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万見
- EMDB-23658: Canine parvovirus and Fab14 asymmetric reconstruction -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23658
タイトルCanine parvovirus and Fab14 asymmetric reconstruction
マップデータCanine parvovirus and Fab14 asymmetric reconstruction
試料
  • 複合体: Canine parvovirus and FAB
    • 複合体: FAB
      • タンパク質・ペプチド: CPV Fab14 light chain
      • タンパク質・ペプチド: CPV Fab14 heavy chain
    • 複合体: Canine parvovirus
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein 2
キーワードcanine parvovirus / CPV / Fab14 / VIRUS / VIRUS-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / T=1 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Canine parvovirus (ウイルス) / Canine parvovirus type 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Goteschius DJ / Hartmann SR
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10RR031780 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: High-resolution asymmetric structure of a Fab-virus complex reveals overlap with the receptor binding site.
著者: Daniel J Goetschius / Samantha R Hartmann / Lindsey J Organtini / Heather Callaway / Kai Huang / Carol M Bator / Robert E Ashley / Alexander M Makhov / James F Conway / Colin R Parrish / Susan L Hafenstein /
要旨: Canine parvovirus is an important pathogen causing severe diseases in dogs, including acute hemorrhagic enteritis, myocarditis, and cerebellar disease. Overlap on the surface of parvovirus capsids ...Canine parvovirus is an important pathogen causing severe diseases in dogs, including acute hemorrhagic enteritis, myocarditis, and cerebellar disease. Overlap on the surface of parvovirus capsids between the antigenic epitope and the receptor binding site has contributed to cross-species transmission, giving rise to closely related variants. It has been shown that Mab 14 strongly binds and neutralizes canine but not feline parvovirus, suggesting this antigenic site also controls species-specific receptor binding. To visualize the conformational epitope at high resolution, we solved the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of the Fab-virus complex. We also created custom software, Icosahedral Subparticle Extraction and Correlated Classification, to solve a Fab-virus complex with only a few Fab bound per capsid and visualize local structures of the Fab-bound and -unbound antigenic sites extracted from the same complex map. Our results identified the antigenic epitope that had significant overlap with the receptor binding site, and the structures revealed that binding of Fab induced conformational changes to the virus. We were also able to assign the order and position of attached Fabs to allow assessment of complementarity between the Fabs bound to different positions. This approach therefore provides a method for using cryo-EM to investigate complementarity of antibody binding.
履歴
登録2021年3月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月28日-
マップ公開2021年7月28日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7m3n
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7m3n
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23658.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23658.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Canine parvovirus and Fab14 asymmetric reconstruction
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 460 pix.
= 506. Å		1.1 Å/pix.
x 460 pix.
= 506. Å		1.1 Å/pix.
x 460 pix.
= 506. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-0.0328118 - 1.5686238
平均 (標準偏差)0.0045678513 (±0.04654274)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-230-230-230
サイズ460460460
Spacing460460460
セルA=B=C: 506.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z460460460
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z506.000506.000506.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1331310
NX/NY/NZ223226424
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-230-230-230
NC/NR/NS460460460
D min/max/mean-0.0331.5690.005

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添付データ

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ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_23658_half_map_1.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_23658_half_map_2.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Canine parvovirus and FAB

全体名称: Canine parvovirus and FAB
要素
  • 複合体: Canine parvovirus and FAB
    • 複合体: FAB
      • タンパク質・ペプチド: CPV Fab14 light chain
      • タンパク質・ペプチド: CPV Fab14 heavy chain
    • 複合体: Canine parvovirus
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein 2

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超分子 #1: Canine parvovirus and FAB

超分子名称: Canine parvovirus and FAB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: FAB

超分子名称: FAB / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: Canine parvovirus

超分子名称: Canine parvovirus / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Canine parvovirus (ウイルス)

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分子 #1: CPV Fab14 light chain

分子名称: CPV Fab14 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.981362 KDa
配列文字列:
DIVMTQSHKF MSTSVGDRVS ITCKASQDVN TALAWYQQIP GQSPKLLIYS ASNRYTGVPD RFTASGSGTD FTFTISSVQA EDLALYYCQ QHYTTPWTFG GGTKLEIKR

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分子 #2: CPV Fab14 heavy chain

分子名称: CPV Fab14 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.10453 KDa
配列文字列:
AVHLQGTELV KPGASAGVKL SCKASGYTFT NYDMNWVRQR PEQGLEWIGW IFPGDGSTRY NEKFKGKATL TTDKSSSTAY QLNRLTSED SAVYFCARRG SHGSYSFAYW GQGTLVTVSG

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分子 #3: Capsid protein 2

分子名称: Capsid protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Canine parvovirus type 2 (ウイルス)
分子量理論値: 64.705559 KDa
配列文字列: MSDGAVQPDG GQPAVRNERA TGSGNGSGGG GGGGSGGVGI STGTFNNQTE FKFLENGWVE ITANSSRLVH LNMPESENYR RVVVNNMDK TAVNGNMALD DIHAQIVTPW SLVDANAWGV WFNPGDWQLI VNTMSELHLV SFEQEIFNVV LKTVSESATQ P PTKVYNND ...文字列:
MSDGAVQPDG GQPAVRNERA TGSGNGSGGG GGGGSGGVGI STGTFNNQTE FKFLENGWVE ITANSSRLVH LNMPESENYR RVVVNNMDK TAVNGNMALD DIHAQIVTPW SLVDANAWGV WFNPGDWQLI VNTMSELHLV SFEQEIFNVV LKTVSESATQ P PTKVYNND LTASLMVALD SNNTMPFTPA AMRSETLGFY PWKPTIPTPW RYYFQWDRTL IPSHTGTSGT PTNIYHGTDP DD VQFYTIE NSVPVHLLRT GDEFATGTFF FDCKPCRLTH TWQTNRALGL PPFLNSLPQS EGATNFGDIG VQQDKRRGVT QMG NTNYIT EATIMRPAEV GYSAPYYSFE ASTQGPFKTP IAAGRGGAQT DENQAADGNP RYAFGRQHGQ KTTTTGETPE RFTY IAHQD TGRYPEGDWI QNINFNLPVT NDNVLLPTDP IGGKTGINYT NIFNTYGPLT ALNNVPPVYP NGQIWDKEFD TDLKP RLHV NAPFVCQNNC PGQLFVKVAP NLTNEYDPDA SANMSRIVTY SDFWWKGKLV FKAKLRASHT WNPIQQMSIN VDNQFN YVP SNIGGMKIVY EKSQLAPRKL Y

UniProtKB: Capsid protein 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: Asymmetric reconstruction, particle number is 162,627*10.2 orientations per particle
使用した粒子像数: 162627
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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