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- EMDB-23813: Autoinhibited BRAF:(14-3-3)2:MEK complex with the BRAF RBD resolved -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23813
タイトルAutoinhibited BRAF:(14-3-3)2:MEK complex with the BRAF RBD resolved
マップデータ
試料
  • 複合体: Autoinhibited B-Raf:(14-3-3)2:MEK complex with resolved RBD
    • 複合体: B-rafBRAF
      • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase B-raf
    • 複合体: MEK
      • タンパク質・ペプチド: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
    • 複合体: 14-3-3 protein zeta/delta
      • タンパク質・ペプチド: 14-3-3 protein zeta/delta
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: N-(3-fluoro-4-{[4-methyl-2-oxo-7-(pyrimidin-2-yloxy)-2H-chromen-3-yl]methyl}pyridin-2-yl)-N'-methylsulfuric diamide
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi reassembly / synaptic target recognition / epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / regulation of synapse maturation / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / respiratory system process / trehalose metabolism in response to stress / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / placenta blood vessel development ...Golgi reassembly / synaptic target recognition / epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / regulation of synapse maturation / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / respiratory system process / trehalose metabolism in response to stress / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / placenta blood vessel development / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / regulation of axon regeneration / MAPキナーゼキナーゼ / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / establishment of Golgi localization / labyrinthine layer development / type B pancreatic cell proliferation / head morphogenesis / MAP-kinase scaffold activity / Signalling to p38 via RIT and RIN / cerebellar cortex formation / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / tube formation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / endothelial cell apoptotic process / Signaling by MAP2K mutants / Rap1 signalling / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / negative regulation of protein localization to nucleus / regulation of Golgi inheritance / mitogen-activated protein kinase kinase binding / trachea formation / regulation of T cell differentiation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of axonogenesis / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / GP1b-IX-V activation signalling / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / stress fiber assembly / protein kinase activator activity / positive regulation of axon regeneration / endodermal cell differentiation / face development / MAPK3 (ERK1) activation / synaptic vesicle exocytosis / somatic stem cell population maintenance / Bergmann glial cell differentiation / MAP kinase kinase activity / thyroid gland development / Uptake and function of anthrax toxins / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / phosphoserine residue binding / MAP kinase kinase kinase activity / Activation of BAD and translocation to mitochondria / protein targeting / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / cellular response to glucose starvation / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Schwann cell development / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / RHO GTPases activate PKNs / keratinocyte differentiation / positive regulation of stress fiber assembly / negative regulation of TORC1 signaling / response to cAMP / cellular response to calcium ion / ERK1 and ERK2 cascade / 髄鞘 / negative regulation of innate immune response / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein sequestering activity / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / protein serine/threonine kinase activator activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / cellular response to nerve growth factor stimulus / thymus development / Signal transduction by L1 / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / 運動性 / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / long-term synaptic potentiation / TP53 Regulates Metabolic Genes / Negative regulation of NOTCH4 signaling / animal organ morphogenesis / Spry regulation of FGF signaling / RAF activation / lung development
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3タンパク質 / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3タンパク質 / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase B-raf / 14-3-3 protein zeta/delta / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.66 Å
データ登録者Martinez Fiesco JA / Ping Z / Durrant DE / Morrison DK
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ZIA BC 011744 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ZIA BC 010329 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the BRAF monomer-to-dimer transition mediated by RAS binding.
著者: Juliana A Martinez Fiesco / David E Durrant / Deborah K Morrison / Ping Zhang /
要旨: RAF kinases are essential effectors of RAS, but how RAS binding initiates the conformational changes needed for autoinhibited RAF monomers to form active dimers has remained unclear. Here, we present ...RAF kinases are essential effectors of RAS, but how RAS binding initiates the conformational changes needed for autoinhibited RAF monomers to form active dimers has remained unclear. Here, we present cryo-electron microscopy structures of full-length BRAF complexes derived from mammalian cells: autoinhibited, monomeric BRAF:14-3-3:MEK and BRAF:14-3-3 complexes, and an inhibitor-bound, dimeric BRAF:14-3-3 complex, at 3.7, 4.1, and 3.9 Å resolution, respectively. In both autoinhibited, monomeric structures, the RAS binding domain (RBD) of BRAF is resolved, revealing that the RBD forms an extensive contact interface with the 14-3-3 protomer bound to the BRAF C-terminal site and that key basic residues required for RBD-RAS binding are exposed. Moreover, through structure-guided mutational studies, our findings indicate that RAS-RAF binding is a dynamic process and that RBD residues at the center of the RBD:14-3-3 interface have a dual function, first contributing to RAF autoinhibition and then to the full spectrum of RAS-RBD interactions.
履歴
登録2021年4月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月26日-
マップ公開2022年1月26日-
更新2022年2月9日-
現状2022年2月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0208
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7mfd
  • 表面レベル: 0.0208
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7mfd
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23813.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23813.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.058 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0208 / ムービー #1: 0.0208
最小 - 最大-0.106111236 - 0.18190569
平均 (標準偏差)0.00043417784 (±0.004040884)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 190.43999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0581.0581.058
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z190.440190.440190.440
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.1060.1820.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Autoinhibited B-Raf:(14-3-3)2:MEK complex with resolved RBD

全体名称: Autoinhibited B-Raf:(14-3-3)2:MEK complex with resolved RBD
要素
  • 複合体: Autoinhibited B-Raf:(14-3-3)2:MEK complex with resolved RBD
    • 複合体: B-rafBRAF
      • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase B-raf
    • 複合体: MEK
      • タンパク質・ペプチド: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
    • 複合体: 14-3-3 protein zeta/delta
      • タンパク質・ペプチド: 14-3-3 protein zeta/delta
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: N-(3-fluoro-4-{[4-methyl-2-oxo-7-(pyrimidin-2-yloxy)-2H-chromen-3-yl]methyl}pyridin-2-yl)-N'-methylsulfuric diamide

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超分子 #1: Autoinhibited B-Raf:(14-3-3)2:MEK complex with resolved RBD

超分子名称: Autoinhibited B-Raf:(14-3-3)2:MEK complex with resolved RBD
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: B-raf

超分子名称: B-raf / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: MEK

超分子名称: MEK / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: 14-3-3 protein zeta/delta

超分子名称: 14-3-3 protein zeta/delta / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Serine/threonine-protein kinase B-raf

分子名称: Serine/threonine-protein kinase B-raf / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 84.697695 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAALSGGGGG GAEPGQALFN GDMEPEAGAG AGAAASSAAD PAIPEEVWNI KQMIKLTQEH IEALLDKFGG EHNPPSIYLE AYEEYTSKL DALQQREQQL LESLGNGTDF SVSSSASMDT VTSSSSSSLS VLPSSLSVFQ NPTDVARSNP KSPQKPIVRV F LPNKQRTV ...文字列:
MAALSGGGGG GAEPGQALFN GDMEPEAGAG AGAAASSAAD PAIPEEVWNI KQMIKLTQEH IEALLDKFGG EHNPPSIYLE AYEEYTSKL DALQQREQQL LESLGNGTDF SVSSSASMDT VTSSSSSSLS VLPSSLSVFQ NPTDVARSNP KSPQKPIVRV F LPNKQRTV VPARCGVTVR DSLKKALMMR GLIPECCAVY RIQDGEKKPI GWDTDISWLT GEELHVEVLE NVPLTTHNFV RK TFFTLAF CDFCRKLLFQ GFRCQTCGYK FHQRCSTEVP LMCVNYDQLD LLFVSKFFEH HPIPQEEASL AETALTSGSS PSA PASDSI GPQILTSPSP SKSIPIPQPF RPADEDHRNQ FGQRDRSS(SEP)A PNVHINTIEP VNIDDLIRDQ GFRGDGGSTT GLSATPPAS LPGSLTNVKA LQKSPGPQRE RKSSSSSEDR NRMKTLGRRD SSDDWEIPDG QITVGQRIGS GSFGTVYKGK W HGDVAVKM LNVTAPTPQQ LQAFKNEVGV LRKTRHVNIL LFMGYSTKPQ LAIVTQWCEG SSLYHHLHII ETKFEMIKLI DI ARQTAQG MDYLHAKSII HRDLKSNNIF LHEDLTVKIG DFGLATVKSR WSGSHQFEQL SGSILWMAPE VIRMQDKNPY SFQ SDVYAF GIVLYELMTG QLPYSNINNR DQIIFMVGRG YLSPDLSKVR SNCPKAMKRL MAECLKKKRD ERPLFPQILA SIEL LARSL PKIHRSA(SEP)EP SLNRAGFQTE DFSLYACASP KTPIQAGGYG AFPVH

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分子 #2: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1

分子名称: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: MAPキナーゼキナーゼ
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 43.493938 KDa
配列文字列: MPKKKPTPIQ LNPAPDGSAV NGTSSAETNL EALQKKLEEL ELDEQQRKRL EAFLTQKQKV GELKDDDFEK ISELGAGNGG VVFKVSHKP SGLVMARKLI HLEIKPAIRN QIIRELQVLH ECNSPYIVGF YGAFYSDGEI SICMEHMDGG SLDQVLKKAG R IPEQILGK ...文字列:
MPKKKPTPIQ LNPAPDGSAV NGTSSAETNL EALQKKLEEL ELDEQQRKRL EAFLTQKQKV GELKDDDFEK ISELGAGNGG VVFKVSHKP SGLVMARKLI HLEIKPAIRN QIIRELQVLH ECNSPYIVGF YGAFYSDGEI SICMEHMDGG SLDQVLKKAG R IPEQILGK VSIAVIKGLT YLREKHKIMH RDVKPSNILV NSRGEIKLCD FGVSGQLIDS MANSFVGTRS YMSPERLQGT HY SVQSDIW SMGLSLVEMA VGRYPIPPPD AKELELMFGC QVEGDAAETP PRPRTPGRPL SSYGMDSRPP MAIFELLDYI VNE PPPKLP SGVFSLEFQD FVNKCLIKNP AERADLKQLM VHAFIKRSDA EEVDFAGWLC STIGLNQPST PTHAAGV

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分子 #3: 14-3-3 protein zeta/delta

分子名称: 14-3-3 protein zeta/delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 27.777092 KDa
配列文字列: MDKNELVQKA KLAEQAERYD DMAACMKSVT EQGAELSNEE RNLLSVAYKN VVGARRSSWR VVSSIEQKTE GAEKKQQMAR EYREKIETE LRDICNDVLS LLEKFLIPNA SQAESKVFYL KMKGDYYRYL AEVAAGDDKK GIVDQSQQAY QEAFEISKKE M QPTHPIRL ...文字列:
MDKNELVQKA KLAEQAERYD DMAACMKSVT EQGAELSNEE RNLLSVAYKN VVGARRSSWR VVSSIEQKTE GAEKKQQMAR EYREKIETE LRDICNDVLS LLEKFLIPNA SQAESKVFYL KMKGDYYRYL AEVAAGDDKK GIVDQSQQAY QEAFEISKKE M QPTHPIRL GLALNFSVFY YEILNSPEKA CSLAKTAFDE AIAELDTLSE ESYKDSTLIM QLLRDNLTLW TSDTQGDEAE AG EGGEN

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #5: N-(3-fluoro-4-{[4-methyl-2-oxo-7-(pyrimidin-2-yloxy)-2H-chromen-3...

分子名称: N-(3-fluoro-4-{[4-methyl-2-oxo-7-(pyrimidin-2-yloxy)-2H-chromen-3-yl]methyl}pyridin-2-yl)-N'-methylsulfuric diamide
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CHU
分子量理論値: 471.462 Da
Chemical component information

ChemComp-CHU:
N-(3-fluoro-4-{[4-methyl-2-oxo-7-(pyrimidin-2-yloxy)-2H-chromen-3-yl]methyl}pyridin-2-yl)-N'-methylsulfuric diamide / CH-5126766

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
200.0 mMSodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
10.0 mMDTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: 20mAmp
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 57.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 142852
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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