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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23244 | |||||||||
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タイトル | Structure of human SHLD2-SHLD3-REV7-TRIP13(E253Q) complex | |||||||||
マップデータ | composite map | |||||||||
試料 |
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キーワード | REV7 / SHLD2 / SHLD3 / TRIP13 / NUCLEAR PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 somatic diversification of immunoglobulins involved in immune response / DNA damage response, signal transduction resulting in transcription / negative regulation of transcription regulatory region DNA binding / meiotic recombination checkpoint signaling / zeta DNA polymerase complex / synaptonemal complex assembly / positive regulation of isotype switching / positive regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin ...somatic diversification of immunoglobulins involved in immune response / DNA damage response, signal transduction resulting in transcription / negative regulation of transcription regulatory region DNA binding / meiotic recombination checkpoint signaling / zeta DNA polymerase complex / synaptonemal complex assembly / positive regulation of isotype switching / positive regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / JUN kinase binding / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / reciprocal meiotic recombination / female meiosis I / oocyte maturation / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / oogenesis / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / male meiosis I / telomere maintenance in response to DNA damage / spermatid development / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / error-prone translesion synthesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / male germ cell nucleus / actin filament organization / regulation of cell growth / transcription coregulator activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of protein catabolic process / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / spindle / double-strand break repair / actin cytoskeleton / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / chromosome / site of double-strand break / spermatogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / cell division / DNA repair / chromatin / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Xie W / Patel DJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Molecular mechanisms of assembly and TRIP13-mediated remodeling of the human Shieldin complex. 著者: Wei Xie / Shengliu Wang / Juncheng Wang / M Jason de la Cruz / Guotai Xu / Maurizio Scaltriti / Dinshaw J Patel / 要旨: The Shieldin complex, composed of REV7, SHLD1, SHLD2, and SHLD3, protects DNA double-strand breaks (DSBs) to promote nonhomologous end joining. The AAA ATPase TRIP13 remodels Shieldin to regulate DNA ...The Shieldin complex, composed of REV7, SHLD1, SHLD2, and SHLD3, protects DNA double-strand breaks (DSBs) to promote nonhomologous end joining. The AAA ATPase TRIP13 remodels Shieldin to regulate DNA repair pathway choice. Here we report crystal structures of human SHLD3-REV7 binary and fused SHLD2-SHLD3-REV7 ternary complexes, revealing that assembly of Shieldin requires fused SHLD2-SHLD3 induced conformational heterodimerization of open (O-REV7) and closed (C-REV7) forms of REV7. We also report the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of the ATPγS-bound fused SHLD2-SHLD3-REV7-TRIP13 complexes, uncovering the principles underlying the TRIP13-mediated disassembly mechanism of the Shieldin complex. We demonstrate that the N terminus of REV7 inserts into the central channel of TRIP13, setting the stage for pulling the unfolded N-terminal peptide of C-REV7 through the central TRIP13 hexameric channel. The primary interface involves contacts between the safety-belt segment of C-REV7 and a conserved and negatively charged loop of TRIP13. This process is mediated by ATP hydrolysis-triggered rotatory motions of the TRIP13 ATPase, thereby resulting in the disassembly of the Shieldin complex. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23244.map.gz | 49.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23244-v30.xml emd-23244.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23244.png | 314.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-23244.cif.gz | 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23244 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23244 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23244_validation.pdf.gz | 530.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23244_full_validation.pdf.gz | 530 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23244_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23244_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23244 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23244 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23244.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | composite map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.064 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SHLD2.3-REV7(4)-TRIP13(E253Q) complex with ATP-gamma-S
全体 | 名称: SHLD2.3-REV7(4)-TRIP13(E253Q) complex with ATP-gamma-S |
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要素 |
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-超分子 #1: SHLD2.3-REV7(4)-TRIP13(E253Q) complex with ATP-gamma-S
超分子 | 名称: SHLD2.3-REV7(4)-TRIP13(E253Q) complex with ATP-gamma-S タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Pachytene checkpoint protein 2 homolog
分子 | 名称: Pachytene checkpoint protein 2 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 48.562547 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: SDEAVGDLKQ ALPCVAESPT VHVEVHQRGS STAKKEDINL SVRKLLNRHN IVFGDYTWTE FDEPFLTRNV QSVSIIDTEL KVKDSQPID LSACTVALHI FQLNEDGPSS ENLEEETENI IAANHWVLPA AEFHGLWDSL VYDVEVKSHL LDYVMTTLLF S DKNVNSNL ...文字列: SDEAVGDLKQ ALPCVAESPT VHVEVHQRGS STAKKEDINL SVRKLLNRHN IVFGDYTWTE FDEPFLTRNV QSVSIIDTEL KVKDSQPID LSACTVALHI FQLNEDGPSS ENLEEETENI IAANHWVLPA AEFHGLWDSL VYDVEVKSHL LDYVMTTLLF S DKNVNSNL ITWNRVVLLH GPPGTGKTSL CKALAQKLTI RLSSRYRYGQ LIEINSHSLF SKWFSESGKL VTKMFQKIQD LI DDKDALV FVLIDQVESL TAARNACRAG TEPSDAIRVV NAVLTQIDQI KRHSNVVILT TSNITEKIDV AFVDRADIKQ YIG PPSAAA IFKIYLSCLE ELMKCQIIYP RQQLLTLREL EMIGFIENNV SKLSLLLNDI SRKSEGLSGR VLRKLPFLAH ALYV QAPTV TIEGFLQALS LAVDKQFEER KKLAAYI UniProtKB: Pachytene checkpoint protein 2 homolog |
-分子 #2: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
分子 | 名称: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: closed form / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.323348 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: STTLTRQDLN FGQVVADVLC EFLEVAVHLI LYVREVYPVG IFQKRKKYNV PVQMSCHPEL NQYIQDTLHC VKPLLEKNDV EKVVVVILD KEHRPVEKFV FEITQPPLLS ISSDSLLSHV EQLLRAFILK ISVCDAVLDH NPPGCTFTVL VHTREAATRN M EKIQVIKD ...文字列: STTLTRQDLN FGQVVADVLC EFLEVAVHLI LYVREVYPVG IFQKRKKYNV PVQMSCHPEL NQYIQDTLHC VKPLLEKNDV EKVVVVILD KEHRPVEKFV FEITQPPLLS ISSDSLLSHV EQLLRAFILK ISVCDAVLDH NPPGCTFTVL VHTREAATRN M EKIQVIKD FPWILADEQD VHMHDPRLIP LKTMTSDILK MQLYVEERAH KGS UniProtKB: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B |
-分子 #3: Shieldin complex subunit 2, Shieldin complex subunit 3 chimera
分子 | 名称: Shieldin complex subunit 2, Shieldin complex subunit 3 chimera タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 10.678139 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSQVHIFWGA PIAPLKGSGS GSGSGSGSGS GSTTEVILHY RPCESDPTQL PKIAEKAIQD FPTRPLSRFI PWFPYDGSKL PLRPKRSPP ASREEIMATL UniProtKB: Shieldin complex subunit 2, Shieldin complex subunit 3 |
-分子 #4: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: AGS |
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分子量 | 理論値: 523.247 Da |
Chemical component information | ChemComp-AGS: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.3 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.3, 300 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 0.1 mM ATP-gamma-S, 1 mM DTT |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 1.5-second blot, blot force of 0. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 40 / 平均露光時間: 0.075 sec. / 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): -2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 詳細: TRIP13-p31-substrate model |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 104023 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |