
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 7829

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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