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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23492 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of squirrel TRPV1 in complex with RTX | |||||||||||||||
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![]() | Transient Receptor Potential V Family Member 1 / ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() temperature-gated ion channel activity / response to capsazepine / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / smooth muscle contraction involved in micturition / cellular response to acidic pH / fever generation / detection of temperature stimulus involved in thermoception / dendritic spine membrane ...temperature-gated ion channel activity / response to capsazepine / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / smooth muscle contraction involved in micturition / cellular response to acidic pH / fever generation / detection of temperature stimulus involved in thermoception / dendritic spine membrane / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / behavioral response to pain / diet induced thermogenesis / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / calcium ion import across plasma membrane / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Neuberger A / Nadezhdin KD | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Extracellular cap domain is an essential component of the TRPV1 gating mechanism. 著者: Kirill D Nadezhdin / Arthur Neuberger / Yury A Nikolaev / Lyle A Murphy / Elena O Gracheva / Sviatoslav N Bagriantsev / Alexander I Sobolevsky / ![]() 要旨: Transient receptor potential (TRP) channels are polymodal molecular sensors involved in numerous physiological processes and implicated in a variety of human diseases. Several structures of the ...Transient receptor potential (TRP) channels are polymodal molecular sensors involved in numerous physiological processes and implicated in a variety of human diseases. Several structures of the founding member of the TRP channel family, TRPV1, are available, all of which were determined for the protein missing the N- and C-termini and the extracellular S5-P-loop. Here, we present structures of the full-length thirteen-lined ground squirrel TRPV1 solved by cryo-EM. Our structures resolve the extracellular cap domain formed by the S5-P-loops and the C-terminus that wraps around the three-stranded β-sheet connecting elements of the TRPV1 intracellular skirt. The cap domain forms a dome above the pore's extracellular entrance, with four portals leading to the ion conductance pathway. Deletion of the cap increases the TRPV1 average conductance, reduces the open probability and affects ion selectivity. Our data show that both the termini and the cap domain are critical determinants of TRPV1 function. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 97.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16 KB 16 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 200.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.95 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : sample 1
全体 | 名称: sample 1 |
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要素 |
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-超分子 #1: sample 1
超分子 | 名称: sample 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Osm-9-like TRP channel 1
分子 | 名称: Osm-9-like TRP channel 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 95.902781 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKKWANLDSG ESEDPPHEDS CPDPPDGDPN SKQSPAKPHI FSTTKSRTRL FGKGDSEEAS PMDCSYEEGE LASCPTITVS SVVIIQRPG DALTCARQLS QDSVSAGAEK PLKLYDRRSI FDAVAQNNCQ ELESLLPFLQ KSRKRLTDSE FKDPETGKTC L LKAMLNLH ...文字列: MKKWANLDSG ESEDPPHEDS CPDPPDGDPN SKQSPAKPHI FSTTKSRTRL FGKGDSEEAS PMDCSYEEGE LASCPTITVS SVVIIQRPG DALTCARQLS QDSVSAGAEK PLKLYDRRSI FDAVAQNNCQ ELESLLPFLQ KSRKRLTDSE FKDPETGKTC L LKAMLNLH NGQNDTISLL LDIARQTDSL KEFVNASYTD SYYKGQTALH IAIERRNMAL VTLLVENGAD VQAAANGDFF KK TKGRPGF YFGELPLSLA ACTNQLAIVK FLLQNSWQPA DISARDSVGN TVLHALVEVA DNTADNTKFV TSMYNEILIL GAK LHPTLK LEELINKKGL TPLALAASSG KIGVLAYILQ REIQEPECRH LSRKFTEWAY GPVHSSLYDL SCIDTCEKNS VLEV IAYSS SETPNRHDML LVEPLNRLLQ DKWDRFVKRI FYFNFFVYCL YMIVFTTAAY YRPVDGLPPY KLKNTVGDYF RVTGE ILSV SGGVYFFLRG IQYFLQRRPS MKTLFVDSYS EMLFFVQSLF MLGSVVLYFS HRKEYVASMV FSLAMGWTNM LYYTRG FQQ MGIYAVMIEK MILRDLCRFM FVYLVFLFGF STAVVTLIED GKNYSEPAEY TSHRWRAPGC RPPDSYNSLY STCLELF KF TIGMGDLEFT ENYDFKAVFI ILLLAYVILT YILLLNMLIA LMGETVNKIA QESKNIWKLQ RAITILDTEK SFLKCMRK A FRSGKLLQVG YTPDGKDDYR WCFRVDEVNW TTWNTNVGII NEDPGNCEGV KRTLSFSLRS GRVSGRNWRN FALVPLLRD ASTRDRHHAQ PEEVHLKHFA GSLKPEDAEV FKDSMAPGEK LPVR UniProtKB: ![]() |
-分子 #2: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 32 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-POV: |
-分子 #3: resiniferatoxin
分子 | 名称: resiniferatoxin / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: 6EU |
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分子量 | 理論値: 628.708 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-6EU: |
-分子 #4: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 3 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 25 sec. | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3253 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 70.8 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 1391804 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 333521 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | ![]() PDB-7lqz: |