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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23842 | |||||||||||||||
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タイトル | Signal subtracted reconstruction of AAA5 and AAA6 domains of dynein in the presence of a pyrazolo-pyrimidinone-based compound, Map 5 | |||||||||||||||
マップデータ | AAA5_AAA6_sharpened | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | AAA ATPase / ATPase inhibitor / motor protein | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 karyogamy / establishment of mitotic spindle localization / astral microtubule / nuclear migration along microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / nuclear migration / spindle pole body / dynein intermediate chain binding ...karyogamy / establishment of mitotic spindle localization / astral microtubule / nuclear migration along microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / nuclear migration / spindle pole body / dynein intermediate chain binding / cytoplasmic microtubule / establishment of mitotic spindle orientation / mitotic sister chromatid segregation / cytoplasmic microtubule organization / viral release from host cell by cytolysis / Neutrophil degranulation / peptidoglycan catabolic process / mitotic spindle organization / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / cell cortex / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Santarossa CC / Coudray N / Urnavicius L / Ekiert DC / Bhabha G / Kapoor TM | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2021 タイトル: Targeting allostery in the Dynein motor domain with small molecule inhibitors. 著者: Cristina C Santarossa / Keith J Mickolajczyk / Jonathan B Steinman / Linas Urnavicius / Nan Chen / Yasuhiro Hirata / Yoshiyuki Fukase / Nicolas Coudray / Damian C Ekiert / Gira Bhabha / Tarun M Kapoor / 要旨: Cytoplasmic dyneins are AAA (ATPase associated with diverse cellular activities) motor proteins responsible for microtubule minus-end-directed intracellular transport. Dynein's unusually large size, ...Cytoplasmic dyneins are AAA (ATPase associated with diverse cellular activities) motor proteins responsible for microtubule minus-end-directed intracellular transport. Dynein's unusually large size, four distinct nucleotide-binding sites, and conformational dynamics pose challenges for the design of potent and selective chemical inhibitors. Here we use structural approaches to develop a model for the inhibition of a well-characterized S. cerevisiae dynein construct by pyrazolo-pyrimidinone-based compounds. These data, along with functional assays of dynein motility and mutagenesis studies, suggest that the compounds inhibit dynein by engaging the regulatory ATPase sites in the AAA3 and AAA4 domains, and not by interacting with dynein's main catalytic site in the AAA1 domain. A double Walker B mutation of the AAA3 and AAA4 sites substantially reduces enzyme activity, suggesting that targeting these regulatory domains is sufficient to inhibit dynein. Our findings reveal how chemical inhibitors can be designed to disrupt allosteric communication across dynein's AAA domains. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23842.map.gz | 174.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23842-v30.xml emd-23842.xml | 22.7 KB 22.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23842.png | 60.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-23842.cif.gz | 7.9 KB | ||
その他 | emd_23842_half_map_1.map.gz emd_23842_half_map_2.map.gz | 150.4 MB 150.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23842 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23842 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23842.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 190.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | AAA5_AAA6_sharpened | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.518 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_23842_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half_map_1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_23842_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half_map_2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Dynein motor domain in the presence of a pyrazolo-pyrimidinone-ba...
全体 | 名称: Dynein motor domain in the presence of a pyrazolo-pyrimidinone-based compound |
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要素 |
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-超分子 #1: Dynein motor domain in the presence of a pyrazolo-pyrimidinone-ba...
超分子 | 名称: Dynein motor domain in the presence of a pyrazolo-pyrimidinone-based compound タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 300 KDa |
-分子 #1: Fusion protein of Dynein and Endolysin
分子 | 名称: Fusion protein of Dynein and Endolysin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 304.889875 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: GEFVIEKSLN RIKKFWKEAQ YEVIEHSSGL KLVREWDVLE QACKEDLEEL VSMKASNYYK IFEQDCLDLE SKLTKLSEIQ VNWVEVQFY WLDLYGILGE NLDIQNFLPL ETSKFKSLTS EYKMITTRAF QLDTTIEVIH IPNFDTTLKL TIDSLKMIKS S LSTFLERQ ...文字列: GEFVIEKSLN RIKKFWKEAQ YEVIEHSSGL KLVREWDVLE QACKEDLEEL VSMKASNYYK IFEQDCLDLE SKLTKLSEIQ VNWVEVQFY WLDLYGILGE NLDIQNFLPL ETSKFKSLTS EYKMITTRAF QLDTTIEVIH IPNFDTTLKL TIDSLKMIKS S LSTFLERQ RRQFPRFYFL GNDDLLKIIG SGKHHDQVSK FMKKMFGSIE SIIFLEDFIT GVRSVEGEVL NLNEKIELKD SI QAQEWLN ILDTEIKLSV FTQFRDCLGQ LKDGTDIEVV VSKYIFQAIL LSAQVMWTEL VEKCLQTNQF SKYWKEVDMK IKG LLDKLN KSSDNVKKKI EALLVEYLHF NNVIGQLKNC STKEEARLLW AKVQKFYQKN DTLDDLNSVF ISQSGYLLQY KFEY IGIPE RLIYTPLLLI GFATLTDSLH QKYGGCFFGP AGTGKTETVK AFGQNLGRVV VVFNCDDSFD YQVLSRLLVG ITQIG AWGC FDQFNRLDEK VLSAVSANIQ QIQNGLQVGK SHITLLEEET PLSPHTAVFI TLNPGYNGRS ELPENLKKSF REFSMK SPQ SGTIAEMILQ IMGFEDSKSL ASKIVHFLEL LSSKCSSMNH YHFGLRTLKG VLRNCSPLIS EFGEGEKTVV ESLKRVI LP SLGDTDELVF KDELSKIFDS AGTPLNSKAI VQCLKDAGQR SGFSMSEEFL KKCMQFYYMQ KTQQALILVG KAGCGKTA T WKTVIDAMAI FDGHANVVYV IDTKVLTKES LYGSMLKATL EWRDGLFTSI LRRVNDDITG TFKNSRIWVV FDSDLDPEY VEAMNSVLDD NKILTLPNGE RLPIPPNFRI LFETDNLDHT TPATITRCGL LWFSTDVCSI SSKIDHLLNK SYEALDNKLS MFELDKLKD LISDSFDMAS LTNIFTCSND LVHILGVRTF NKLETAVQLA VHLISSYRQW FQNLDDKSLK DVITLLIKRS L LYALAGDS TGESQRAFIQ TINTYFGHDS QELSDYSTIV IANDKLSFSS FCSEIPSVSL EAHEVMRPDI VIPTIDTIKH EK IFYDLLN SKRGIILCGP PGSGKTMIMN NALRNSSLYD VVGINFSKDT TTEHILSALH RHTNYVTTSK GLTLLPKSDI KNL VLFCDE INLPKLDKYG SQNVVLFLRQ LMEKQGFWKT PENKWVTIER IHIVGACNPP TDPGRIPMSE RFTRHAAILY LGYP SGKSL SQIYEIYYKA IFKLVPEFRS YTEPFARASV HLYNECKARY STGLQSHYLF SPRELTRLVR GVYTAINTGP RQTLR SLIR LWAYEAWRIF ADRLVGVKEK NSFEQLLYET VDKYLPNQDL GNISSTSLLF SGLLSLDFKE VNKTDLVNFI EERFKT FCD EELEVPMVIH ESMVDHILRI DRALKQVQGH MMLIGASRTG KTILTRFVAW LNGLKIVQPK IHRHSNLSDF DMILKKA IS DCSLKESRTC LIIDESNILE TAFLERMNTL LANADIPDLF QGEEYDKLLN NLRNKTRSLG LLLDTEQELY DWFVGEIA K NLHVVFTICD PTNNKSSAMI SSPALFNRCI INWMGDWDTK TMSQVANNMV DVIPMEFTDF IVPEVNKELV FTEPIQTIR DAVVNILIHF DRNFYQKMKV GVNPRSPGYF IDGLRALVKL VTAKYQDLQE NQRFVNVGLE KLNESVLKVN ELNKTLGSGS GSNIFEMLR IDEGLRLKIY KDTEGYYTIG IGHLLTKSPS LNAAKSELDK AIGRNTNGVI TKDEAEKLFN QDVDAAVRGI L RNAKLKPV YDSLDAVRRA ALINMVFQMG ETGVAGFTNS LRMLQQKRWD EAAVNLAKSR WYNQTPNRAK RVITTFRTGT WD AYGSGSG SSISLVKSLT FEKERWLNTT KQFSKTSQEL IGNCIISSIY ETYFGHLNER ERADMLVILK RLLGKFAVKY DVN YRFIDY LVTLDEKMKW LECGLDKNDY FLENMSIVMN SQDAVPFLLD PSSHMITVIS NYYGNKTVLL SFLEEGFVKR LENA IRFGS VVIIQDGEFF DPIISRLISR EFNHAGNRVT VEIGDHEVDV SGDFKLFIHS CDPSGDIPIF LRSRVRLVHF VTNKE SIET RIFDITLTEE NAEMQRKRED LIKLNTEYKL KLKNLEKRLL EELNNSQGNM LENDELMVTL NNLKKEAMNI EKKLSE SEE FFPQFDNLVE EYSIIGKHSV KIFSMLEKFG QFHWFYGISI GQFLSCFKRV FIKKSRETRA ARTRVDEILW LLYQEVY CQ FSTALDKKFK MIMAMTMFCL YKFDIESEQY KEAVLTMIGV LSESSDGVPK LTVDTNDDLR YLWDYVTTKS YISALNWF K NEFFVDEWNI ADVVANSENN YFTMASERDV DGTFKLIELA KASKESLKII PLGSIENLNY AQEEISKSKI EGGWILLQN IQMSLSWVKT YLHKHVEETK AAEEHEKFKM FMTCHLTGDK LPAPLLQRTD RVVYEDIPGI LDTVKDLWGS QFFTGKISGV WSVYCTFLL SWFHALITAR TRLVPHGFSK KYYFNDCDFQ FASVYLENVL ATNSTNNIPW AQVRDHIATI VYGGKIDEEK D LEVVAKLC AHVFCGSDNL QIVPGVRIPQ PLLQQSEEEE RARLTAILSN TIEPADSLSS WLQLPRESIL DYERLQAKEV AS STEQLLQ EMGSGSGSHH HHHH UniProtKB: Dynein heavy chain, cytoplasmic, Endolysin, Dynein heavy chain, cytoplasmic |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 12 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa | |||||||||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7420 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7676 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4893 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 44.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 3.7 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.3 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |