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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23932 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the yeast cadmium factor 1 protein (Ycf1p) | ||||||||||||
マップデータ | Endogenously expressed Ycf1p. Non-uniform refinement. | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | ATP binding cassette (ABC) transporter / transmembrane domain 0 (TMD0) / regulatory (R) region / TRANSPORT PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC-type Cd2+ transporter / ABC-type cadmium transporter activity / Recycling of bile acids and salts / Heme degradation / Aspirin ADME / Atorvastatin ADME / Paracetamol ADME / P-type cadmium transporter activity / bilirubin transmembrane transporter activity / bilirubin transport ...ABC-type Cd2+ transporter / ABC-type cadmium transporter activity / Recycling of bile acids and salts / Heme degradation / Aspirin ADME / Atorvastatin ADME / Paracetamol ADME / P-type cadmium transporter activity / bilirubin transmembrane transporter activity / bilirubin transport / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / vacuole fusion, non-autophagic / ABC-family proteins mediated transport / response to metal ion / fungal-type vacuole membrane / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / response to cadmium ion / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / transmembrane transport / membrane raft / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Bickers SC / Benlekbir S / Rubinstein JL / Kanelis V | ||||||||||||
資金援助 | カナダ, 3件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Structure of Ycf1p reveals the transmembrane domain TMD0 and the regulatory region of ABCC transporters. 著者: Sarah C Bickers / Samir Benlekbir / John L Rubinstein / Voula Kanelis / 要旨: ATP binding cassette (ABC) proteins typically function in active transport of solutes across membranes. The ABC core structure is composed of two transmembrane domains (TMD1 and TMD2) and two ...ATP binding cassette (ABC) proteins typically function in active transport of solutes across membranes. The ABC core structure is composed of two transmembrane domains (TMD1 and TMD2) and two cytosolic nucleotide binding domains (NBD1 and NBD2). Some members of the C-subfamily of ABC (ABCC) proteins, including human multidrug resistance proteins (MRPs), also possess an N-terminal transmembrane domain (TMD0) that contains five transmembrane α-helices and is connected to the ABC core by the L0 linker. While TMD0 was resolved in SUR1, the atypical ABCC protein that is part of the hetero-octameric ATP-sensitive K channel, little is known about the structure of TMD0 in monomeric ABC transporters. Here, we present the structure of yeast cadmium factor 1 protein (Ycf1p), a homolog of human MRP1, determined by electron cryo-microscopy (cryo-EM). A comparison of Ycf1p, SUR1, and a structure of MRP1 that showed TMD0 at low resolution demonstrates that TMD0 can adopt different orientations relative to the ABC core, including a ∼145° rotation between Ycf1p and SUR1. The cryo-EM map also reveals that segments of the regulatory (R) region, which links NBD1 to TMD2 and was poorly resolved in earlier ABCC structures, interacts with the L0 linker, NBD1, and TMD2. These interactions, combined with fluorescence quenching experiments of isolated NBD1 with and without the R region, suggest how posttranslational modifications of the R region modulate ABC protein activity. Mapping known mutations from MRP2 and MRP6 onto the Ycf1p structure explains how mutations involving TMD0 and the R region of these proteins lead to disease. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23932.map.gz | 3.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23932-v30.xml emd-23932.xml | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23932.png | 52.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-23932.cif.gz | 6.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23932 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23932 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23932_validation.pdf.gz | 362.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23932_full_validation.pdf.gz | 361.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23932_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23932_validation.cif.gz | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23932 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23932 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23932.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Endogenously expressed Ycf1p. Non-uniform refinement. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Yeast cadmium factor 1 protein (Ycf1p)
全体 | 名称: Yeast cadmium factor 1 protein (Ycf1p) |
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要素 |
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-超分子 #1: Yeast cadmium factor 1 protein (Ycf1p)
超分子 | 名称: Yeast cadmium factor 1 protein (Ycf1p) / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Endogenously expressed Ycf1p that also contains a C-terminal 3x FLAG tag. |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ2168 / 細胞中の位置: Vacoular Membrane |
分子量 | 理論値: 171.136 KDa |
-分子 #1: Metal resistance protein YCF1
分子 | 名称: Metal resistance protein YCF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type Cd2+ transporter |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ2168 |
分子量 | 理論値: 174.024141 KDa |
配列 | 文字列: MAGNLVSWAC KLCRSPEGFG PISFYGDFTQ CFIDGVILNL SAIFMITFGI RDLVNLCKKK HSGIKYRRNW IIVSRMALVL LEIAFVSLA SLNISKEEAE NFTIVSQYAS TMLSLFVALA LHWIEYDRSV VANTVLLFYW LFETFGNFAK LINILIRHTY E GIWYSGQT ...文字列: MAGNLVSWAC KLCRSPEGFG PISFYGDFTQ CFIDGVILNL SAIFMITFGI RDLVNLCKKK HSGIKYRRNW IIVSRMALVL LEIAFVSLA SLNISKEEAE NFTIVSQYAS TMLSLFVALA LHWIEYDRSV VANTVLLFYW LFETFGNFAK LINILIRHTY E GIWYSGQT GFILTLFQVI TCASILLLEA LPKKPLMPHQ HIHQTLTRRK PNPYDSANIF SRITFSWMSG LMKTGYEKYL VE ADLYKLP RNFSSEELSQ KLEKNWENEL KQKSNPSLSW AICRTFGSKM LLAAFFKAIH DVLAFTQPQL LRILIKFVTD YNS ERQDDH SSLQGFENNH PQKLPIVRGF LIAFAMFLVG FTQTSVLHQY FLNVFNTGMY IKSALTALIY QKSLVLSNEA SGLS STGDI VNLMSVDVQK LQDLTQWLNL IWSGPFQIII CLYSLYKLLG NSMWVGVIIL VIMMPLNSFL MRIQKKLQKS QMKYK DERT RVISEILNNI KSLKLYAWEK PYREKLEEVR NNKELKNLTK LGCYMAVTSF QFNIVPFLVS CCTFAVFVYT EDRALT TDL VFPALTLFNL LSFPLMIIPM VLNSFIEASV SIGRLFTFFT NEELQPDSVQ RLPKVKNIGD VAINIGDDAT FLWQRKP EY KVALKNINFQ AKKGNLTCIV GKVGSGKTAL LSCMLGDLFR VKGFATVHGS VAYVSQVPWI MNGTVKENIL FGHRYDAE F YEKTIKACAL TIDLAILMDG DKTLVGEKGI SLSGGQKARL SLARAVYARA DTYLLDDPLA AVDEHVARHL IEHVLGPNG LLHTKTKVLA TNKVSALSIA DSIALLDNGE ITQQGTYDEI TKDADSPLWK LLNNYGKKNN GKSNEFGDSS ESSVRESSIP VEGELEQLQ KLNDLDFGNS DAISLRRASD ATLGSIDFGD DENIAKREHR EQGKVKWNIY LEYAKACNPK SVCVFILFIV I SMFLSVMG NVWLKHWSEV NSRYGSNPNA ARYLAIYFAL GIGSALATLI QTIVLWVFCT IHASKYLHNL MTNSVLRAPM TF FETTPIG RILNRFSNDI YKVDALLGRT FSQFFVNAVK VTFTITVICA TTWQFIFIII PLSVFYIYYQ QYYLRTSREL RRL DSITRS PIYSHFQETL GGLATVRGYS QQKRFSHINQ CRIDNNMSAF YPSINANRWL AYRLELIGSI IILGAATLSV FRLK QGTLT AGMVGLSLSY ALQITQTLNW IVRMTVEVET NIVSVERIKE YADLKSEAPL IVEGHRPPKE WPSQGDIKFN NYSTR YRPE LDLVLKHINI HIKPNEKVGI VGRTGAGKSS LTLALFRMIE ASEGNIVIDN IAINEIGLYD LRHKLSIIPQ DSQVFE GTV RENIDPINQY TDEAIWRALE LSHLKEHVLS MSNDGLDAQL TEGGGNLSVG QRQLLCLARA MLVPSKILVL DEATAAV DV ETDKVVQETI RTAFKDRTIL TIAHRLNTIM DSDRIIVLDN GKVAEFDSPG QLLSDNKSLF YSLCMEAGLV NENDYKDH D GDYKDHDIDY KDDDDK UniProtKB: Metal resistance protein YCF1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5.5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: Buffer was at 4 degrees Celsius. | ||||||||||||
グリッド | モデル: Homemade / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I | ||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均露光時間: 9.6 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |